1zq5

Crystal structure of human androgenic 17beta-hydroxysteroid dehydrogenase type 5 in complexed with a potent inhibitor EM1404

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 61.1 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1zq5
沉积日期 deposition_date	2005-05-18
结构标题 title	Crystal structure of human androgenic 17beta-hydroxysteroid dehydrogenase type 5 in complexed with a potent inhibitor EM1404
关键词 keywords	(alpha/beta)8 barrel, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.70 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	18.58 Å
零角强度 I(0) i0	23005900.00
分子量 molecular_weight	36899.0 kDa
排除体积 excluded_volume	46300 Å³
包络体积 envelope_volume	50914 Å³
水化壳体积 shell_volume	22082 Å³
包络直径 envelope_diameter	61.5 Å
壳层 Rg shell_rg	25.78 Å
包络 Rg envelope_rg	18.90 Å
形状 Rg shape_rg	18.55 Å
总 Rg total_rg	19.60 Å
总原子数 total_atoms	2596
残基数 n_residues	314
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	61.1 Å
Rg (实空间) rg_real	19.54 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.23 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.3010e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.6070e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	19.56 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	23010000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8976
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.112
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.469
角度范围 angular_range	— – 0.4050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	9231000.0000
实空间数据点数 n_real_points	72
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.893; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.988; Smooth: 0.999

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Aldo-keto reductase family 1 member C3
分子量 formula_weight	36896.2 kDa
EC 编号 ec_number	1.1.1.62, 1.3.1.20, 1.1.1.188
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3113

MDSKQQCVKLNDGHFMPVLGFGTYAPPEVPRSKALEVTKLAIEAGFRHIDSAHLYNNEEQVGLAIRSKIADGSVKREDIFYTSKLWSTFHRPELVRPALENSLKKAQLDYVDLYLIHSPMSLKPGEELSPTDENGKVIFDIVDLCTTWEAMEKCKDAGLAKSIGVSNFNRRQLEMILNKPGLKYKPVCNQVECHPYFNRSKLLDFCKSKDIVLVAYSALGSQRDKRWVDPNSPVLLEDPVLCALAKKHKRTPALIALRYQLQRGVVVLAKSYNEQRIRQNVQVFEFQLTAEDMKAIDGLDRNLHYFNSDSFASHPNYPYSDEY

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	3-CARBOXAMIDO-1,3,5(10)-ESTRATRIEN-17(R)-SPIRO-2'(5',5'-DIMETHYL-6'OXO)TETRAHYDROPYRAN
分子量 formula_weight	395.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE
分子量 formula_weight	743.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	313

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1zq5a_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.7 — NAD(P)-linked oxidoreductase
家族 Family family	c.1.7.1 — Aldo-keto reductases (NADP)

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1zq5A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 — NADP-dependent oxidoreductase domain

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	55.347 Å
晶胞边长 b length_b	62.781 Å
晶胞边长 c length_c	95.974 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.300 Å
最低分辨率 resolution_low	29.840 Å
R 因子 r_factor	0.1817
R_work r_work	0.1809
R_free r_free	0.1973

fit	/app/data/saxs_computation/zq/1zq5/1zq5.fit
pddf	/app/data/pr_computation/zq/1zq5/1zq5.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/zq/1zq5/1zq5.dat