1za6

The structure of an antitumor CH2-domain-deleted humanized antibody

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 161.2 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

IGG Light chain

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 53–235 链 C； UniProt 53–235	未记录	IGG Heavy chain × 2 （Q6GMX6）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；290 K；4 M sodium formate, 1.5 mM Triton X-100 detergent, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K, pH 7.20	分辨率 2.80 Å R-free 0.296
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 53–235 链 G； UniProt 53–235	未记录	IGG Heavy chain × 2 （Q6GMX6）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；290 K；4 M sodium formate, 1.5 mM Triton X-100 detergent, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K, pH 7.20	分辨率 2.80 Å R-free 0.296
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric（16）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 53–235 链 C； UniProt 53–235 链 E； UniProt 53–235 链 G； UniProt 53–235	未记录	IGG Heavy chain × 8 （Q6GMX6）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；290 K；4 M sodium formate, 1.5 mM Triton X-100 detergent, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K, pH 7.20	分辨率 2.80 Å R-free 0.296
4	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 53–235 链 C； UniProt 53–235 链 E； UniProt 53–235 链 G； UniProt 53–235	未记录	IGG Heavy chain × 4 （Q6GMX6）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；290 K；4 M sodium formate, 1.5 mM Triton X-100 detergent, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K, pH 7.20	分辨率 2.80 Å R-free 0.296

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1ZA6	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1IT9 CRYSTAL STRUCTURE OF AN ANTIGEN-BINDING FRAGMENT FROM A HUMANIZED VERSION OF THE ANTI-HUMAN FAS ANTIBODY HFE7A 提交 2002-01-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 L 21–231（211 aa）片段：FAB FRAGMENT	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；296 K；PEG4000, SODIUM ACETATE, METHANOL, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K	分辨率 2.80 Å R-free 0.280
1RHH Crystal Structure of the Broadly HIV-1 Neutralizing Fab X5 at 1.90 Angstrom Resolution 提交 2003-11-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 23–235（213 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；PEG400, HEPES, 1,2-propanediol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 1.90 Å R-free 0.227
1RHH Crystal Structure of the Broadly HIV-1 Neutralizing Fab X5 at 1.90 Angstrom Resolution 提交 2003-11-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 23–235（213 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；PEG400, HEPES, 1,2-propanediol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 1.90 Å R-free 0.227

共 2 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q6GMV9_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 38–220； UniProt 53–235 作者链 C； PDB构建体 38–220； UniProt 53–235 作者链 E； PDB构建体 38–220； UniProt 53–235 作者链 G； PDB构建体 38–220； UniProt 53–235

IGG Heavy chain

Homo sapiens

UniProt Q6GMX6

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 225–465 链 D； UniProt 225–465	未记录	IGG Light chain × 2 （Q6GMV9）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；290 K；4 M sodium formate, 1.5 mM Triton X-100 detergent, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K, pH 7.20	分辨率 2.80 Å R-free 0.296
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 225–465 链 H； UniProt 225–465	未记录	IGG Light chain × 2 （Q6GMV9）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；290 K；4 M sodium formate, 1.5 mM Triton X-100 detergent, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K, pH 7.20	分辨率 2.80 Å R-free 0.296
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric（16）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 225–465 链 D； UniProt 225–465 链 F； UniProt 225–465 链 H； UniProt 225–465	未记录	IGG Light chain × 8 （Q6GMV9）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；290 K；4 M sodium formate, 1.5 mM Triton X-100 detergent, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K, pH 7.20	分辨率 2.80 Å R-free 0.296
4	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 225–465 链 D； UniProt 225–465 链 F； UniProt 225–465 链 H； UniProt 225–465	未记录	IGG Light chain × 4 （Q6GMV9）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；290 K；4 M sodium formate, 1.5 mM Triton X-100 detergent, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K, pH 7.20	分辨率 2.80 Å R-free 0.296

