1z3u

Structure of the Angiopoietin-2 Recptor Binding Domain and Identification of Surfaces Involved in Tie2 Recognition

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 185.9 Å Quality: REASONABLE

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Angiopoietin-2

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 281–496	片段：Receptor binding domain (residues 281-496) 突变：F469A, Y475A, Y476A	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；293 K；Ammonium Sulfate and PEG-4000, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.25 Å R-free 0.278
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 281–496	片段：Receptor binding domain (residues 281-496) 突变：F469A, Y475A, Y476A	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；293 K；Ammonium Sulfate and PEG-4000, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.25 Å R-free 0.278
3	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 281–496	片段：Receptor binding domain (residues 281-496) 突变：F469A, Y475A, Y476A	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；293 K；Ammonium Sulfate and PEG-4000, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.25 Å R-free 0.278
4	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 281–496	片段：Receptor binding domain (residues 281-496) 突变：F469A, Y475A, Y476A	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；293 K；Ammonium Sulfate and PEG-4000, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.25 Å R-free 0.278

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1Z3U	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1Z3S Angiopoietin-2 Receptor Binding Domain 提交 2005-03-14	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 281–496（216 aa）片段：Receptor binding domain (residues 281-496)	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；PEG-4000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.35 Å R-free 0.287
1Z3S Angiopoietin-2 Receptor Binding Domain 提交 2005-03-14	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 281–496（216 aa）片段：Receptor binding domain (residues 281-496)	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；PEG-4000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.35 Å R-free 0.287
2GY7 Angiopoietin-2/Tie2 Complex Crystal Structure 提交 2006-05-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 281–495（215 aa）片段：Angiopoietin-2 Receptor binding domain (residues 281-495)	未记录	CA CALCIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；2.2 M Ammonium Sulfate, 0.1M MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.70 Å R-free 0.317
4JZC Angiopoietin-2 fibrinogen domain TAG mutant 提交 2013-04-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 279–496（218 aa）片段：fibrinogen-like receptor-binding domain	突变：P183T, Q184A, R185G	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；1.0 M Na/K-tartate, 0.1 M Tris, 0.2 M LiSO4, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.248
4JZC Angiopoietin-2 fibrinogen domain TAG mutant 提交 2013-04-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 279–496（218 aa）片段：fibrinogen-like receptor-binding domain	突变：P183T, Q184A, R185G	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；1.0 M Na/K-tartate, 0.1 M Tris, 0.2 M LiSO4, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.248
4ZFG Dual-specificity Fab 5A12 in complex with Angiopoietin 2 提交 2015-04-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 225–444（220 aa）片段：Receptor binding domain, UNP residues 225-444	未记录	CA CALCIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；292 K；0.1 M Tris pH 8.5, 0.2 M lithium sulfate, 25% PEG 3350, 3% D(+)-sucrose	分辨率 2.27 Å R-free 0.223
8VGP CryoEM structure of Angiopoietin-2 in complex with engineered conformationally rigid Fab 5A12.6DS 提交 2023-12-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 225–444（220 aa）片段：Receptor binding domain, UNP residues 225-444	未记录	CA CALCIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
9HMI Crystal structure of the Calf domains of Integrin Alpha5 in complex with angiopoietin2 peptide 提交 2024-12-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 P 359–366（8 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2M ammonium formate; 20% polyethylene glycol 3350 (wt/vol)	分辨率 2.78 Å R-free 0.306

共 6 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AGP2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–217； UniProt 281–496 作者链 B； PDB构建体 2–217； UniProt 281–496 作者链 C； PDB构建体 2–217； UniProt 281–496 作者链 D； PDB构建体 2–217； UniProt 281–496

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1z3u
沉积日期 deposition_date	2005-03-14
结构标题 title	Structure of the Angiopoietin-2 Recptor Binding Domain and Identification of Surfaces Involved in Tie2 Recognition
关键词 keywords	Tie2 binding, angiogenesis, extracellular ligand, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	61.86 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	61.19 Å
零角强度 I(0) i0	143737000.00
分子量 molecular_weight	97781.0 kDa
排除体积 excluded_volume	120710 Å³
包络体积 envelope_volume	219390 Å³
水化壳体积 shell_volume	29774 Å³
包络直径 envelope_diameter	157.2 Å
壳层 Rg shell_rg	69.89 Å
包络 Rg envelope_rg	54.86 Å
形状 Rg shape_rg	61.19 Å
总 Rg total_rg	61.37 Å
总原子数 total_atoms	6880
残基数 n_residues	864
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	185.9 Å
Rg (实空间) rg_real	61.34 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.24 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4370e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.1780e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	62.23 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	143900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6084
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	4
主峰位置 r_peak_primary	104.1 Å
偏度 Skewness skewness	-0.601
峰度 Kurtosis kurtosis	-1.016
角度范围 angular_range	— – 0.1250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2510000.0000
实空间数据点数 n_real_points	26
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.001; Stabil: 0.996; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.915; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Angiopoietin-2
分子量 formula_weight	24597.4 kDa
突变 mutation	F469A, Y475A, Y476A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	7259

SFRDCAEVFKSGHTTNGIYTLTFPNSTEEIKAYCDMEAGGGGWTIIQRREDGSVDFQRTWKEYKVGFGNPSGEYWLGNEFVSQLTNQQRYVLKIHLKDWEGNEAYSLYEHFYLSSEELNYRIHLKGLTGTAGKISSISQPGNDFSTKDGDNDKCICKCSQMLTGGWWFDACGPSNLNGMYYPQRQNTNKANGIKWAAWKGSGYSLKATTMMIRPADF

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	379

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d1z3ua1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.171 — Fibrinogen C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamily	d.171.1 — Fibrinogen C-terminal domain-like
家族 Family family	d.171.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d1z3ua2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1z3ub1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.171 — Fibrinogen C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamily	d.171.1 — Fibrinogen C-terminal domain-like
家族 Family family	d.171.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d1z3ub2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1z3uc1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.171 — Fibrinogen C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamily	d.171.1 — Fibrinogen C-terminal domain-like
家族 Family family	d.171.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d1z3uc2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1z3ud1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.171 — Fibrinogen C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamily	d.171.1 — Fibrinogen C-terminal domain-like
家族 Family family	d.171.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d1z3ud2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	1z3uA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	215 — Gamma Fibrinogen; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Gamma Fibrinogen, chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	1z3uA02
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	530 — Gamma-fibrinogen Carboxyl Terminal Fragment; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Gamma-fibrinogen Carboxyl Terminal Fragment, domain 2

结构域编号 domain_id	1z3uB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	215 — Gamma Fibrinogen; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Gamma Fibrinogen, chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	1z3uB02
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	530 — Gamma-fibrinogen Carboxyl Terminal Fragment; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Gamma-fibrinogen Carboxyl Terminal Fragment, domain 2

结构域编号 domain_id	1z3uC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	215 — Gamma Fibrinogen; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Gamma Fibrinogen, chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	1z3uC02
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	530 — Gamma-fibrinogen Carboxyl Terminal Fragment; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Gamma-fibrinogen Carboxyl Terminal Fragment, domain 2

结构域编号 domain_id	1z3uD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	215 — Gamma Fibrinogen; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Gamma Fibrinogen, chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	1z3uD02
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	530 — Gamma-fibrinogen Carboxyl Terminal Fragment; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Gamma-fibrinogen Carboxyl Terminal Fragment, domain 2

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	140.218 Å
晶胞边长 b length_b	94.468 Å
晶胞边长 c length_c	84.673 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	94.47 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.250 Å
最低分辨率 resolution_low	8.000 Å
R 因子 r_factor	0.2460
R_work r_work	0.2460
R_free r_free	0.2780

fit	/app/data/saxs_computation/z3/1z3u/1z3u.fit
pddf	/app/data/pr_computation/z3/1z3u/1z3u.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/z3/1z3u/1z3u.dat