21bk

Crystal Structure of the Fluoroacetate Dehalogenase RPA1163-His280Ala with (S)-2-fluoro-3-phenylpropanoic acid

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 90.6 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	21bk
沉积日期 deposition_date	2025-12-06
最后修订 last_revision	2026-01-07
结构标题 title	Crystal Structure of the Fluoroacetate Dehalogenase RPA1163-His280Ala with (S)-2-fluoro-3-phenylpropanoic acid
关键词 keywords	Fluoroacetate dehalogenase, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.92 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.41 Å
零角强度 I(0) i0	130688000.00
分子量 molecular_weight	61377.0 kDa
排除体积 excluded_volume	59743 Å³
包络体积 envelope_volume	89985 Å³
水化壳体积 shell_volume	28920 Å³
包络直径 envelope_diameter	93.1 Å
壳层 Rg shell_rg	33.41 Å
包络 Rg envelope_rg	26.67 Å
形状 Rg shape_rg	26.39 Å
总 Rg total_rg	26.93 Å
总原子数 total_atoms	4670
残基数 n_residues	590
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	90.6 Å
Rg (实空间) rg_real	27.06 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.73 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3070e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.9650e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	27.02 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	130700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7718
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	26.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.470
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.424
角度范围 angular_range	— – 0.2950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	66870000.0000
实空间数据点数 n_real_points	60
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.728; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.847; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (2)

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	41.226 Å
晶胞边长 b length_b	76.794 Å
晶胞边长 c length_c	83.305 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	103.59 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.014 Å
最低分辨率 resolution_low	40.485 Å
R 因子 r_factor	0.1568
R_work r_work	0.1532
R_free r_free	0.2123

描述 description	Fluoroacetate dehalogenase
分子量 formula_weight	33815.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.8.1.3
突变 mutation	H280A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5090

Crystal Structure of the Fluoroacetate Dehalogenase RPA1163-His280Ala with (S)-2-fluoro-3-phenylpropanoic acid

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Rhodopseudomonas palustris CGA009
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	258594
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	420

fit	/app/data/saxs_computation/1b/21bk/21bk.fit
pddf	/app/data/pr_computation/1b/21bk/21bk.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/1b/21bk/21bk.dat