1zkz

Crystal Structure of BMP9

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 74.1 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Growth/differentiation factor 2

Homo sapiens

UniProt Q9UK05

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 320–429 片段:Growth/differentiation factor 2, residues 320-429 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;296 K;1-1.2 M Sodium Chloride, 7-10 mM Hexadecyltrimethylammonium Bromide 10 mM Magnesium Chloride, pH 7.5, temperature 296K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP 分辨率 2.33 Å R-free 0.272

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 19 个其他 PDB 条目、24 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GDF2_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–110; UniProt 320–429

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1zkz

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1zkz
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1zkz
沉积日期 deposition_date2005-05-04
结构标题 titleCrystal Structure of BMP9
关键词 keywordsglycoprotein, growth factor, cytokine, HORMONE-GROWTH FACTOR COMPLEX; HORMONE/GROWTH FACTOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier18.48
回转半径 Rg (电子) rg_electron18.63
零角强度 I(0) i02709720.00
分子量 molecular_weight11872.0 kDa
排除体积 excluded_volume14918 ų
包络体积 envelope_volume18927 ų
水化壳体积 shell_volume9627 ų
包络直径 envelope_diameter70.6
壳层 Rg shell_rg22.52
包络 Rg envelope_rg18.92
形状 Rg shape_rg18.63
总 Rg total_rg19.36
总原子数 total_atoms831
残基数 n_residues107
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax74.1
Rg (实空间) rg_real18.70
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.85
I(0) (实空间) i0_real2.7100e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.8750e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal18.67
I(0) (倒空间) i0_reciprocal2710000.0000
解质量估计 total_estimate0.7309
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary16.2
偏度 Skewness skewness0.513
峰度 Kurtosis kurtosis-0.364
角度范围 angular_range— – 0.4300 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha293800.0000
实空间数据点数 n_real_points74
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.452; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.155; Smooth: 0.988

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1zkza_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.17 — Cystine-knot cytokines
超家族 Superfamily superfamilyg.17.1 — Cystine-knot cytokines
家族 Family familyg.17.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1zkzA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture10 — Ribbon
拓扑 Topology topology90 — Cystine Knot Cytokines, subunit B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cystine-knot cytokines

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)