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22rb

Phosphoglycerate mutase 1 complexed with a novel scaffold inhibitor

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 86.0 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phosphoglycerate mutase 1

Homo sapiens

UniProt P18669

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 1–254 链 C； UniProt 1–254 未记录 GOL GLYCEROL × 8 CL CHLORIDE ION × 1 A1E4N 4-(4-chlorophenyl)-2-[[4-(3,6-dihydro-2~{H}-pyran-4-yl)phenyl]sulfonylamino]benzoic acid × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；289.15 K；1 mM MES 6.0, 8% PEG 3350 分辨率 1.75 Å R-free 0.205

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 22RB Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1YFK Crystal structure of human B type phosphoglycerate mutase 提交 2005-01-02 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 0–253（254 aa）
链 B 0–253（254 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 CIT CITRIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；297 K；PEG4000, iso-Propanol, tri-Sodium Citrate dehydrate, (NH4)2SO4, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K
分辨率 2.70 Å R-free 0.255
1YJX Crystal structure of human B type phosphoglycerate mutase 提交 2005-01-16 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 0–253（254 aa）
链 B 0–253（254 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 CIT CITRIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；297 K；PEG4000, iso-Propanol, tri-Sodium Citrate dehydrate, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297.0K
分辨率 2.80 Å R-free 0.272
1YJX Crystal structure of human B type phosphoglycerate mutase 提交 2005-01-16 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 0–253（254 aa）
链 D 0–253（254 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 CIT CITRIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；297 K；PEG4000, iso-Propanol, tri-Sodium Citrate dehydrate, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297.0K
分辨率 2.80 Å R-free 0.272
1YJX Crystal structure of human B type phosphoglycerate mutase 提交 2005-01-16 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 0–253（254 aa）
链 F 0–253（254 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 CIT CITRIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；297 K；PEG4000, iso-Propanol, tri-Sodium Citrate dehydrate, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297.0K
分辨率 2.80 Å R-free 0.272
1YJX Crystal structure of human B type phosphoglycerate mutase 提交 2005-01-16 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 G 0–253（254 aa）
链 H 0–253（254 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 CIT CITRIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；297 K；PEG4000, iso-Propanol, tri-Sodium Citrate dehydrate, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297.0K
分辨率 2.80 Å R-free 0.272
1YJX Crystal structure of human B type phosphoglycerate mutase 提交 2005-01-16 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 I 0–253（254 aa）
链 J 0–253（254 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 CIT CITRIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；297 K；PEG4000, iso-Propanol, tri-Sodium Citrate dehydrate, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297.0K
分辨率 2.80 Å R-free 0.272
1YJX Crystal structure of human B type phosphoglycerate mutase 提交 2005-01-16 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 K 0–253（254 aa）
链 L 0–253（254 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 CIT CITRIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；297 K；PEG4000, iso-Propanol, tri-Sodium Citrate dehydrate, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297.0K
分辨率 2.80 Å R-free 0.272
22RH Phosphoglycerate mutase 1 complexed with a novel scaffold inhibitor 提交 2026-01-21 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–254（254 aa）
链 C 1–254（254 aa）
未记录 A1E4P 5-chloranyl-3-methyl-1~{H}-indole-2-carboxylic acid × 3 GOL GLYCEROL × 5 CL CHLORIDE ION × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；289.15 K；100 mM MES 6.0, 8% PEG3350
分辨率 2.28 Å R-free 0.234
22RL Phosphoglycerate mutase 1 complexed with a novel scaffold inhibitor 提交 2026-01-21 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–254（254 aa）
链 C 1–254（254 aa）
未记录 A1E4O 7-bromanyl-5-chloranyl-3-(2-hydroxyethylamino)-1-benzothiophene-2-carboxylic acid × 3 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；289.15 K；100 mM MES 6.0, 8% PEG3350
分辨率 3.19 Å R-free 0.264
22TN Phosphoglycerate mutase 1 complexed with a novel scaffold inhibitor 提交 2026-01-22 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–254（254 aa）
链 C 1–254（254 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 6 CL CHLORIDE ION × 1 A1E4Q ~{N}-[5-(4-chlorophenyl)-2-(1~{H}-1,2,3,4-tetrazol-5-yl)phenyl]-4-phenyl-benzenesulfonamide × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289.15 K；100 mM MES 6.0, 8% PEG3350
分辨率 2.03 Å R-free 0.226
22WM Phosphoglycerate mutase 1 complexed with a fragment 提交 2026-01-26 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–254（254 aa）
链 C 1–254（254 aa）
未记录 A1E4R 4-(4-chlorophenyl)benzoic acid × 2 GOL GLYCEROL × 10 CL CHLORIDE ION × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；289.15 K；1 mM MES 6.0, 8% PEG3350
分辨率 1.91 Å R-free 0.229
