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1z9b

Solution structure of the C1-subdomain of Bacillus stearothermophilus translation initiation factor IF2

Method: SOLUTION NMR Dmax: 125.0 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Translation initiation factor IF-2

Geobacillus stearothermophilus

UniProt P04766

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 515–635 片段：Bst IF2-C1 subdomain 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.4；307.4 K；离子强度（mmCIF原始值）200 mM KCl；压力 ambient NMR样品组成：0.5 mM Bst IF2-C1 U-15N & U-13C; 20 mM KPi; 200 mM KCl, protease inhibitor mix, NaN3 | 95% H2O/5% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1Z9B Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1D1N SOLUTION STRUCTURE OF THE FMET-TRNAFMET BINDING DOMAIN OF BECILLUS STEAROTHERMOPHILLUS TRANSLATION INITIATION FACTOR IF2 提交 1999-09-20 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 643–741（99 aa） 片段：C2 TERMINAL DOMAIN
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
2LKC Free B.st IF2-G2 提交 2011-10-10 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 241–414（174 aa） 片段：G-domain region residues 241-414
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；315 K；离子强度（mmCIF原始值）0.15；压力 ambient
NMR样品组成 0.4-0.9 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2LKD IF2-G2 GDP complex 提交 2011-10-10 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 241–414（174 aa） 片段：G-domain region residues 241-414
未记录 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；315 K；离子强度（mmCIF原始值）0.15；压力 ambient
NMR样品组成 0.4-0.9 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2NBG Structure of the Geobacillus stearothermophilus IF2 G3-subdomain 提交 2016-02-11 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 394–514（121 aa） 片段：residues 394-514
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；303 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1；压力 ambient
NMR样品组成 0.15 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] IF2-G3, 50 mM sodium phosphate, 100 mM potassium chloride, 2 % glycerol, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
分辨率未提供

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 IF2_BACST
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 15–135； UniProt 515–635

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1z9b

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1z9b
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1z9b
沉积日期 deposition_date2005-04-01
结构标题 titleSolution structure of the C1-subdomain of Bacillus stearothermophilus translation initiation factor IF2
关键词 keywordsprotein synthesis translation intiation IF2 fMet-tRNA NMR structure, TRANSLATION; TRANSLATION
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier29.68 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron29.22 Å
零角强度 I(0) i01253710000.00
分子量 molecular_weight295180.0 kDa
排除体积 excluded_volume369930 ų
包络体积 envelope_volume216730 ų
水化壳体积 shell_volume46527 ų
包络直径 envelope_diameter138.3 Å
壳层 Rg shell_rg42.57 Å
包络 Rg envelope_rg42.13 Å
形状 Rg shape_rg29.24 Å
总 Rg total_rg29.54 Å
总原子数 total_atoms41760
残基数 n_residues2700
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax125.0 Å
Rg (实空间) rg_real30.45 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.41 Å
I(0) (实空间) i0_real1.2540e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.3750e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal30.12 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1253000000.0000
解质量估计 total_estimate0.6251
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary18.9 Å
偏度 Skewness skewness0.682
峰度 Kurtosis kurtosis-0.375
角度范围 angular_range— – 0.2650 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha566400.0000
实空间数据点数 n_real_points54
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.040; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.001; Smooth: 0.999
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1z9bA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10050 — Translation initiation factor IF- 2, domain 3
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)