SAXSdb — 1zuk

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Myosin tail region-interacting protein MTI1

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–68 链 B； UniProt 1–68	片段：SH3 domain	Proline-rich protein LAS17 × 1 （Q12446） CL CHLORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.90 Å R-free 0.226

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1ZUK	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1TG0 0.97-A structure of the SH3 domain of bbc1 提交 2004-05-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–68（68 aa）片段：sh3 domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；295 K；3.2M ammonium sulfate, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 0.97 Å R-free 0.193
1WDX Yeast BBC1 SH3 domain, triclinic crystal form 提交 2004-05-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–68（68 aa）片段：SH3 domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；3.2M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.326
1WDX Yeast BBC1 SH3 domain, triclinic crystal form 提交 2004-05-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–68（68 aa）片段：SH3 domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；3.2M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.326
1WDX Yeast BBC1 SH3 domain, triclinic crystal form 提交 2004-05-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–68（68 aa）片段：SH3 domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；3.2M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.326
1WDX Yeast BBC1 SH3 domain, triclinic crystal form 提交 2004-05-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1–68（68 aa）片段：SH3 domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；3.2M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.326
2DYF Solution structure of the first WW domain of FBP11 / HYPA (FBP11 WW1) complexed with a PL (PPLP) motif peptide ligand 提交 2006-09-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 796–802（7 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5；283 K；离子强度（mmCIF原始值）0.3；压力 1 NMR样品组成 1.5MM FBP11 WW1 U-15N, 13C 5.3MM NATURAL ABUNDANCE PL MOTIF PEPTIDE; 50MM PHOSPHATE BUFFER NA; 50MM NACL; 90% H2O, 10% D2O; 1.5MM FBP11 WW1 U- 15N, 13C; 5.3MM NATURAL ABUNDANCE PL MOTIF PEPTIDE; 50MM PHOSPHATE BUFFER NA; 50MM NACL; 100% D2O; 1.6MM FBP11 WW1 NATURAL ABUNDANCE; 4.4MM PL MOTIF PEPTIDE U-15N, 13C; 50MM PHOSPHATE BUFFER NA; 50MM NACL; 90% H2O, 10% D2O; 1.6MM FBP11 WW1 NATURAL ABUNDANCE; 4.4MM PL MOTIF PEPTIDE U-15N, 13C; 50MM PHOSPHATE BUFFER NA; 50MM NACL; 100% D2O; 1.5MM FBP11 WW1 U-15N; 5.3MM NATURAL ABUNDANCE PL MOTIF PEPTIDE; 50MM PHOSPHATE BUFFER NA; 50MM NACL; 90% H2O, 10% D2O	分辨率未提供

共 3 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BBC1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–68； UniProt 1–68 作者链 B； PDB构建体 1–68； UniProt 1–68

Proline-rich protein LAS17

物种未注明

UniProt Q12446

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 350–360	片段：PxxP motif	Myosin tail region-interacting protein MTI1 × 2 （P47068） CL CHLORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.90 Å R-free 0.226

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LAS17_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–11； UniProt 350–360

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1zuk
沉积日期 deposition_date	2005-05-31
结构标题 title	Yeast BBC1 Sh3 domain complexed with a peptide from Las17
关键词 keywords	SH3 domain, PxxP peptide, CONTRACTILE PROTEIN; CONTRACTILE PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	17.61 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	16.54 Å
零角强度 I(0) i0	4940790.00
分子量 molecular_weight	16291.0 kDa
排除体积 excluded_volume	20377 Å³
包络体积 envelope_volume	24020 Å³
水化壳体积 shell_volume	12889 Å³
包络直径 envelope_diameter	59.7 Å
壳层 Rg shell_rg	21.51 Å
包络 Rg envelope_rg	16.96 Å
形状 Rg shape_rg	16.49 Å
总 Rg total_rg	17.61 Å
总原子数 total_atoms	1157
残基数 n_residues	141
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	60.4 Å
Rg (实空间) rg_real	17.63 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.35 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.9410e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.5330e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	17.63 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	4941000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8664
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	18.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.377
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.282
角度范围 angular_range	— – 0.4500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1388000.0000
实空间数据点数 n_real_points	76
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.778; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.928; Smooth: 0.999

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Myosin tail region-interacting protein MTI1
分子量 formula_weight	7821.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	1354

MSEPEVPFKVVAQFPYKSDYEDDLNFEKDQEIIVTSVEDAEWYFGEYQDSNGDVIEGIFPKSFVAVQG

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Proline-rich protein LAS17
分子量 formula_weight	1181.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

RGPAPPPPPHR

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	179

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1zukA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — SH3 Domains

结构域编号 domain_id	1zukB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — SH3 Domains

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	51.770 Å
晶胞边长 b length_b	78.500 Å
晶胞边长 c length_c	35.460 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	15.000 Å
R 因子 r_factor	0.1764
R_work r_work	0.1739
R_free r_free	0.2260

fit	/app/data/saxs_computation/zu/1zuk/1zuk.fit
pddf	/app/data/pr_computation/zu/1zuk/1zuk.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/zu/1zuk/1zuk.dat

Yeast BBC1 Sh3 domain complexed with a peptide from Las17

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Myosin tail region-interacting protein MTI1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Proline-rich protein LAS17

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)