4GPI Crystal structure of human B type phosphoglycerate mutase 提交 2012-08-21 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–254（254 aa）
链 C 1–254（254 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；100 mM MES, pH 6.0, 8% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.08 Å R-free 0.233
4GPZ Crystal structure of human B type phosphoglycerate mutase H11 phosphorylated form 提交 2012-08-22 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–254（254 aa） 片段：Human type B phosphoglycerate mutase
链 B 1–254（254 aa） 片段：Human type B phosphoglycerate mutase
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CL CHLORIDE ION × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；PEG3350, MES, pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.65 Å R-free 0.214
5Y2I Phosphoglycerate mutase 1 (PGAM1) complexed with its inhibitor PGMI-004A 提交 2017-07-26 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–254（254 aa）
链 C 1–254（254 aa）
未记录 8KX 3,4-bis(oxidanyl)-9,10-bis(oxidanylidene)-~{N}-[4-(trifluoromethyl)phenyl]anthracene-2-sulfonamide × 1 CL CHLORIDE ION × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；PEG3350, MES
分辨率 1.92 Å R-free 0.214
5Y2U X-ray structure of Phosphoglycerate Mutase 1(PGAM1) complexed with a small molecule 提交 2017-07-27 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–254（254 aa）
链 C 1–254（254 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 AZN ALIZARIN RED × 2 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；8% PEG3350 100mM MES 6.0
分辨率 1.98 Å R-free 0.226
5Y35 Phosphoglycerate mutase 1 complexed with a small molecule inhibitor KH1 提交 2017-07-27 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–254（254 aa）
链 C 1–254（254 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 8LF ~{N}-[3,4-bis(oxidanyl)-9,10-bis(oxidanylidene)anthracen-2-yl]-4-methyl-benzenesulfonamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；MES, pH 6.0, PEG3350
分辨率 1.99 Å R-free 0.244
5Y64 Phosphoglycerate mutase 1 H11 phosphorylated form complexed with KH1 提交 2017-08-10 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–254（254 aa）
链 C 1–254（254 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CL CHLORIDE ION × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 8LF ~{N}-[3,4-bis(oxidanyl)-9,10-bis(oxidanylidene)anthracen-2-yl]-4-methyl-benzenesulfonamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；289 K；MES, PEG3350
分辨率 2.15 Å R-free 0.236
5Y65 Phosphoglycerate mutase 1 complexed with a small molecule inhibitor KH2 提交 2017-08-10 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–254（254 aa）
链 C 1–254（254 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CL CHLORIDE ION × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 HKB ~{N}-[3,4-bis(oxidanyl)-9,10-bis(oxidanylidene)anthracen-2-yl]-4-(dimethylamino)benzenesulfonamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；MES pH 6.0, 8%PEG3350
分辨率 2.55 Å R-free 0.248
5ZRM Phosphoglycerate mutase 1 complexed with a small molecule inhibitor In-AC 提交 2018-04-24 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 2–235（234 aa） 片段：UNP residues 2-235
链 C 2–235（234 aa） 片段：UNP residues 2-235
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CL CHLORIDE ION × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 9HU 2-[(3,4-dihydroxy-9,10-dioxo-9,10-dihydroanthracen-2-yl)sulfamoyl]phenyl acetate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；MES, pH 6.0, PEG3350
分辨率 2.28 Å R-free 0.232
5ZS7 Acetylation of lysine 100 in Phosphoglycerate mutase 1 提交 2018-04-28 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 3–235（233 aa）
链 C 2–235（234 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；MES, pH 6.0, PEG 3350
分辨率 2.68 Å R-free 0.255
5ZS8 Acetylation of lysine 100 of Phosphoglycerate mutase 1 complexed with KH_ol 提交 2018-04-28 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 2–235（234 aa）
链 C 2–241（240 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CL CHLORIDE ION × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 9JF N-(3,4-dihydroxy-9,10-dioxo-9,10-dihydroanthracen-2-yl)-2-hydroxybenzene-1-sulfonamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；MES, pH 6.0, PEG 3350
分辨率 2.20 Å R-free 0.220
6ISN Phosphoglycerate mutase 1 complexed with a small molecule inhibitor 提交 2018-11-17 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 2–235（234 aa） 片段：UNP residues 2-235
链 C 2–235（234 aa） 片段：UNP residues 2-235
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CL CHLORIDE ION × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 AW6 4-chloro-N-(3,4-dihydroxy-9,10-dioxo-9,10-dihydroanthracen-2-yl)benzene-1-sulfonamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；MES, pH 6.0, PEG3350
分辨率 1.98 Å R-free 0.225
7XB7 Phosphoglycerate mutase 1 complexed with a covalent inhibitor 提交 2022-03-21 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–254（254 aa）
链 C 1–254（254 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 CKF 3-[[5-(cyclopenten-1-yl)-2-(methylcarbamoyl)phenyl]sulfamoyl]benzenesulfonic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；MES, pH 6.0, PEG3350
分辨率 2.20 Å R-free 0.236
7XB8 Phosphoglycerate mutase 1 complexed with a covalent inhibitor 提交 2022-03-21 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–254（254 aa）