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 1ZA6	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4D9L Fab structure of anti-HIV-1 gp120 V2 mAb 697 提交 2012-01-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 131–237（107 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；296 K；18% polyethylene glycol 8000 and 0.1 M Tris pH 8.5 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K	分辨率 2.48 Å R-free 0.238
4D9L Fab structure of anti-HIV-1 gp120 V2 mAb 697 提交 2012-01-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 131–237（107 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；296 K；18% polyethylene glycol 8000 and 0.1 M Tris pH 8.5 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K	分辨率 2.48 Å R-free 0.238
4D9L Fab structure of anti-HIV-1 gp120 V2 mAb 697 提交 2012-01-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 J 131–237（107 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；296 K；18% polyethylene glycol 8000 and 0.1 M Tris pH 8.5 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K	分辨率 2.48 Å R-free 0.238
4D9L Fab structure of anti-HIV-1 gp120 V2 mAb 697 提交 2012-01-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 K 131–237（107 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；296 K；18% polyethylene glycol 8000 and 0.1 M Tris pH 8.5 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K	分辨率 2.48 Å R-free 0.238
5O1R human Fab 5H2 bound to NHBA-C3 from Neisseria meningitidis serogroup B 提交 2017-05-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 H 20–240（221 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.1 M TRIS pH 8.0 and 1.6 M lithium sulphate	分辨率 2.86 Å R-free 0.222
5O1R human Fab 5H2 bound to NHBA-C3 from Neisseria meningitidis serogroup B 提交 2017-05-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 20–240（221 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.1 M TRIS pH 8.0 and 1.6 M lithium sulphate	分辨率 2.86 Å R-free 0.222
5UTZ Human IL-2/Fab complex 提交 2017-02-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 H 128–238（111 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；295 K；100 mM sodium citrate, pH 5.0, 20% PEG6000	分辨率 2.75 Å R-free 0.247
5UTZ Human IL-2/Fab complex 提交 2017-02-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 128–238（111 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；295 K；100 mM sodium citrate, pH 5.0, 20% PEG6000	分辨率 2.75 Å R-free 0.247
5UTZ Human IL-2/Fab complex 提交 2017-02-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 128–238（111 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；295 K；100 mM sodium citrate, pH 5.0, 20% PEG6000	分辨率 2.75 Å R-free 0.247
5UTZ Human IL-2/Fab complex 提交 2017-02-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 J 128–238（111 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；295 K；100 mM sodium citrate, pH 5.0, 20% PEG6000	分辨率 2.75 Å R-free 0.247
5VR9 CH1/Ckappa Fab based on Matuzumab 提交 2017-05-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 122–238（117 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；294 K；see publication for details	分辨率 2.15 Å R-free 0.244
5VR9 CH1/Ckappa Fab based on Matuzumab 提交 2017-05-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 122–238（117 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；294 K；see publication for details	分辨率 2.15 Å R-free 0.244
5VSI CH1/Ckappa Fab mutant 15.1 提交 2017-05-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 122–235（114 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 5 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；294 K；see publication	分辨率 1.51 Å R-free 0.227
6AL4 CRYSTAL STRUCTURE OF ANTI-CD19 ANTIBODY B43 FAB 提交 2017-08-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 125–238（114 aa）片段：FD,FD,FD,FD	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.1；293 K；20% PEG 3350, 0.2 M NA PHOSPHATE DIBASIC	分辨率 2.45 Å R-free 0.236
6AL4 CRYSTAL STRUCTURE OF ANTI-CD19 ANTIBODY B43 FAB 提交 2017-08-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 125–238（114 aa）片段：FD,FD,FD,FD	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.1；293 K；20% PEG 3350, 0.2 M NA PHOSPHATE DIBASIC	分辨率 2.45 Å R-free 0.236
6AL4 CRYSTAL STRUCTURE OF ANTI-CD19 ANTIBODY B43 FAB 提交 2017-08-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 125–238（114 aa）片段：FD,FD,FD,FD	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.1；293 K；20% PEG 3350, 0.2 M NA PHOSPHATE DIBASIC	分辨率 2.45 Å R-free 0.236
