21ji

Crystal structure of isoprimeverose-producing enzyme from Phaeoacremonium minimum

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Isoprimeverose-producing oligoxyloglucan hydrolase,beta-glucosidase

Phaeoacremonium minimum

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	同源多聚体	蛋白 2 其他聚合物 4	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18 ACETATE ION × 18 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 CALCIUM ION × 2 TRIETHYLENE GLYCOL × 2 water × 2	与蛋白数一致
2	信息不足	同源多聚体	蛋白 2 其他聚合物 4	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 13 ACETATE ION × 13 CALCIUM ION × 2 HEXAETHYLENE GLYCOL × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0AA49QB00_RATRT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–90； UniProt 1–90 作者链 B； PDB构建体 1–90； UniProt 1–90 作者链 C； PDB构建体 1–90； UniProt 1–90

Isoprimeverose-producing oligoxyloglucan hydrolase,beta-glucosidase

Phaeoacremonium minimum

UniProt R8BKC2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	同源多聚体	蛋白 2 其他聚合物 4	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18 ACETATE ION × 18 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 CALCIUM ION × 2 TRIETHYLENE GLYCOL × 2 water × 2	与蛋白数一致
2	信息不足	同源多聚体	蛋白 2 其他聚合物 4	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 13 ACETATE ION × 13 CALCIUM ION × 2 HEXAETHYLENE GLYCOL × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	R8BKC2_PHAM7
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 92–844； UniProt 25–777 作者链 B； PDB构建体 92–844； UniProt 25–777 作者链 C； PDB构建体 92–844； UniProt 25–777

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	21ji
沉积日期 deposition_date	2025-12-15
结构标题 title	Crystal structure of isoprimeverose-producing enzyme from Phaeoacremonium minimum
关键词 keywords	Glycoside hydrolase, GH3, isoprimeverose, xyloglucan, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

21ji__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

21ji__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

21ji__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	35.36 Å
Rg（电子密度）	34.59 Å
总 Rg	35.22 Å
原子数	11980
残基数	1513
排除体积	212820 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`21ji__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`21ji__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Isoprimeverose-producing oligoxyloglucan hydrolase,beta-glucosidase
分子量 formula_weight	94573.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.120,3.2.1.21
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	18089

MRFPSIFTAVLFAASSALAAPVNTTTEDETAQIPAEAVIGYSDLEGDFDVAVLPFSNSTNNGLLFINTTIASIAAKEEGVSLEKREAEAEFVPVYKNPNATVDDRIADLLKRMTIEDKTAQLIQGDISNWINTTDGTFNATGLEWNMKYRASMFYVGYPTNWSTISNGVKIAQDYLVHNTTLGIPALVQSEGIHGFLIPNATIFNSPIAQACSWNPELVEKMGKAIAQESLALGVNNLFAPLGDLARELRFGRVEETYGEDGYLSGEMAYSYVKGLQSGNVAAMVKHFAAFATPEQGVNTAPVHGGERELLTTYLPSYKRAIIDAGAYTIMSAYHCYDGVPAVADYHVLTEILRDSWGFKYFVMSDAGGTDRLCNSFGMCEASPIDSEAVTSMVLPSGNDVEMGGGSYNFQKIPEMVAAGKLDEKLVDQAVSRVLRVKFEMGLFEKPYQGVAEDEASKYINTKETIELARQLDTESIVLLENHEDLLPLKKSAKIAVIGPMAHGYMNYGDYVPYRSQYRGVTPLDGIRAAVDDESSVSYAQGCERWSNDESGFPEAIAAAEGADVAVVVVGTWSRDQGELWQNLNATTGEHIDVASLNLVGAMPRLVSAIINTGKPTVVVFSSGKPVTEPWISTNASALVQQFYPSEQGGNALADVLFGDYNPSGRLSVSFPYDVGTTPIYYDYLNSARAWPNPGHAYPNGTLVFGSNYVLNTPLPLYDFGYGKSYSTFSYSEITLSKSTASSSDTVTVSVDVTNNSTRDGTEVVQLYVKDLVSSVVVPNKQLKGFAKIPIAAGATETVKLDLKVADLGLWDIKYNYVVEPGNFTIFIGSSSADFRANTTLTVVAAASFLEQKLISEEDLNSAVDHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Phaeoacremonium minimum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	223192
宿主生物 host_organism	Komagataella pastoris

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	22

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	22

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	TETRAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	TRIETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	150.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	HEXAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	282.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 10 Entity 10 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	47

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晶胞边长 a length_a	186.185 Å
晶胞边长 b length_b	74.028 Å
晶胞边长 c length_c	184.494 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	95.23 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	49.080 Å
R 因子 r_factor	0.2182
R_work r_work	0.2156
R_free r_free	0.2681

Crystal structure of isoprimeverose-producing enzyme from Phaeoacremonium minimum

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Isoprimeverose-producing oligoxyloglucan hydrolase,beta-glucosidase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Isoprimeverose-producing oligoxyloglucan hydrolase,beta-glucosidase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

21ji__assembly_2__model_1

21ji__assembly_2__model_1 | I(q)

21ji__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 water

7. 引用文献 (2)

Crystal structure of isoprimeverose-producing enzyme from Phaeoacremonium minimum

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Isoprimeverose-producing oligoxyloglucan hydrolase,beta-glucosidase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Isoprimeverose-producing oligoxyloglucan hydrolase,beta-glucosidase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

21ji__assembly_2__model_1

21ji__assembly_2__model_1 | I(q)

21ji__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 water

7. 引用文献 (2)