SAXSdb — 1zan

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Fab AD11 Light Chain

Rattus norvegicus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Fab AD11 Heavy Chain × 1 （P84751） CHLORIDE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q4KM66_RAT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 1–214； UniProt 21–234

Fab AD11 Heavy Chain

Rattus norvegicus

UniProt P84751

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Fab AD11 Light Chain × 1 （Q4KM66） CHLORIDE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HVCM5_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 2–222； UniProt 2–220

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1zan
沉积日期 deposition_date	2005-04-06
结构标题 title	Crystal structure of anti-NGF AD11 Fab
关键词 keywords	Immunoglobulin, Fab, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1zan__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1zan__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1zan__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	25.37 Å
Rg（电子密度）	24.44 Å
总 Rg	25.21 Å
原子数	3227
残基数	429
排除体积	56980 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1zan__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Fab AD11 Light Chain
分子量 formula_weight	23340.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L
原子数 atom_count	3631

DIQMTQSPASLSASLGETVTIECRASEDIYNALAWYQQKPGKSPQLLIYNTDTLHTGVPSRFSGSGSGTQYSLKINSLQSEDVASYFCQHYFGYPRTFGGGTKLELKRADAAPTVSIFPPSSEQLASGGASVVCLLNNFYPKDISVKWKIDGSERQNGVLDSVTDQDSKDSTYSMSSTLTLTKAEYESHNSYTCEVTHKTSTSPVVKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	Norway rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Rattus norvegicus

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Fab AD11 Heavy Chain
分子量 formula_weight	23549.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

QVQLKESGPGLVQPSQTLSLTCTVSGFSLTNNNVNWVRQATGRGLEWMGGVWAGGATDYNSALKSRLTITRDTSKSQVFLKMHSLQSEDTATYYCARDGGYSSSTLYAMDAWGQGTTVTVSSASTTAPSVYPLAPGSAAQTNSMVTLGCLVKGYFPEPVTVTWNSGSLASGVHTFPAVLQSGLYTLSSSVTVPASPWASEAVTCNVAHPASSTKVDKKIVPRDC

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	Norway rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Rattus norvegicus

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	404

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1zanh_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d1zanl1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d1zanl2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1zanH01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1zanH02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1zanL01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1zanL02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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晶胞边长 a length_a	114.801 Å
晶胞边长 b length_b	69.354 Å
晶胞边长 c length_c	64.104 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	117.02 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.700 Å
最低分辨率 resolution_low	17.000 Å
R 因子 r_factor	0.1960
R_work r_work	0.1960
R_free r_free	0.2420

Crystal structure of anti-NGF AD11 Fab

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Fab AD11 Light Chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Fab AD11 Heavy Chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1zan__assembly_1__model_1

1zan__assembly_1__model_1 | I(q)

1zan__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (2)

Crystal structure of anti-NGF AD11 Fab

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Fab AD11 Light Chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Fab AD11 Heavy Chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1zan__assembly_1__model_1

1zan__assembly_1__model_1 | I(q)

1zan__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (2)