6APD Crystal structure of RSV F bound by AM22 and the infant antibody ADI-19425 提交 2017-08-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric	链 D 123–239（117 aa）链 F 123–239（117 aa）链 H 123–239（117 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；10% PEG 4000 10% 2-propanol 0.1 M sodium citrate pH 5.5	分辨率 4.10 Å R-free 0.256
6B9Y Trastuzumab Fab v3 in complex with 5-phenyl meditope variant 提交 2017-10-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 124–238（115 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Tris pH 7.5, 15% PEG3350, 24 mM NaCl	分辨率 2.14 Å R-free 0.218
6BAH Trastuzumab Fab v3 with 5-diphenyl meditope variant 提交 2017-10-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 124–238（115 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M Tris, pH 7.5, 24 mM NaCl, 15% PEG 3350	分辨率 1.90 Å R-free 0.194
6DC4 RSV-neutralizing human antibody AM22 提交 2018-05-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 123–239（117 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 17	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.02 M 1,6-Hexanediol, 0.02 M 1-Butanol, 0.02 M 1,2-Propanediol (racemic), 0.02 M 2-Propanol, 0.02 M 1,4-Butanediol, 0.02 M 1,3-Propanediol, 0.1 M MES/imidazole pH 6.5, 10% PEG 8000, 20% ethylene glycol	分辨率 1.70 Å R-free 0.205
6DC5 RSV prefusion F in complex with AM22 Fab 提交 2018-05-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 123–239（117 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CD CADMIUM ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；32% PEG 400, 4% PEG 3350, 0.01 M cadmium chloride, 0.1 M sodium acetate pH 5.5	分辨率 3.50 Å R-free 0.280
6DC5 RSV prefusion F in complex with AM22 Fab 提交 2018-05-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 123–239（117 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CD CADMIUM ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；32% PEG 400, 4% PEG 3350, 0.01 M cadmium chloride, 0.1 M sodium acetate pH 5.5	分辨率 3.50 Å R-free 0.280
6DC5 RSV prefusion F in complex with AM22 Fab 提交 2018-05-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 信息不足异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 H 123–239（117 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CD CADMIUM ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；32% PEG 400, 4% PEG 3350, 0.01 M cadmium chloride, 0.1 M sodium acetate pH 5.5	分辨率 3.50 Å R-free 0.280
6OGE Cryo-EM structure of Her2 extracellular domain-Trastuzumab Fab-Pertuzumab Fab complex 提交 2019-04-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 E 124–235（112 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.36 Å
6VPY I33M (I3.2 mutant from CH103 Lineage) 提交 2020-02-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 125–240（116 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；1.5 M ammonium sulfate, 100 mM HEPES, pH 7.23, 5% PEG400	分辨率 2.36 Å R-free 0.223
6VPY I33M (I3.2 mutant from CH103 Lineage) 提交 2020-02-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 125–240（116 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；1.5 M ammonium sulfate, 100 mM HEPES, pH 7.23, 5% PEG400	分辨率 2.36 Å R-free 0.223
7CZR S protein of SARS-CoV-2 in complex bound with P5A-1B8_2B 提交 2020-09-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 H 123–465（343 aa）链 J 123–465（343 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
7CZS S protein of SARS-CoV-2 in complex bound with P5A-1B8_3B 提交 2020-09-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 H 123–465（343 aa）链 I 123–465（343 aa）链 J 123–465（343 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 31	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
7CZX S protein of SARS-CoV-2 in complex bound with P5A-1B9 提交 2020-09-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 H 121–465（345 aa）链 I 121–465（345 aa）链 J 121–465（345 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 33	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
7D00 S protein of SARS-CoV-2 in complex bound with FabP5A-1B8 提交 2020-09-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 H 123–465（343 aa）链 J 123–465（343 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 28	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
8BBO SARS-CoV-2 Delta-RBD complexed with BA.2-36 Fab 提交 2022-10-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 H 20–240（221 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；2% (v/v) PEG400, 0.1M imidazole pH7.0 and 24% (w/v) PEG MME 5000.	分辨率 2.75 Å R-free 0.252

