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1zaw

Ribosomal Protein L10-L12(NTD) Complex, Space Group P212121, Form A

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 105.9 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

50S ribosomal protein L10

Thermotoga maritima

UniProt P29394

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–179 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 50S ribosomal protein L7/L12 × 6 （P29396） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；Hepes, MPD, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K 分辨率 2.30 Å R-free 0.272

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1ZAW Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1ZAV Ribosomal Protein L10-L12(NTD) Complex, Space Group P21 提交 2005-04-07 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 A 1–179（179 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；293 K；Na acetate, ethylene glycol, PEG 1000, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.90 Å R-free 0.274
1ZAX Ribosomal Protein L10-L12(NTD) Complex, Space Group P212121, Form B 提交 2005-04-07 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 A 1–179（179 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；imidazole, MgCl2, MPD, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.10 Å R-free 0.286

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RL10_THEMA
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 2–180； UniProt 1–179

50S ribosomal protein L7/L12

Thermotoga maritima

UniProt P29396

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric（7） 与蛋白拷贝数一致 链 U； UniProt 1–30 链 V； UniProt 1–30 链 W； UniProt 1–30 链 X； UniProt 1–30 链 Y； UniProt 1–30 链 Z； UniProt 1–30 片段：N-terminal domain 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 50S ribosomal protein L10 × 1 （P29394） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；Hepes, MPD, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K 分辨率 2.30 Å R-free 0.272

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1ZAW Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1DD3 CRYSTAL STRUCTURE OF RIBOSOMAL PROTEIN L12 FROM THERMOTOGA MARITIMA 提交 1999-11-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–128（128 aa）
链 B 1–128（128 aa）
链 C 1–32（32 aa）
链 D 1–32（32 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；291 K；3.6M AMMOMIUM SULFATE 0.1M SODIUM CITRATE 7% (V/V) POLYETHYLENE GLYCOL 200, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
分辨率 2.00 Å R-free 0.235
1DD4 Crystal structure of ribosomal protein l12 from thermotoga maritim 提交 1999-11-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–128（128 aa）
链 B 1–128（128 aa）
链 C 1–40（40 aa）
链 D 1–40（40 aa）
未记录 TBR HEXATANTALUM DODECABROMIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；291 K；3.23M AMMONIUM SULFATE, 0.1M CITRATE, 7% (V/V) POLYETHYLENE GLYCOL 200, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.40 Å R-free 0.241
1DD4 Crystal structure of ribosomal protein l12 from thermotoga maritim 提交 1999-11-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 1–128（128 aa）
链 B 1–128（128 aa）
链 C 1–40（40 aa）
链 D 1–40（40 aa）
未记录 TBR HEXATANTALUM DODECABROMIDE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；291 K；3.23M AMMONIUM SULFATE, 0.1M CITRATE, 7% (V/V) POLYETHYLENE GLYCOL 200, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.40 Å R-free 0.241
1ZAV Ribosomal Protein L10-L12(NTD) Complex, Space Group P21 提交 2005-04-07 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 U 1–30（30 aa） 片段：N-terminal domain
链 V 1–30（30 aa） 片段：N-terminal domain
链 W 1–30（30 aa） 片段：N-terminal domain
链 X 1–30（30 aa） 片段：N-terminal domain
链 Y 1–30（30 aa） 片段：N-terminal domain
链 Z 1–30（30 aa） 片段：N-terminal domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；293 K；Na acetate, ethylene glycol, PEG 1000, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.90 Å R-free 0.274
1ZAX Ribosomal Protein L10-L12(NTD) Complex, Space Group P212121, Form B 提交 2005-04-07 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 U 1–30（30 aa） 片段：N-terminal domain
链 V 1–30（30 aa） 片段：N-terminal domain
链 W 1–30（30 aa） 片段：N-terminal domain
链 X 1–30（30 aa） 片段：N-terminal domain
链 Y 1–30（30 aa） 片段：N-terminal domain
链 Z 1–30（30 aa） 片段：N-terminal domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；imidazole, MgCl2, MPD, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.10 Å R-free 0.286
4V42 Crystal structure of the ribosome at 5.5 A resolution. 提交 2001-03-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 42 PDB 声明：49-meric
链 BI 1–128（128 aa）
链 BJ 1–128（128 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 5.50 Å

共 5 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RL7_THEMA
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 U； PDB构建体 1–30； UniProt 1–30 作者链 V； PDB构建体 1–30； UniProt 1–30 作者链 W； PDB构建体 1–30； UniProt 1–30 作者链 X； PDB构建体 1–30； UniProt 1–30 作者链 Y； PDB构建体 1–30； UniProt 1–30 作者链 Z； PDB构建体 1–30； UniProt 1–30

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1zaw

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1zaw
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1zaw
沉积日期 deposition_date2005-04-07
结构标题 titleRibosomal Protein L10-L12(NTD) Complex, Space Group P212121, Form A
关键词 keywords;ribosome structure and function, L10-L12 complex structure, L10E structure, L7/12 ribosomal stalk, thiostrepton loop of 23S rRNA, translation factor recruitment, GTPase stimulation, mechanism of translation, rapid kinetics, STRUCTURAL PROTEIN ;; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier30.47 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron30.31 Å
零角强度 I(0) i023729600.00
分子量 molecular_weight40469.0 kDa
排除体积 excluded_volume51851 ų
包络体积 envelope_volume68910 ų
水化壳体积 shell_volume20930 ų
包络直径 envelope_diameter109.9 Å
壳层 Rg shell_rg33.97 Å
包络 Rg envelope_rg30.25 Å
形状 Rg shape_rg30.22 Å
总 Rg total_rg31.06 Å
总原子数 total_atoms2818
残基数 n_residues345
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax105.9 Å
Rg (实空间) rg_real30.85 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.18 Å
I(0) (实空间) i0_real2.3730e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.0590e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal30.69 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal23730000.0000
解质量估计 total_estimate0.7653
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary22.4 Å
偏度 Skewness skewness0.502
峰度 Kurtosis kurtosis-0.493
角度范围 angular_range— – 0.2600 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha8306000.0000
实空间数据点数 n_real_points53
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.576; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.352; Smooth: 0.868
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_idd1zawa1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.58.62 — Ribosomal protein L10-like
家族 Family familyd.58.62.1 — Ribosomal protein L10-like
结构域编号 domain_idd1zawa2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd1zawu1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.108 — Ribosomal protein L7/12, oligomerisation (N-terminal) domain
超家族 Superfamily superfamilya.108.1 — Ribosomal protein L7/12, oligomerisation (N-terminal) domain
家族 Family familya.108.1.1 — Ribosomal protein L7/12, oligomerisation (N-terminal) domain
结构域编号 domain_idd1zawv1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.108 — Ribosomal protein L7/12, oligomerisation (N-terminal) domain
超家族 Superfamily superfamilya.108.1 — Ribosomal protein L7/12, oligomerisation (N-terminal) domain
家族 Family familya.108.1.1 — Ribosomal protein L7/12, oligomerisation (N-terminal) domain
结构域编号 domain_idd1zaww1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.108 — Ribosomal protein L7/12, oligomerisation (N-terminal) domain
超家族 Superfamily superfamilya.108.1 — Ribosomal protein L7/12, oligomerisation (N-terminal) domain
家族 Family familya.108.1.1 — Ribosomal protein L7/12, oligomerisation (N-terminal) domain
结构域编号 domain_idd1zawx1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.108 — Ribosomal protein L7/12, oligomerisation (N-terminal) domain
超家族 Superfamily superfamilya.108.1 — Ribosomal protein L7/12, oligomerisation (N-terminal) domain
家族 Family familya.108.1.1 — Ribosomal protein L7/12, oligomerisation (N-terminal) domain
结构域编号 domain_idd1zawy1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.108 — Ribosomal protein L7/12, oligomerisation (N-terminal) domain
超家族 Superfamily superfamilya.108.1 — Ribosomal protein L7/12, oligomerisation (N-terminal) domain
家族 Family familya.108.1.1 — Ribosomal protein L7/12, oligomerisation (N-terminal) domain
结构域编号 domain_idd1zawz1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.108 — Ribosomal protein L7/12, oligomerisation (N-terminal) domain
超家族 Superfamily superfamilya.108.1 — Ribosomal protein L7/12, oligomerisation (N-terminal) domain
家族 Family familya.108.1.1 — Ribosomal protein L7/12, oligomerisation (N-terminal) domain

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1zawA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1730 — Ribosomal protein L10, N-terminal RNA-binding domain
结构域编号 domain_id1zawA02
类 Class class6 — Special
架构 Architecture architecture10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology250 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily290 —
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)