1zj2

Crystal Structure of Human Galactosyltransferase (GTB) Complexed with H type I Trisaccharide

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 64.7 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1zj2
沉积日期 deposition_date	2005-04-27
结构标题 title	Crystal Structure of Human Galactosyltransferase (GTB) Complexed with H type I Trisaccharide
关键词 keywords	GTB, ABO(H), H-antigen, blood group, transferase, retaining; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.52 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	18.72 Å
零角强度 I(0) i0	19810200.00
分子量 molecular_weight	32688.0 kDa
排除体积 excluded_volume	40015 Å³
包络体积 envelope_volume	45937 Å³
水化壳体积 shell_volume	20229 Å³
包络直径 envelope_diameter	68.0 Å
壳层 Rg shell_rg	25.46 Å
包络 Rg envelope_rg	19.28 Å
形状 Rg shape_rg	18.79 Å
总 Rg total_rg	19.46 Å
总原子数 total_atoms	2223
残基数 n_residues	263
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	64.7 Å
Rg (实空间) rg_real	19.42 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.48 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9810e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.8290e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	19.44 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	19810000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7966
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	25.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.219
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.287
角度范围 angular_range	— – 0.4050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2337000.0000
实空间数据点数 n_real_points	72
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.785; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	ABO blood group (transferase A, alpha 1-3-N-acetylgalactosaminyltransferase; transferase B, alpha 1-3-galactosyltransferase)
分子量 formula_weight	34156.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2399

FMVSLPRMVYPQPKVLTPCRKDVLVVTPWLAPIVWEGTFNIDILNEQFRLQNTTIGLTVFAIKKYVAFLKLFLETAEKHFMVGHRVHYYVFTDQPAAVPRVTLGTGRQLSVLEVGAYKRWQDVSMRRMEMISDFCERRFLSEVDYLVCVDVDMEFRDHVGVEILTPLFGTLHPSFYGSSREAFTYERRPQSQAYIPKDEGDFYYMGAFFGGSVQEVQRLTRACHQAMMVDQANGIEAVWHDESHLNKYLLRHKPTKVLSPEYLWDQQLLGWPAVLRKLRFTAVPKNHQAVRNP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 branched

描述 description	alpha-L-fucopyranose-(1-2)-beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	529.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	URIDINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	404.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	MERCURY (II) ION
分子量 formula_weight	200.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 5 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	176

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1zj2a2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.68 — Nucleotide-diphospho-sugar transferases
超家族 Superfamily superfamily	c.68.1 — Nucleotide-diphospho-sugar transferases
家族 Family family	c.68.1.9 — alpha-1,3-galactosyltransferase-like

结构域编号 domain_id	d1zj2a3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1zj2A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	550 — Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	52.600 Å
晶胞边长 b length_b	150.430 Å
晶胞边长 c length_c	79.610 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.690 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2060
R_free r_free	0.2320

fit	/app/data/saxs_computation/zj/1zj2/1zj2.fit
pddf	/app/data/pr_computation/zj/1zj2/1zj2.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/zj/1zj2/1zj2.dat