21jv

Alcohol Oxidase Mod2p from Ogataea methanolica

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 154.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	21jv
沉积日期 deposition_date	2025-12-15
结构标题 title	Alcohol Oxidase Mod2p from Ogataea methanolica
关键词 keywords	ALCOHOL OXIDASE, OXIDOREDUCTASE CANONICAL FAD, Mod2p, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	50.38 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	49.83 Å
零角强度 I(0) i0	5145500000.00
分子量 molecular_weight	594260.0 kDa
排除体积 excluded_volume	738050 Å³
包络体积 envelope_volume	907450 Å³
水化壳体积 shell_volume	139570 Å³
包络直径 envelope_diameter	153.4 Å
壳层 Rg shell_rg	61.93 Å
包络 Rg envelope_rg	48.96 Å
形状 Rg shape_rg	49.78 Å
总 Rg total_rg	50.24 Å
总原子数 total_atoms	41848
残基数 n_residues	5296
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	154.8 Å
Rg (实空间) rg_real	50.06 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.73 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.1460e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.1100e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	50.63 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	5149000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8802
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	69.9 Å
偏度 Skewness skewness	-0.021
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.532
角度范围 angular_range	— – 0.1550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2338000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	32
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.864; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.949; Smooth: 0.897

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	alcohol oxidase
分子量 formula_weight	73730.9 kDa
EC 编号 ec_number	1.1.3.13
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	8

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	44163

MAIPEEFDIIVVGGGSAGCPTAGRLANLDPNLTVALIEAGENNINNPWVYLPGVYPRNMRLDSKTATFYSSRPSPHLNGRRAIVPCANILGGGSSINFMMYTRGSASDYDDWESEGWTTDELLPLMKRLETYQRPCNNPDLHGFDGPIKVSFGNYTYPNCQDFLRAAESQGIPFVDDAEDLKTSHASQHWLKWINRDLGRRSDAAHAYIHPTMRNKSNLYLITSTKADKVIIEDGVAAGIQVVPSKPLNPEKPAAKIYKARKQIILSCGTISTPLVLQRSGIGSAHKLRQAGIKPIVDLPGVGMNFQDHYCFFTPYHVKPDTPSFDDFARGDKAVQKSAFDQWYANKDGPLTTNGIEAGVKIRPTAEELATADEDFQLGYASYFENKPDKPLMHYSLISGFFGDHTKIPNGKYMTMFHFLEYPFSRGFVHVVSPSPYDAPDFDPGFMNDPKDMWPMVWAYKMSRETARRMECFAGEVTSHHPKYPYDSPARAKDLDLETCKAYAGPDHFTANLYHGSWTIPLEKPTPKNTSHVYSNQVELHAQLEYSKEDDIAIENYIKEHVETTWHCLGTCSMAPREGSSIVPTGGVVDERLNVYDVAHLKCADLSICPDNVGCNTYSTALLVGEKASMIVAEDLGYSGAELDMTIPGFKLGTYESTGLGRF

Entity 2 non-polymer

描述 description	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	785.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2315

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.650 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

fit	/app/data/saxs_computation/1j/21jv/21jv.fit
pddf	/app/data/pr_computation/1j/21jv/21jv.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/1j/21jv/21jv.dat

Alcohol Oxidase Mod2p from Ogataea methanolica

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 non-polymer

Entity 3 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)