21dh

;Crystal structure of MBP-fused Monobody P' in complex with HPPU ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 138.1 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	21dh
沉积日期 deposition_date	2025-12-09
最后修订 last_revision	2026-03-18
结构标题 title	;Crystal structure of MBP-fused Monobody P' in complex with HPPU ;
关键词 keywords	engineered binding protein, fibronectin type III domain, ligand-binding complex, beta-sandwich fold, CELL ADHESION; CELL ADHESION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	44.20 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	43.53 Å
零角强度 I(0) i0	2611000000.00
分子量 molecular_weight	287100.0 kDa
排除体积 excluded_volume	280730 Å³
包络体积 envelope_volume	524930 Å³
水化壳体积 shell_volume	96157 Å³
包络直径 envelope_diameter	142.9 Å
壳层 Rg shell_rg	52.01 Å
包络 Rg envelope_rg	42.32 Å
形状 Rg shape_rg	43.50 Å
总 Rg total_rg	43.84 Å
总原子数 total_atoms	21844
残基数 n_residues	2784
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	138.1 Å
Rg (实空间) rg_real	43.90 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.65 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.6110e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.0510e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	44.20 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2612000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8839
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	57.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.086
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.440
角度范围 angular_range	— – 0.1800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0002
最高正则化参数 α highest_alpha	249800000.0000
实空间数据点数 n_real_points	37
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.872; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.960; Smooth: 0.909

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	;Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Monobody P' ;
分子量 formula_weight	53901.5 kDa
突变 mutation	A324V
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	22042

MGSMHHHHHHHHKIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELVKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTASNAAATGSLEVVEASPTSIQISWDAYADRHMDYQDVRYYRITYGETGGNSPVQEFTVPGSKSTATISGLKPGVDYTITVYAVTWWGSYKWWVPPISINYRTEIDKPSQ

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 branched

描述 description	alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	342.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

Entity 3 non-polymer

描述 description	1-(4-hydroxyphenyl)-3-phenyl-urea
分子量 formula_weight	228.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	198

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7. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	99.159 Å
晶胞边长 b length_b	170.581 Å
晶胞边长 c length_c	422.181 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	48

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.570 Å
最低分辨率 resolution_low	49.330 Å
R 因子 r_factor	0.2150
R_work r_work	0.2133
R_free r_free	0.2473

fit	/app/data/saxs_computation/1d/21dh/21dh.fit
pddf	/app/data/pr_computation/1d/21dh/21dh.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/1d/21dh/21dh.dat

;Crystal structure of MBP-fused Monobody P' in complex with HPPU ;

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction