1zx4

Structure of ParB bound to DNA

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 120.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1zx4
沉积日期 deposition_date	2005-06-06
结构标题 title	Structure of ParB bound to DNA
关键词 keywords	partition; P1; plasmid, CELL CYCLE; CELL CYCLE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.81 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	36.26 Å
零角强度 I(0) i0	73192800.00
分子量 molecular_weight	56873.0 kDa
排除体积 excluded_volume	66293 Å³
包络体积 envelope_volume	98183 Å³
水化壳体积 shell_volume	25814 Å³
包络直径 envelope_diameter	121.6 Å
壳层 Rg shell_rg	36.57 Å
包络 Rg envelope_rg	36.10 Å
形状 Rg shape_rg	36.12 Å
总 Rg total_rg	36.62 Å
总原子数 total_atoms	3887
残基数 n_residues	394
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	120.0 Å
Rg (实空间) rg_real	37.22 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.28 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.3190e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3070e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	36.97 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	73180000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7927
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	27.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.407
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.731
角度范围 angular_range	— – 0.2150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2775000.0000
实空间数据点数 n_real_points	44
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.783; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.476; Smooth: 0.477

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	parS-small DNA centromere site
分子量 formula_weight	7708.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	T
原子数 atom_count	3894

GCGATTTCAAGGTGAAATCGCCACG

Entity 2 polymer

描述 description	parS-small DNA centromere site
分子量 formula_weight	7649.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	S

CGTGGCGATTTCACCTTGAAATCGC

Entity 3 polymer

描述 description	Plasmid Partition par B protein
分子量 formula_weight	22212.6 kDa
突变 mutation	residues 142-333
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B

DVQTALQHSIREIGLRLMRMKNDGMSQKDIAAKEGLSQAKVTRALQAASAPEELVALFPVQSELTFSDYKTLCAVGDEMGNKNLEFDQLIQNISPEINDILSINEMAEDEVKNKILRLITKEASLLTDKGSKDKSVVTELWKFEDKDRFARKRVKGRAFSYEFNRLSKELQEELDRMIGHILRKSLDKKPKP

来源 Source

来源生物 organism	Enterobacteria phage P1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10678
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 non-polymer

描述 description	CITRIC ACID
分子量 formula_weight	192.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	7

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	154.600 Å
晶胞边长 b length_b	154.600 Å
晶胞边长 c length_c	132.300 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 62 2 2
空间群编号 int_tables_number	180
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.980 Å
最低分辨率 resolution_low	50.610 Å
R 因子 r_factor	0.2481
R_work r_work	0.2480
R_free r_free	0.2960

fit	/app/data/saxs_computation/zx/1zx4/1zx4.fit
pddf	/app/data/pr_computation/zx/1zx4/1zx4.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/zx/1zx4/1zx4.dat

Structure of ParB bound to DNA

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)