SAXSdb — 1zn0

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ribosome recycling factor

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–RNA 异源复合物蛋白 × 2 RNA 1 PDB 声明：trimeric（3）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 1–185	未记录	16S RIBOSOMAL RNA × 1 ELONGATION FACTOR G × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：Polymix buffer；pH 7.5；Polymix buffer cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；Rapid-freezing in liquid ethane	分辨率 15.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1ZN0	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1EK8 CRYSTAL STRUCTURE OF THE RIBOSOME RECYCLING FACTOR (RRF) FROM ESCHERICHIA COLI 提交 2000-03-07	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–185（185 aa）	未记录	HG MERCURY (II) ION × 3 DEM DECYLOXY-METHANOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；287 K；0.1 M MES-NaOH, 10 % PEG 350 MME, 12 % PEG 400, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 287K	分辨率 2.30 Å R-free 0.297
1ISE Crystal structure of a mutant of ribosome recycling factor from Escherichia coli, Arg132Gly 提交 2001-11-30	突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–185（185 aa）	突变：R132G	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；277 K；50mM MES-NaOH, PEG 1500, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.20 Å R-free 0.297
1Y69 RRF domain I in complex with the 50S ribosomal subunit from Deinococcus radiodurans 提交 2004-12-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 8 1–30（30 aa）片段：UNP residues 1-30 and 106-185 链 8 106–185（80 aa）片段：UNP residues 1-30 and 106-185	突变：RRF domain II deletion and GGG insertion 突变：RRF domain II deletion and GGG insertion	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；290 K；ETHANOL, DIMETHYLHEXANEDIOL, MGCL2, KCL, HEPES, NH4CL, pH 7.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 3.33 Å R-free 0.338
1ZN1 Coordinates of RRF fitted into Cryo-EM map of the 70S post-termination complex 提交 2005-05-11	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–185（185 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 Polymix buffer；pH 7.5；Polymix buffer cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Rapid-freezing in liquid ethane	分辨率 14.10 Å
2RDO 50S subunit with EF-G(GDPNP) and RRF bound 提交 2007-09-24	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：34-meric	链 8 1–185（185 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 PolyMix；pH 7.5；PolyMix cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Rapid-freezing in liquid ethane by Vitrobot	分辨率 9.10 Å
4V9C Allosteric control of the ribosome by small-molecule antibiotics 提交 2012-07-25	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：55-meric	链 CY 1–185（185 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 266 NMY NEOMYCIN × 8 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；291 K；PEG800, MPD, pH 6.5, microbatch, temperature 291K	分辨率 3.30 Å R-free 0.255
4V9D Structures of the bacterial ribosome in classical and hybrid states of tRNA binding 提交 2012-07-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：55-meric	链 AY 2–183（182 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 271 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8000, MPD, pH 6.5, microbatch, temperature 291K X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8000, MPD, pH 6.5, microbatch, temperature 291K X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8000, MPD, pH 6.5, microbatch, temperature 291K X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8000, MPD, pH 6.5, microbatch, temperature 291K X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8000, MPD, pH 6.5, microbatch, temperature 291K	分辨率 3.00 Å R-free 0.260
4WOI 4,5-linked aminoglycoside antibiotics regulate the bacterial ribosome by targeting dynamic conformational processes within intersubunit bridge B2 提交 2014-10-15	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：56-meric	链 AV 1–185（185 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 269 PAR PAROMOMYCIN × 6 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD, KCl, KSCN	分辨率 3.00 Å R-free 0.253

共 8 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RRF_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–185； UniProt 1–185

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1zn0
沉积日期 deposition_date	2005-05-11
结构标题 title	Coordinates of RRF and EF-G fitted into Cryo-EM map of the 50S subunit bound with both EF-G (GDPNP) and RRF
关键词 keywords	ribosome recycling factor, elongation factor G, 50S subunit, TRANSLATION-BIOSYNTHETIC PROTEIN-RNA COMPLEX; TRANSLATION/BIOSYNTHETIC PROTEIN/RNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	39.97 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	39.51 Å
零角强度 I(0) i0	141079000.00
分子量 molecular_weight	94710.0 kDa
排除体积 excluded_volume	115200 Å³
包络体积 envelope_volume	114660 Å³
水化壳体积 shell_volume	27149 Å³
包络直径 envelope_diameter	133.6 Å
壳层 Rg shell_rg	39.98 Å
包络 Rg envelope_rg	37.65 Å
形状 Rg shape_rg	39.80 Å
总 Rg total_rg	39.53 Å
总原子数 total_atoms	40
残基数 n_residues	40
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	136.1 Å
Rg (实空间) rg_real	40.25 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.11 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4110e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.3400e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	40.08 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	141100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8773
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	40.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.367
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.571
角度范围 angular_range	— – 0.2000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0002
最高正则化参数 α highest_alpha	7226000.0000
实空间数据点数 n_real_points	41
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.891; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.835; Smooth: 0.893

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	16S RIBOSOMAL RNA
分子量 formula_weight	12988.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	C
原子数 atom_count	880

GUCACACCAUGGGAGUGGGUAUUCAUGACUGGGGUGAAGU

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Ribosome recycling factor
分子量 formula_weight	20671.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MISDIRKDAEVRMDKCVEAFKTQISKIRTGRASPSLLDGIVVEYYGTPTPLRQLASVTVEDSRTLKINVFDRSMSPAVEKAIMASDLGLNPNSAGSDIRVPLPPLTEERRKDLTKIVRGEAEQARVAVRNVRRDANDKVKALLKDKEISEDDDRRSQDDVQKLTDAAIKKIEAALADKEAELMQF

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	ELONGATION FACTOR G
分子量 formula_weight	72921.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

EYDLKRLRNIGIAAHIDAGKTTTTERILYYTGRIAVTTCFWKDHRINIIDTPGHVDFTIEVERSMRVLDGAIVVFDSSQGVEPQSETVWRQAEKYKVPRIAFANKMDKTGADLWLVIRTMQERLGARPVVMQLPIGREDTFSGIIDVLRMKAYTYGNDLGTDIREIPIPEEYLDQAREYHEKLVEVAADFDENIMLKYLEGEEPTEEELVAAIRKGTIDLKITPVFLGSALKNKGVQLLLDAVVDYLPSPLDIPPIKGTTPEGEVVEIHPDPNGPLAALAFKIMADPYVGRLTFIRVYSGTLTSGSYVYNTTKGRKERVARLLRMHANHREEVEELKAGDLGAVVGLKETITGDTLVGEDAPRVILESIEVPEPVIDVAIEPKTKADQEKLSQALARLAEEDPTFRVSTHPETGQTIISGMGELHLEIIVDRLKREFKVDANVGKPQVAYRETITKPVDVEGKFIRQTGGRGQYGHVKIKVEPLPRGSGFEFVNAIVGGVIPKEYIPAVQKGIEEAMQSGPLIGFPVVDIKVTLYDGSYAEVDSSEMAFKIAGSMAIKEAVQKGDPVILEPIMRVEVTTPEEYMGDVIGDLNARRGQILGMEPRGNAQVIRAFVPLAEMFGYATDLRSKTQGRGSFVMFFDHYQEVPKQVQEKLI

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1zn0a1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.67 — RRF/tRNA synthetase additional domain-like
超家族 Superfamily superfamily	d.67.3 — Ribosome recycling factor, RRF
家族 Family family	d.67.3.1 — Ribosome recycling factor, RRF

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8. 引用文献 (3)

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分辨率 resolution	15.50 Å
分辨率测定方法 resolution_method	3D projection matching; conjugate gradient with regularization
颗粒数 num_particles	32171

fit	/app/data/saxs_computation/zn/1zn0/1zn0.fit
pddf	/app/data/pr_computation/zn/1zn0/1zn0.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/zn/1zn0/1zn0.dat

Coordinates of RRF and EF-G fitted into Cryo-EM map of the 50S subunit bound with both EF-G (GDPNP) and RRF

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ribosome recycling factor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

8. 引用文献 (3)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)