1z8l

Crystal structure of prostate-specific membrane antigen, a tumor marker and peptidase

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glutamate carboxypeptidase II

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	同源多聚体	蛋白 2 其他聚合物 10	2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 ZINC ION × 4 water × 2	与蛋白数一致
2	其他组合	同源多聚体	蛋白 2 其他聚合物 10	2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 ZINC ION × 4 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FOH1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–695； UniProt 56–750 作者链 B； PDB构建体 1–695； UniProt 56–750 作者链 C； PDB构建体 1–695； UniProt 56–750 作者链 D； PDB构建体 1–695； UniProt 56–750

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1z8l
沉积日期 deposition_date	2005-03-30
结构标题 title	Crystal structure of prostate-specific membrane antigen, a tumor marker and peptidase
关键词 keywords	Dimeric protein with three domains of type A+B, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1z8l__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1z8l__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1z8l__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	35.69 Å
Rg（电子密度）	35.11 Å
总 Rg	35.66 Å
原子数	11412
残基数	1390
排除体积	202940 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1z8l__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1z8l__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Glutamate carboxypeptidase II
分子量 formula_weight	78341.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.17.21
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	22836

HNMKAFLDELKAENIKKFLYNFTQIPHLAGTEQNFQLAKQIQSQWKEFGLDSVELAHYDVLLSYPNKTHPNYISIINEDGNEIFNTSLFEPPPPGYENVSDIVPPFSAFSPQGMPEGDLVYVNYARTEDFFKLERDMKINCSGKIVIARYGKVFRGNKVKNAQLAGAKGVILYSDPADYFAPGVKSYPDGWNLPGGGVQRGNILNLNGAGDPLTPGYPANEYAYRRGIAEAVGLPSIPVHPIGYYDAQKLLEKMGGSAPPDSSWRGSLKVPYNVGPGFTGNFSTQKVKMHIHSTNEVTRIYNVIGTLRGAVEPDRYVILGGHRDSWVFGGIDPQSGAAVVHEIVRSFGTLKKEGWRPRRTILFASWDAEEFGLLGSTEWAEENSRLLQERGVAYINADSSIEGNYTLRVDCTPLMYSLVHNLTKELKSPDEGFEGKSLYESWTKKSPSPEFSGMPRISKLGSGNDFEVFFQRLGIASGRARYTKNWETNKFSGYPLYHSVYETYELVEKFYDPMFKYHLTVAQVRGGMVFELANSIVLPFDCRDYAVVLRKYADKIYSISMKHPQEMKTYSVSFDSLFSAVKNFTEIASKFSERLQDFDKSNPIVLRMMNDQLMFLERAFIDPLGLPDRPFYRHVIYAPSSHNKYAGESFPGIYDALFDIESKVDPSKAWGEVKRQIYVAAFTVQAAAETLSEVA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	12

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_id	d1z8la1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.48 — N-cbl like
超家族 Superfamily superfamily	a.48.2 — Transferrin receptor-like dimerisation domain
家族 Family family	a.48.2.1 — Transferrin receptor-like dimerisation domain

结构域编号 domain_id	d1z8la2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.8 — The 'swivelling' beta/beta/alpha domain
超家族 Superfamily superfamily	c.8.4 — PA domain
家族 Family family	c.8.4.1 — PA domain

结构域编号 domain_id	d1z8la3
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.56 — Phosphorylase/hydrolase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.56.5 — Zn-dependent exopeptidases
家族 Family family	c.56.5.5 — FolH catalytic domain-like

结构域编号 domain_id	d1z8lb1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.48 — N-cbl like
超家族 Superfamily superfamily	a.48.2 — Transferrin receptor-like dimerisation domain
家族 Family family	a.48.2.1 — Transferrin receptor-like dimerisation domain

结构域编号 domain_id	d1z8lb2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.8 — The 'swivelling' beta/beta/alpha domain
超家族 Superfamily superfamily	c.8.4 — PA domain
家族 Family family	c.8.4.1 — PA domain

结构域编号 domain_id	d1z8lb3
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.56 — Phosphorylase/hydrolase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.56.5 — Zn-dependent exopeptidases
家族 Family family	c.56.5.5 — FolH catalytic domain-like

结构域编号 domain_id	d1z8lc1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.48 — N-cbl like
超家族 Superfamily superfamily	a.48.2 — Transferrin receptor-like dimerisation domain
家族 Family family	a.48.2.1 — Transferrin receptor-like dimerisation domain

结构域编号 domain_id	d1z8lc2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.8 — The 'swivelling' beta/beta/alpha domain
超家族 Superfamily superfamily	c.8.4 — PA domain
家族 Family family	c.8.4.1 — PA domain

结构域编号 domain_id	d1z8lc3
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.56 — Phosphorylase/hydrolase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.56.5 — Zn-dependent exopeptidases
家族 Family family	c.56.5.5 — FolH catalytic domain-like

结构域编号 domain_id	d1z8ld1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.48 — N-cbl like
超家族 Superfamily superfamily	a.48.2 — Transferrin receptor-like dimerisation domain
家族 Family family	a.48.2.1 — Transferrin receptor-like dimerisation domain

结构域编号 domain_id	d1z8ld2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.8 — The 'swivelling' beta/beta/alpha domain
超家族 Superfamily superfamily	c.8.4 — PA domain
家族 Family family	c.8.4.1 — PA domain

结构域编号 domain_id	d1z8ld3
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.56 — Phosphorylase/hydrolase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.56.5 — Zn-dependent exopeptidases
家族 Family family	c.56.5.5 — FolH catalytic domain-like

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	1z8lA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zn peptidases

结构域编号 domain_id	1z8lA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glucose Oxidase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	1z8lA03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	930 — Transcription Elongation Factor S-II; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — Transferrin receptor-like, dimerisation domain

结构域编号 domain_id	1z8lB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zn peptidases

结构域编号 domain_id	1z8lB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glucose Oxidase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	1z8lB03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	930 — Transcription Elongation Factor S-II; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — Transferrin receptor-like, dimerisation domain

结构域编号 domain_id	1z8lC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zn peptidases

结构域编号 domain_id	1z8lC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glucose Oxidase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	1z8lC03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	930 — Transcription Elongation Factor S-II; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — Transferrin receptor-like, dimerisation domain

结构域编号 domain_id	1z8lD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zn peptidases

结构域编号 domain_id	1z8lD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glucose Oxidase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	1z8lD03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	930 — Transcription Elongation Factor S-II; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — Transferrin receptor-like, dimerisation domain

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晶胞边长 a length_a	74.865 Å
晶胞边长 b length_b	157.765 Å
晶胞边长 c length_c	133.839 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	93.24 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.500 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2520
R_free r_free	0.2840

Crystal structure of prostate-specific membrane antigen, a tumor marker and peptidase

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glutamate carboxypeptidase II

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1z8l__assembly_2__model_1

1z8l__assembly_2__model_1 | I(q)

1z8l__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of prostate-specific membrane antigen, a tumor marker and peptidase

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glutamate carboxypeptidase II

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1z8l__assembly_2__model_1

1z8l__assembly_2__model_1 | I(q)

1z8l__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)