链 C 1–254（254 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 H6I 4-(cyclopenten-1-yl)-2-[(3-sulfophenyl)sulfonylamino]benzoic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；PEG3350, 100mM MES 6.0
分辨率 1.60 Å R-free 0.191
7XB9 Phosphoglycerate mutase 1 complexed with a covalent inhibitor 提交 2022-03-21 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–254（254 aa）
链 C 1–254（254 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 H5X 3-[[5-(cyclopenten-1-yl)-2-methoxycarbonyl-phenyl]sulfamoyl]benzenesulfonic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；PEG3350, 100mM MES 6.0
分辨率 1.58 Å R-free 0.196
8IT4 Phosphoglycerate mutase 1 complexed with a covalent inhibitor 提交 2023-03-22 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–254（254 aa）
链 B 1–254（254 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CL CHLORIDE ION × 1 SKU 3-[[5-(4-chlorophenyl)-2-methoxycarbonyl-thiophen-3-yl]sulfamoyl]benzenesulfonic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；PEG3350, 100mM MES6.0
分辨率 2.40 Å R-free 0.230
8IT5 Phosphoglycerate mutase 1 complexed with a compound 提交 2023-03-22 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–254（254 aa）
链 C 1–254（254 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 QAI 5-(4-chlorophenyl)-3-[(4-phenylphenyl)sulfonylamino]thiophene-2-carboxylic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；PEG3350, 100mM MES 6.0
分辨率 2.20 Å R-free 0.229
8IT6 Phosphoglycerate mutase 1 complexed with a compound 提交 2023-03-22 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–254（254 aa）
链 C 1–254（254 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 Q90 4-[4-chloranyl-2-(2-hydroxy-2-oxoethyloxy)phenyl]-2-[(4-phenylphenyl)sulfonylamino]benzoic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；PEG3350, 100mM MES 6.0
分辨率 2.55 Å R-free 0.267
8IT7 Phosphoglycerate mutase 1 complexed with a compound 提交 2023-03-22 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–254（254 aa）
链 C 1–254（254 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 Q9F 4-(4-chlorophenyl)-2-oxidanyl-6-[(4-phenylphenyl)sulfonylamino]benzoic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；PEG3350, 100mM MES 6.0
分辨率 2.80 Å R-free 0.249
8IT8 Phosphoglycerate mutase 1 complexed with a compound 提交 2023-03-22 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–254（254 aa）
链 C 1–254（254 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 Q9L 4-(4-chlorophenyl)-2-[(4-phenylphenyl)sulfonylamino]benzoic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；PEG3350, 100mM MES 6.0
分辨率 1.95 Å R-free 0.209
8ITB Phosphoglycerate mutase 1 complexed with a compound 提交 2023-03-22 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–254（254 aa）
链 C 1–254（254 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 Q9R 5-(3-chloranyl-4-fluoranyl-phenyl)-2-oxidanyl-3-[(4-phenylphenyl)sulfonylamino]benzoic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；PEG3350, 100mM MES 6.0
分辨率 2.38 Å R-free 0.243
8ITC Phosphoglycerate mutase 1 complexed with a compound 提交 2023-03-22 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–254（254 aa）
链 C 1–254（254 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 QA0 5-(4-chlorophenyl)-3-[(4-phenylphenyl)sulfonylamino]phthalic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；PEG3350, 100mM MES 6.0
分辨率 1.88 Å R-free 0.220
8ITD Phosphoglycerate mutase 1 complexed with a compound 提交 2023-03-22 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–254（254 aa）
链 C 1–254（254 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 QA3 4-(4-chloranyl-2-oxidanyl-phenyl)-2-[(4-phenylphenyl)sulfonylamino]benzoic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；PEG3350, 100mM MES 6.0
分辨率 1.90 Å R-free 0.197
9LG2 Phosphoglycerate mutase 1 complexed with a covalent inhibitor 提交 2025-01-09 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–254（254 aa）
链 C 1–254（254 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289.15 K；0.2 MAmmonium acetate, 0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.6, 30% w/v Polyethylene glycol 4,000
分辨率 2.02 Å R-free 0.229
9XVS Phosphoglycerate mutase 1 complexed with a novel scaffold inhibitor 提交 2025-11-27 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–254（254 aa）
链 C 1–254（254 aa）
未记录 A1E1K 6-chloranyl-10-oxidanylidene-1,9-diazatricyclo[6.4.1.0^{4,13}]trideca-2,4(13),5,7-tetraene-2-carboxylic acid × 2 GOL GLYCEROL × 8 CL CHLORIDE ION × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289.15 K；100 mM MES 6.0, 8% PEG3350
分辨率 2.08 Å R-free 0.240
9XW4 Phosphoglycerate mutase 1 complexed with a novel scaffold inhibitor 提交 2025-11-27 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–254（254 aa）
链 C 1–254（254 aa）
未记录 A1E1J 7-bromanyl-5-chloranyl-3-phenylazanyl-1-benzothiophene-2-carboxylic acid × 3 GOL GLYCEROL × 5 CL CHLORIDE ION × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289.15 K；100 mM MES 6.0, 8% PEG3350
分辨率 2.11 Å R-free 0.209
9XWT Phosphoglycerate mutase 1 complexed with a novel scaffold inhibitor 提交 2025-11-28 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–254（254 aa）
链 C 1–254（254 aa）
未记录 A1E1M 7-bromanyl-5-chloranyl-1~{H}-indole-2-carboxylic acid × 3 GOL GLYCEROL × 3 CL CHLORIDE ION × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289.15 K；100 mM MES 6.0, 8% PEG3350
分辨率 2.28 Å R-free 0.249

