SAXSdb — 1zt2

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1zt2
沉积日期 deposition_date	2005-05-26
结构标题 title	Heterodimeric structure of the core primase.
关键词 keywords	Heterodimeric complex, replication, transferase; replication, transferase
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	38.53 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	38.39 Å
零角强度 I(0) i0	245896000.00
分子量 molecular_weight	125490.0 kDa
排除体积 excluded_volume	156580 Å³
包络体积 envelope_volume	217420 Å³
水化壳体积 shell_volume	48577 Å³
包络直径 envelope_diameter	136.1 Å
壳层 Rg shell_rg	42.79 Å
包络 Rg envelope_rg	37.90 Å
形状 Rg shape_rg	38.33 Å
总 Rg total_rg	38.85 Å
总原子数 total_atoms	8771
残基数 n_residues	1056
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	135.4 Å
Rg (实空间) rg_real	38.70 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.25 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.4590e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.9190e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	38.60 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	245900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7945
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	46.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.461
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.168
角度范围 angular_range	— – 0.2050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	34930000.0000
实空间数据点数 n_real_points	42
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.789; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.956; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	DNA primase small subunit
分子量 formula_weight	37643.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	8799

MGTFTLHQGQTNLIKSFFRNYYLNAELELPKDMELREFALQPFGSDTYVRHLSFSSSEELRDYLVNRNLPLHLFYSSARYQLPSARNMEEKAWMGSDLLFDIDADHLCKLRSIRFCPVCGNAVVSEKCERDNVETLEYVEMTSECIKRGLEQTRNLVEILEDDFGLKPKVYFSGNRGFHVQVDCYGNCALLDSDERKEIAEYVMGIGVPGYPGGSENAPGWVGRKNRGINGVTIDEQVTIDVKRLIRIPNSLHGKSGLIVKRVPNLDDFEFNETLSPFTGYTIFLPYITIETEVLGSIIKLNRGIPIKIKSSIGIYLHLRNLGEVKAYVR

来源 Source

来源生物 organism	Sulfolobus solfataricus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2287
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	DNA primase large subunit
分子量 formula_weight	24906.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

MALDVKKYPFIKSLDDELKKYGGGITLTDLLLNSTTLIDQAKDRIQKTKSGDELPHYVSYNEPVLVFYTTLLSLAILNDVKLIRRYAYAEAKQFRSLLHTENEENLLEISKLLDLKINRCDPIKFYLEKKRRIIQKEFCVHFIDYLKYTKDLKEDWKLSGQILHKGYVYLDKNQLIGLIAESIKSKIVEMIRPLNLKEIPEKLKSLIERRGI

来源 Source

来源生物 organism	Sulfolobus solfataricus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2287
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	39

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	12

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1zt2a1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.264 — Prim-pol domain
超家族 Superfamily superfamily	d.264.1 — Prim-pol domain
家族 Family family	d.264.1.1 — PriA-like

结构域编号 domain_id	d1zt2b1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.262 — PriB N-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.262.1 — PriB N-terminal domain-like
家族 Family family	a.262.1.1 — PriB N-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d1zt2d1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.262 — PriB N-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.262.1 — PriB N-terminal domain-like
家族 Family family	a.262.1.1 — PriB N-terminal domain-like

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1zt2A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	920 — DNA primase, PRIM domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA primase, PRIM domain

结构域编号 domain_id	1zt2C00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	920 — DNA primase, PRIM domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA primase, PRIM domain

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	193.287 Å
晶胞边长 b length_b	193.287 Å
晶胞边长 c length_c	213.029 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 42 21 2
空间群编号 int_tables_number	94
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.330 Å
最低分辨率 resolution_low	39.120 Å
R 因子 r_factor	0.2360
R_work r_work	0.2360
R_free r_free	0.2430

fit	/app/data/saxs_computation/zt/1zt2/1zt2.fit
pddf	/app/data/pr_computation/zt/1zt2/1zt2.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/zt/1zt2/1zt2.dat

Heterodimeric structure of the core primase.

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)