1z56

Co-Crystal Structure of Lif1p-Lig4p

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 141.3 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1z56
沉积日期 deposition_date	2005-03-17
结构标题 title	Co-Crystal Structure of Lif1p-Lig4p
关键词 keywords	DNA Repair, BRCT, NHEJ, Xrcc4, DNA Ligase, Coiled-coil, LIGASE; LIGASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	42.27 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	44.00 Å
零角强度 I(0) i0	52703800.00
分子量 molecular_weight	59396.0 kDa
排除体积 excluded_volume	75201 Å³
包络体积 envelope_volume	135900 Å³
水化壳体积 shell_volume	28875 Å³
包络直径 envelope_diameter	145.7 Å
壳层 Rg shell_rg	41.94 Å
包络 Rg envelope_rg	43.70 Å
形状 Rg shape_rg	44.02 Å
总 Rg total_rg	43.80 Å
总原子数 total_atoms	4164
残基数 n_residues	557
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	141.3 Å
Rg (实空间) rg_real	42.75 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.58 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.2700e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.0170e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	42.27 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	52680000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7674
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	26.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.451
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.649
角度范围 angular_range	— – 0.1850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3116000.0000
实空间数据点数 n_real_points	38
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.748; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.490; Smooth: 0.240

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

描述 description	Ligase interacting factor 1
分子量 formula_weight	28674.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	4164

MSQLTEFISCIPVVNEEQNEEDERGLCKIQIEDGAMLETLDENSLSGLRIEKMLVSEGTGIFSKSSFGINDLRIFTGENIDEESKKYVWYELLKMLTGHKVYIASLDEKVVFTKWTCRMQDDEVWKVVMELESSAIIRKIAELTLHPVKKGEIDLFEMADKLYKDICCVNDSYRNIKESDSSNRNRVEQLARERELLDKLLETRDERTRAMMVTLLNEKKKKIRELHEILRQNNIKLSDDDVLDSA

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

Entity 2 polymer

描述 description	DNA ligase IV
分子量 formula_weight	30366.1 kDa
EC 编号 ec_number	6.5.1.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

PISNIFAGLLFYVLSDYVTEDTGIRITRAELEKTIVEHGGKLIYNVILKRHSIGDVRLISCKTTTECKALIDRGYDILHPNWVLDCIAYKRLILIEPNYCFNVSQKMRAVAEKRVDCLGDSFENDISETKLSSLYKSQLSLPPMGELEIDSEVRRFPLFLFSNRIAYVPRRKISTEDDIIEMKIKLFGGKITDQQSLCNLIIIPYTDPILRKDCMNEVHEKIKEQIKASDTIPKIARVVAPEWVDHSINENCQVPEEDFPVVNY

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

Entity 3 polymer

描述 description	Ligase interacting factor 1
分子量 formula_weight	698.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

XXXXXXXX

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 polymer

描述 description	Ligase interacting factor 1
分子量 formula_weight	613.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,H

XXXXXXX

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 5 polymer

描述 description	Ligase interacting factor 1
分子量 formula_weight	3847.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 6 polymer

描述 description	Ligase interacting factor 1
分子量 formula_weight	3166.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 7 polymer

描述 description	Ligase interacting factor 1
分子量 formula_weight	2571.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 8 polymer

描述 description	Ligase interacting factor 1
分子量 formula_weight	1720.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J

XXXXXXXXXXXXXXXXXXXX

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 9 polymer

描述 description	Ligase interacting factor 1
分子量 formula_weight	1124.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

XXXXXXXXXXXXX

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	1z56A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	370 —

结构域编号 domain_id	1z56B00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	370 —

结构域编号 domain_id	1z56C01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10190 — BRCT domain

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	247.617 Å
晶胞边长 b length_b	247.617 Å
晶胞边长 c length_c	98.416 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 64 2 2
空间群编号 int_tables_number	181
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.920 Å
最低分辨率 resolution_low	49.200 Å
R 因子 r_factor	0.4030
R_work r_work	0.4000
R_free r_free	0.4670

fit	/app/data/saxs_computation/z5/1z56/1z56.fit
pddf	/app/data/pr_computation/z5/1z56/1z56.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/z5/1z56/1z56.dat

Co-Crystal Structure of Lif1p-Lig4p

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)