共 32 个其他 PDB 条目、37 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PGAM1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 1–254； UniProt 1–254 作者链 C； PDB构建体 1–254； UniProt 1–254

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 22rb

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 22rb
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id22rb
沉积日期 deposition_date2026-01-21
最后修订 last_revision2026-03-04
结构标题 titlePhosphoglycerate mutase 1 complexed with a novel scaffold inhibitor
关键词 keywordsPGAM1, ISOMERASE, Inhibitor; ISOMERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier25.31 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron24.67 Å
零角强度 I(0) i096748600.00
分子量 molecular_weight51986.0 kDa
排除体积 excluded_volume50572 ų
包络体积 envelope_volume82797 ų
水化壳体积 shell_volume28112 ų
包络直径 envelope_diameter90.1 Å
壳层 Rg shell_rg31.93 Å
包络 Rg envelope_rg24.98 Å
形状 Rg shape_rg24.63 Å
总 Rg total_rg25.33 Å
总原子数 total_atoms4030
残基数 n_residues477
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax86.0 Å
Rg (实空间) rg_real25.33 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.70 Å
I(0) (实空间) i0_real9.6750e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.5260e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal25.33 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal96750000.0000
解质量估计 total_estimate0.8731
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary27.3 Å
偏度 Skewness skewness0.420
峰度 Kurtosis kurtosis-0.231
角度范围 angular_range— – 0.3150 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha19270000.0000
实空间数据点数 n_real_points64
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.807; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.937; Smooth: 0.988
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)