SAXSdb — 1zsz

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Stringent starvation protein B homolog

Haemophilus influenzae

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	MAGNESIUM ION × 2 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	MAGNESIUM ION × 2 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 6	MAGNESIUM ION × 6 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SSPB_HAEIN
Isoform	—
PDB实体	1, 2, 3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–110； UniProt 1–110 作者链 B； PDB构建体 1–111； UniProt 1–111 作者链 C； PDB构建体 1–129； UniProt 1–129

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1zsz
沉积日期 deposition_date	2005-05-25
结构标题 title	Crystal structure of a computationally designed SspB heterodimer
关键词 keywords	protein design, AAA, adaptor, specificity, DE NOVO PROTEIN; DE NOVO PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1zsz__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1zsz__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1zsz__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	20.50 Å
Rg（电子密度）	19.89 Å
总 Rg	20.78 Å
原子数	1668
残基数	212
排除体积	29608 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1zsz__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1zsz__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`1zsz__assembly_3__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Stringent starvation protein B homolog
分子量 formula_weight	12511.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2646

MEYKSSPKRPYLLRAYYDWLVDNSFTPYLVVDATYLGVNVPVEYVKDGQIVLNLSASATGNLQLTNDFIQFNARFKGVSRELYIPMGAALAIYARENGDGVMFEPEEIYD

来源 Source

来源生物 organism	Haemophilus influenzae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	727
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Stringent starvation protein B homolog
分子量 formula_weight	12578.1 kDa
突变 mutation	A15S,Y16L,V101A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MEYKSSPKRPYLLRSLYDWLVDNSFTPYLVVDATYLGVNVPVEYVKDGQIVLNLSASATGNLQLTNDFIQFNARFKGVSRELYIPMGAALAIYARENGDGAMFEPEEIYDE

来源 Source

来源生物 organism	Haemophilus influenzae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	727
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Stringent starvation protein B homolog
分子量 formula_weight	14769.4 kDa
突变 mutation	L12Y,A15G,Y16F,V101M
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MEYKSSPKRPYYLRGFYDWLVDNSFTPYLVVDATYLGVNVPVEYVKDGQIVLNLSASATGNLQLTNDFIQFNQRFKGVSRELYIPMGAALAIYARENGDGMMFEPEEIYDELNIEPDTEQPTGFYEAVD

来源 Source

来源生物 organism	Haemophilus influenzae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	727
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	93

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1zsza1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.136 — SspB-like
超家族 Superfamily superfamily	b.136.1 — SspB-like
家族 Family family	b.136.1.1 — Stringent starvation protein B, SspB

结构域编号 domain_id	d1zszb1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.136 — SspB-like
超家族 Superfamily superfamily	b.136.1 — SspB-like
家族 Family family	b.136.1.1 — Stringent starvation protein B, SspB

结构域编号 domain_id	d1zszc1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.136 — SspB-like
超家族 Superfamily superfamily	b.136.1 — SspB-like
家族 Family family	b.136.1.1 — Stringent starvation protein B, SspB

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	1zszA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	220 — SspB-like

结构域编号 domain_id	1zszB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	220 — SspB-like

结构域编号 domain_id	1zszC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	220 — SspB-like

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晶胞边长 a length_a	120.004 Å
晶胞边长 b length_b	61.036 Å
晶胞边长 c length_c	62.385 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	110.87 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	29.150 Å
R 因子 r_factor	0.2420
R_work r_work	0.2310
R_free r_free	0.2570

Crystal structure of a computationally designed SspB heterodimer

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Stringent starvation protein B homolog

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1zsz__assembly_1__model_1

1zsz__assembly_1__model_1 | I(q)

1zsz__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of a computationally designed SspB heterodimer

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Stringent starvation protein B homolog

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1zsz__assembly_1__model_1

1zsz__assembly_1__model_1 | I(q)

1zsz__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)