24bd

Crystal structure of nuclease MYG1(D57A) bound to Mn2+ and AMP

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 83.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	24bd
沉积日期 deposition_date	2026-02-26
最后修订 last_revision	2026-04-22
结构标题 title	Crystal structure of nuclease MYG1(D57A) bound to Mn2+ and AMP
关键词 keywords	MYG1, nuclease, Mn2+, DHH family, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.82 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.03 Å
零角强度 I(0) i0	24869000.00
分子量 molecular_weight	36671.0 kDa
排除体积 excluded_volume	45291 Å³
包络体积 envelope_volume	56616 Å³
水化壳体积 shell_volume	20914 Å³
包络直径 envelope_diameter	87.1 Å
壳层 Rg shell_rg	29.47 Å
包络 Rg envelope_rg	23.77 Å
形状 Rg shape_rg	24.03 Å
总 Rg total_rg	24.71 Å
总原子数 total_atoms	2581
残基数 n_residues	322
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	83.2 Å
Rg (实空间) rg_real	24.97 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.67 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.4870e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.4820e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.94 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	24870000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7875
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	22.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.411
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.528
角度范围 angular_range	— – 0.3200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4671000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.821; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.773; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	MYG1 exonuclease
分子量 formula_weight	36887.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.-.-
突变 mutation	D57A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2994

APPRIGTHNGTFHCAEALACALLRLLPEYRDAEIVRTRDPEKLASCDIVVDVGGEYDPRRHRYDHHQRSFTETMSSLSPGKPWQTKLSSAGLIYLHFGHKLLAQLLGTSEEDSMVGTLYDKMYENFVEEVDAVDNGISQWAEGEPRYALTTTLSARVARLNPTWNHPDQDTEAGFKRAMDLVQEEFLQRLDFYQHSWLPARALVEEALAQRFQVDPSGEIVELAKGACPWKEHLYHLESGLSPPIAIFFVIYTDQAGQWRIQCVPKEPHSFQSRLPLPEPWRGLRDEALDQVSGIPGCIFVHASGFIGGHHTREGALSMARATLAQR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	ADENOSINE MONOPHOSPHATE
分子量 formula_weight	347.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	413

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	70.511 Å
晶胞边长 b length_b	97.620 Å
晶胞边长 c length_c	116.931 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	1.780 Å
最低分辨率 resolution_low	58.470 Å
R 因子 r_factor	0.1822
R_work r_work	0.1809
R_free r_free	0.2049

fit	/app/data/saxs_computation/4b/24bd/24bd.fit
pddf	/app/data/pr_computation/4b/24bd/24bd.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/4b/24bd/24bd.dat

Crystal structure of nuclease MYG1(D57A) bound to Mn2+ and AMP

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction