SAXSdb — 1zr5

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

H2AFY protein

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 161–372	片段：non-histone macro-domain (Residues: 161-372)	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；25% PEG 5000MME 0.1 M Bis-Tris pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.92 Å R-free 0.277
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 161–372	片段：non-histone macro-domain (Residues: 161-372)	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；25% PEG 5000MME 0.1 M Bis-Tris pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.92 Å R-free 0.277

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1ZR5	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1U35 Crystal structure of the nucleosome core particle containing the histone domain of macroH2A 提交 2004-07-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 C 1–120（120 aa）链 G 1–120（120 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；potassium chloride, manganese chloride, potassium cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 3.00 Å R-free 0.260
2F8N 2.9 Angstrom X-ray structure of hybrid macroH2A nucleosomes 提交 2005-12-02	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 G 1–119（119 aa）片段：residues 0-119	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；34 to 37.5mM KCl and 40-45mM MnCl2, 5mM Potassium Cacodylate, Sample concentration: 8-12 mg/ml, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 2.90 Å R-free 0.269
3HSV Structures of SPOP-Substrate Complexes: Insights into Molecular Architectures of BTB-Cul3 Ubiquitin Ligases: SPOPMATHx-MacroH2ASBCpep2 提交 2009-06-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 M 171–186（16 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 3 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.43 Å R-free 0.206
3IVB Structures of SPOP-Substrate Complexes: Insights into Architectures of BTB-Cul3 Ubiquitin Ligases: SPOPMATH-MacroH2ASBCpep1 提交 2009-08-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 M 167–181（15 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 5 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；298 K；10-20% PEG3350, 0.1 M Tris pH 7.6, 50 mM zinc acetate. Cryoprotection 30% PEG400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.75 Å R-free 0.247
5IIT Structure of SPX domain of the yeast inorganic polyphophate polymerase Vtc4 crystallized by carrier-driven crystallization in fusion with the macro domain of human histone macroH2A1.1 提交 2016-03-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 181–366（186 aa）	未记录	MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 SO4 SULFATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；19% PEG 3350, 0.1M AmSO4, 0.1M MES	分辨率 2.13 Å R-free 0.247
5IIT Structure of SPX domain of the yeast inorganic polyphophate polymerase Vtc4 crystallized by carrier-driven crystallization in fusion with the macro domain of human histone macroH2A1.1 提交 2016-03-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 181–366（186 aa）	未记录	MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 SO4 SULFATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；19% PEG 3350, 0.1M AmSO4, 0.1M MES	分辨率 2.13 Å R-free 0.247
5IIT Structure of SPX domain of the yeast inorganic polyphophate polymerase Vtc4 crystallized by carrier-driven crystallization in fusion with the macro domain of human histone macroH2A1.1 提交 2016-03-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 181–366（186 aa）	未记录	MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 SO4 SULFATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；19% PEG 3350, 0.1M AmSO4, 0.1M MES	分辨率 2.13 Å R-free 0.247
5IIT Structure of SPX domain of the yeast inorganic polyphophate polymerase Vtc4 crystallized by carrier-driven crystallization in fusion with the macro domain of human histone macroH2A1.1 提交 2016-03-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 181–366（186 aa）	未记录	MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；19% PEG 3350, 0.1M AmSO4, 0.1M MES	分辨率 2.13 Å R-free 0.247
5LNC Structure of SPX domain of the yeast inorganic polyphophate polymerase Vtc4 crystallized by carrier-driven crystallization in fusion with the macro domain of human histone macroH2A1.1 提交 2016-08-03	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 182–366（185 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；8.75% PEG 6000, 2.75M NaCl	分辨率 3.29 Å R-free 0.302
5LNC Structure of SPX domain of the yeast inorganic polyphophate polymerase Vtc4 crystallized by carrier-driven crystallization in fusion with the macro domain of human histone macroH2A1.1 提交 2016-08-03	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 182–366（185 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；8.75% PEG 6000, 2.75M NaCl	分辨率 3.29 Å R-free 0.302

共 6 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H2AY_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–214； UniProt 161–372 作者链 B； PDB构建体 3–214； UniProt 161–372

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1zr5
沉积日期 deposition_date	2005-05-19
结构标题 title	Crystal structure of the macro-domain of human core histone variant macroH2A1.2
关键词 keywords	chromatin, histone, a1pp, macro-domain, p-loop, splicing, Gene Regulation; GENE REGULATION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.40 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.90 Å
零角强度 I(0) i0	25586500.00
分子量 molecular_weight	40464.0 kDa
排除体积 excluded_volume	51518 Å³
包络体积 envelope_volume	63221 Å³
水化壳体积 shell_volume	22649 Å³
包络直径 envelope_diameter	78.2 Å
壳层 Rg shell_rg	30.11 Å
包络 Rg envelope_rg	23.88 Å
形状 Rg shape_rg	23.88 Å
总 Rg total_rg	24.78 Å
总原子数 total_atoms	2848
残基数 n_residues	376
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	75.7 Å
Rg (实空间) rg_real	24.44 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.49 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.5590e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.6180e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.44 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	25590000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9002
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	25.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.342
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.590
角度范围 angular_range	— – 0.3250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	6496000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.917; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.966; Smooth: 0.980

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1zr5a1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.50 — Macro domain-like
超家族 Superfamily superfamily	c.50.1 — Macro domain-like
家族 Family family	c.50.1.2 — Macro domain

结构域编号 domain_id	d1zr5b_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.50 — Macro domain-like
超家族 Superfamily superfamily	c.50.1 — Macro domain-like
家族 Family family	c.50.1.2 — Macro domain

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1zr5A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	220 — Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1

结构域编号 domain_id	1zr5B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	220 — Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	40.549 Å
晶胞边长 b length_b	72.258 Å
晶胞边长 c length_c	144.641 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.920 Å
最低分辨率 resolution_low	72.360 Å
R 因子 r_factor	0.2165
R_work r_work	0.2134
R_free r_free	0.2769

描述 description	H2AFY protein
分子量 formula_weight	22706.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	2855

Crystal structure of the macro-domain of human core histone variant macroH2A1.2

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

H2AFY protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	7

fit	/app/data/saxs_computation/zr/1zr5/1zr5.fit
pddf	/app/data/pr_computation/zr/1zr5/1zr5.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/zr/1zr5/1zr5.dat