SAXSdb — 1z8y

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1z8y
沉积日期 deposition_date	2005-03-31
结构标题 title	Mapping the E2 Glycoprotein of Alphaviruses
关键词 keywords	icosahedral enveloped virus, Icosahedral virus, Virus; VIRUS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	66.35 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	65.59 Å
零角强度 I(0) i0	945875000.00
分子量 molecular_weight	257970.0 kDa
排除体积 excluded_volume	322590 Å³
包络体积 envelope_volume	678650 Å³
水化壳体积 shell_volume	89335 Å³
包络直径 envelope_diameter	191.4 Å
壳层 Rg shell_rg	69.66 Å
包络 Rg envelope_rg	58.14 Å
形状 Rg shape_rg	65.61 Å
总 Rg total_rg	65.64 Å
总原子数 total_atoms	18070
残基数 n_residues	2387
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	175.8 Å
Rg (实空间) rg_real	66.01 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.13 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.4590e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.9530e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	67.38 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	948100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8103
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	102.5 Å
偏度 Skewness skewness	-0.294
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.652
角度范围 angular_range	— – 0.1200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	55970000.0000
实空间数据点数 n_real_points	25
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.845; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.000

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Spike glycoprotein E1
分子量 formula_weight	31440.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G
原子数 atom_count	18071

YEHATTVPNVPQIPYKALVERAGYAPLNLEITVMSSEVLPSTNQEYITCKFTTVVPSPKIKCCGSLECQPAAHADYTCKVFGGVYPFMWGGAQCFCDSENSQMSEAYVELSADCASDHAQAIKVHTAAMKVGLRIVYGNTTSFLDVYVNGVTPGTSKDLKVIAGPISASFTPFDHKVVIHRGLVYNYDFPEYGAMKPGAFGDIQATSLTSKDLIASTDIRLLKPSAKNVHVPYTQASSGFEMWKNNSGRPLQETAPFGCKIAVNPLRAVDCSYGNIPISIDIPNAAFIRT

Entity 2 polymer

描述 description	Spike glycoprotein E1
分子量 formula_weight	9447.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H

LVSTVKCEVSECTYSADFGGMATLQYVSDREGQCPVHSHSSTATLQESTVHVLEKGAVTVHFSTASPQANFIVSLCGKKTTCNAECKPP

Entity 3 polymer

描述 description	Spike glycoprotein E1
分子量 formula_weight	3410.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,K,M,O

WLFALFGGASSLLIIGLMIFACSMMLTSTRR

Entity 4 polymer

描述 description	Spike glycoprotein E2
分子量 formula_weight	3751.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,L,N,P

HPVYTILAVASATVAMMIGVTVAVLCACLARRECLT

Entity 5 polymer

描述 description	Capsid protein C
分子量 formula_weight	16545.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.-
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Q,R,S,T

RLFDVKNEDGDVIGHALAMEGKVMKPLHVKGTIDHPVLSKLKFTKSSAYDMEFAQLPVNMRSEAFTYTSEHPEGFYNWHHGAVQYSGGRFTIPRGVGGRGDSGRPIMDNSGRVVAIVLGGADEGTRTALSVVTWNSKGKTIKTTPEGTEEW

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1z8yq1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family family	b.47.1.3 — Viral proteases

结构域编号 domain_id	d1z8yr1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family family	b.47.1.3 — Viral proteases

结构域编号 domain_id	d1z8ys1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family family	b.47.1.3 — Viral proteases

结构域编号 domain_id	d1z8yt1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family family	b.47.1.3 — Viral proteases

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	9.00 Å
分辨率测定方法 resolution_method	cross-common lines
颗粒数 num_particles	7085

fit	/app/data/saxs_computation/z8/1z8y/1z8y.fit
pddf	/app/data/pr_computation/z8/1z8y/1z8y.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/z8/1z8y/1z8y.dat

Mapping the E2 Glycoprotein of Alphaviruses

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)