1zb7

Crystal Structure of Botulinum Neurotoxin Type G Light Chain

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 75.5 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1zb7
沉积日期 deposition_date	2005-04-07
结构标题 title	Crystal Structure of Botulinum Neurotoxin Type G Light Chain
关键词 keywords	HExxH metalloprotease, TOXIN; TOXIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.41 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.27 Å
零角强度 I(0) i0	36420100.00
分子量 molecular_weight	47352.0 kDa
排除体积 excluded_volume	59595 Å³
包络体积 envelope_volume	71804 Å³
水化壳体积 shell_volume	26446 Å³
包络直径 envelope_diameter	78.4 Å
壳层 Rg shell_rg	29.63 Å
包络 Rg envelope_rg	22.70 Å
形状 Rg shape_rg	22.26 Å
总 Rg total_rg	23.24 Å
总原子数 total_atoms	3336
残基数 n_residues	414
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	75.5 Å
Rg (实空间) rg_real	23.31 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.43 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.6420e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.1460e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.33 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	36420000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8956
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	29.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.225
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.384
角度范围 angular_range	— – 0.3400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	6683000.0000
实空间数据点数 n_real_points	66
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.883; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.990

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	neurotoxin
分子量 formula_weight	51942.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3535

MPVNIKNFNYNDPINNDDIIMMEPFNDPGPGTYYKAFRIIDRIWIVPERFTYGFQPDQFNASTGVFSKDVYEYYDPTYLKTDAEKDKFLKTMIKLFNRINSKPSGQRLLDMIVDAIPYLGNASTPPDKFAANVANVSINKKIIQPGAEDQIKGLMTNLIIFGPGPVLSDNFTDSMIMNGHSPISEGFGARMMIRFCPSCLNVFNNVQENKDTSIFSRRAYFADPALTLMHELIHVLHGLYGIKISNLPITPNTKEFFMQHSDPVQAEELYTFGGHDPSVISPSTDMNIYNKALQNFQDIANRLNIVSSAQGSGIDISLYKQIYKNKYDFVEDPNGKYSVDKDKFDKLYKALMFGFTETNLAGEYGIKTRYSYFSEYLPPIKTEKLLDNTIYTQNEGFNIASKNLKTEFNGQNKAVNKEAYEEISLEHLVIYRIAMCKPVMYKNAPPTPGHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Clostridium botulinum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1491
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	CITRATE ANION
分子量 formula_weight	189.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	197

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1zb7A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1240 — Zincin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	178.866 Å
晶胞边长 b length_b	178.866 Å
晶胞边长 c length_c	80.864 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 62 2 2
空间群编号 int_tables_number	180
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.350 Å
最低分辨率 resolution_low	24.810 Å
R 因子 r_factor	0.1736
R_work r_work	0.1736
R_free r_free	0.2222

fit	/app/data/saxs_computation/zb/1zb7/1zb7.fit
pddf	/app/data/pr_computation/zb/1zb7/1zb7.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/zb/1zb7/1zb7.dat