21ji

Crystal structure of isoprimeverose-producing enzyme from Phaeoacremonium minimum

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 157.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	21ji
沉积日期 deposition_date	2025-12-15
结构标题 title	Crystal structure of isoprimeverose-producing enzyme from Phaeoacremonium minimum
关键词 keywords	Glycoside hydrolase, GH3, isoprimeverose, xyloglucan, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	45.80 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	45.86 Å
零角强度 I(0) i0	945769000.00
分子量 molecular_weight	256000.0 kDa
排除体积 excluded_volume	320380 Å³
包络体积 envelope_volume	411060 Å³
水化壳体积 shell_volume	75477 Å³
包络直径 envelope_diameter	164.6 Å
壳层 Rg shell_rg	49.31 Å
包络 Rg envelope_rg	45.70 Å
形状 Rg shape_rg	45.84 Å
总 Rg total_rg	46.06 Å
总原子数 total_atoms	18033
残基数 n_residues	2270
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	157.0 Å
Rg (实空间) rg_real	46.02 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.62 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.4580e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.7590e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	45.80 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	945500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8519
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	0
主峰位置 r_peak_primary	— Å
偏度 Skewness skewness	0.473
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.384
角度范围 angular_range	— – 0.1700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	163300000.0000
实空间数据点数 n_real_points	35
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.758; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.804

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

描述 description	Isoprimeverose-producing oligoxyloglucan hydrolase,beta-glucosidase
分子量 formula_weight	94573.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.120,3.2.1.21
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	18089

MRFPSIFTAVLFAASSALAAPVNTTTEDETAQIPAEAVIGYSDLEGDFDVAVLPFSNSTNNGLLFINTTIASIAAKEEGVSLEKREAEAEFVPVYKNPNATVDDRIADLLKRMTIEDKTAQLIQGDISNWINTTDGTFNATGLEWNMKYRASMFYVGYPTNWSTISNGVKIAQDYLVHNTTLGIPALVQSEGIHGFLIPNATIFNSPIAQACSWNPELVEKMGKAIAQESLALGVNNLFAPLGDLARELRFGRVEETYGEDGYLSGEMAYSYVKGLQSGNVAAMVKHFAAFATPEQGVNTAPVHGGERELLTTYLPSYKRAIIDAGAYTIMSAYHCYDGVPAVADYHVLTEILRDSWGFKYFVMSDAGGTDRLCNSFGMCEASPIDSEAVTSMVLPSGNDVEMGGGSYNFQKIPEMVAAGKLDEKLVDQAVSRVLRVKFEMGLFEKPYQGVAEDEASKYINTKETIELARQLDTESIVLLENHEDLLPLKKSAKIAVIGPMAHGYMNYGDYVPYRSQYRGVTPLDGIRAAVDDESSVSYAQGCERWSNDESGFPEAIAAAEGADVAVVVVGTWSRDQGELWQNLNATTGEHIDVASLNLVGAMPRLVSAIINTGKPTVVVFSSGKPVTEPWISTNASALVQQFYPSEQGGNALADVLFGDYNPSGRLSVSFPYDVGTTPIYYDYLNSARAWPNPGHAYPNGTLVFGSNYVLNTPLPLYDFGYGKSYSTFSYSEITLSKSTASSSDTVTVSVDVTNNSTRDGTEVVQLYVKDLVSSVVVPNKQLKGFAKIPIAAGATETVKLDLKVADLGLWDIKYNYVVEPGNFTIFIGSSSADFRANTTLTVVAAASFLEQKLISEEDLNSAVDHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Phaeoacremonium minimum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	223192
宿主生物 host_organism	Komagataella pastoris

Entity 2 branched

描述 description	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

Entity 3 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	22

Entity 5 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	22

Entity 6 non-polymer

描述 description	TETRAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 8 non-polymer

描述 description	TRIETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	150.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 9 non-polymer

描述 description	HEXAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	282.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 10 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	47

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7. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	186.185 Å
晶胞边长 b length_b	74.028 Å
晶胞边长 c length_c	184.494 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	95.23 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	49.080 Å
R 因子 r_factor	0.2182
R_work r_work	0.2156
R_free r_free	0.2681

fit	/app/data/saxs_computation/1j/21ji/21ji.fit
pddf	/app/data/pr_computation/1j/21ji/21ji.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/1j/21ji/21ji.dat