共 18 个其他 PDB 条目、31 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q6GMX6_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 104–344； UniProt 225–465 作者链 D； PDB构建体 104–344； UniProt 225–465 作者链 F； PDB构建体 104–344； UniProt 225–465 作者链 H； PDB构建体 104–344； UniProt 225–465

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1za6
沉积日期 deposition_date	2005-04-05
结构标题 title	The structure of an antitumor CH2-domain-deleted humanized antibody
关键词 keywords	Immunoglobulin fold, CH2-domain-deletion, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	57.13 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	56.85 Å
零角强度 I(0) i0	816072000.00
分子量 molecular_weight	237610.0 kDa
排除体积 excluded_volume	296140 Å³
包络体积 envelope_volume	466020 Å³
水化壳体积 shell_volume	66954 Å³
包络直径 envelope_diameter	172.3 Å
壳层 Rg shell_rg	62.41 Å
包络 Rg envelope_rg	54.20 Å
形状 Rg shape_rg	56.81 Å
总 Rg total_rg	57.11 Å
总原子数 total_atoms	16740
残基数 n_residues	2176
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	161.2 Å
Rg (实空间) rg_real	57.07 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.28 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.1610e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6940e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	57.13 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	816100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8437
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	80.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.093
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.794
角度范围 angular_range	— – 0.1400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	35890000.0000
实空间数据点数 n_real_points	29
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.998; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.970; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	IGG Light chain
分子量 formula_weight	24206.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G
原子数 atom_count	16740

DIVMSQSPDSLAVSLGERVTLNCKSSQSLLYSGNQKNYLAWYQQKPGQSPKLLIYWASARESGVPDRFSGSGSGTDFTLTISSVQAEDVAVYYCQQYYSYPLTFGAGTKLELKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	IGG Heavy chain
分子量 formula_weight	36952.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H

QVQLVQSGAEVVKPGASVKISCKASGYTFTDHAIHWVKQNPGQRLEWIGYFSPGNDDFKYNERFKGKATLTADTSASTAYVELSSLRSEDTAVYFCTRSLNMAYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHTCPPCGGGSSGGGSGGQPREPQVYTLPPSRDELTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 40 domains

SCOP 2.08 (20 domains)

结构域编号 domain_id	d1za6a1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d1za6a2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d1za6b1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d1za6b2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d1za6b3
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d1za6c1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d1za6c2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d1za6d1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d1za6d2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d1za6d3
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d1za6e1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d1za6e2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d1za6f1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d1za6f2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d1za6f3
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d1za6g1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d1za6g2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d1za6h1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d1za6h2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d1za6h3
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

CATH v4.4 (20 domains)

结构域编号 domain_id	1za6A01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1za6A02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1za6B01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1za6B02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1za6B03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1za6C01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1za6C02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1za6D01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1za6D02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1za6D03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1za6E01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1za6E02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1za6F01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1za6F02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1za6F03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1za6G01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1za6G02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1za6H01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1za6H02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1za6H03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

▶

8. 引用文献 (2)

▶

晶胞边长 a length_a	82.540 Å
晶胞边长 b length_b	224.200 Å
晶胞边长 c length_c	166.590 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	45.130 Å
R 因子 r_factor	0.2460
R_work r_work	0.2460
R_free r_free	0.2960

The structure of an antitumor CH2-domain-deleted humanized antibody

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

IGG Light chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

IGG Heavy chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 40 domains

SCOP 2.08 (20 domains)

CATH v4.4 (20 domains)

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

fit	/app/data/saxs_computation/za/1za6/1za6.fit
pddf	/app/data/pr_computation/za/1za6/1za6.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/za/1za6/1za6.dat