24ew

SARS-CoV-2 polymerase with incorporated and pre-incorporated AT-9052-Sp

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 117.1 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	24ew
沉积日期 deposition_date	2026-03-02
结构标题 title	SARS-CoV-2 polymerase with incorporated and pre-incorporated AT-9052-Sp
关键词 keywords	RNA polymerase, RNA Exonuclease, coronavirus, arenavirus, stereospecificity, RNA BINDING PROTEIN; RNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	35.45 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	35.06 Å
零角强度 I(0) i0	703086000.00
分子量 molecular_weight	140390.0 kDa
排除体积 excluded_volume	133940 Å³
包络体积 envelope_volume	234870 Å³
水化壳体积 shell_volume	54764 Å³
包络直径 envelope_diameter	127.4 Å
壳层 Rg shell_rg	42.11 Å
包络 Rg envelope_rg	35.32 Å
形状 Rg shape_rg	35.09 Å
总 Rg total_rg	35.35 Å
总原子数 total_atoms	10521
残基数 n_residues	1269
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	117.1 Å
Rg (实空间) rg_real	35.39 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.78 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.0310e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0960e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	35.43 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	703100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8881
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	41.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.306
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.346
角度范围 angular_range	— – 0.2250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	81230000.0000
实空间数据点数 n_real_points	46
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.874; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.921

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

描述 description	Non-structural protein 8
分子量 formula_weight	24712.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D
原子数 atom_count	10521

MHHHHHHDYKDDDDKENLYFQGAIASEFSSLPSYAAFATAQEAYEQAVANGDSEVVLKKLKKSLNVAKSEFDRDAAMQRKLEKMADQAMTQMYKQARSEDKRAKVTSAMQTMLFTMLRKLDNDALNNIINNARDGCVPLNIIPLTTAAKLMVVIPDYNTYKNTCDGTTFTYASALWEIQQVVDADSKIVQLSEISMDNSPNLAWPLIVTALRANSAVKLQ

来源 Source

来源生物 organism	Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2697049
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Non-structural protein 7
分子量 formula_weight	12337.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MSKMSDVKCTSVVLLSVLQQLRVESSSKLWAQCVQLHNDILLAKDTTEAFEKMVSLLSVLLSMQGAVDINKLCEEMLDNRATLQGGGGSGLNDIFEAQKIEWHEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2697049
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	;RNA (5'-R(PAPUPUPAPAPGPUPUPAPU)-3') ;
分子量 formula_weight	6410.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	I

GCUAUGUGAGAUUAAGUUAU

Entity 4 polymer

描述 description	;RNA (5'-R(PCPCPCPCPAPUPAPAPCPUPUPAPAPU)-3') ;
分子量 formula_weight	9348.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	J

CCCCCCCCCCAUAACUUAAUCUCACAUAGC

Entity 5 polymer

描述 description	RNA-directed RNA polymerase
分子量 formula_weight	109911.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.48
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MHHHHHHHHWSHPQFEKENLYFQGSADAQSFLNRVCGVSAARLTPCGTGTSTDVVYRAFDIYNDKVAGFAKFLKTNCCRFQEKDEDDNLIDSYFVVKRHTFSNYQHEETIYNLLKDCPAVAKHDFFKFRIDGDMVPHISRQRLTKYTMADLVYALRHFDEGNCDTLKEILVTYNCCDDDYFNKKDWYDFVENPDILRVYANLGERVRQALLKTVQFCDAMRNAGIVGVLTLDNQDLNGNWYDFGDFIQTTPGSGVPVVDSYYSLLMPILTLTRALTAESHVDTDLTKPYIKWDLLKYDFTEERLKLFDRYFKYWDQTYHPNCVNCLDDRCILHCANFNVLFSTVFPPTSFGPLVRKIFVDGVPFVVSTGYHFRELGVVHNQDVNLHSSRLSFKELLVYAADPAMHAASGNLLLDKRTTCFSVAALTNNVAFQTVKPGNFNKDFYDFAVSKGFFKEGSSVELKHFFFAQDGNAAISDYDYYRYNLPTMCDIRQLLFVVEVVDKYFDCYDGGCINANQVIVNNLDKSAGFPFNKWGKARLYYDSMSYEDQDALFAYTKRNVIPTITQMNLKYAISAKNRARTVAGVSICSTMTNRQFHQKLLKSIAATRGATVVIGTSKFYGGWHNMLKTVYSDVENPHLMGWDYPKCDRAMPNMLRIMASLVLARKHTTCCSLSHRFYRLANECAQVLSEMVMCGGSLYVKPGGTSSGDATTAYANSVFNICQAVTANVNALLSTDGNKIADKYVRNLQHRLYECLYRNRDVDTDFVNEFYAYLRKHFSMMILSDDAVVCFNSTYASQGLVASIKNFKSVLYYQNNVFMSEAKCWTETDLTKGPHEFCSQHTMLVKQGDDYVYLPYPDPSRILGAGCFVDDIVKTDGTLMIERFVSLAIDAYPLTKHPNQEYADVFHLYLQYIRKLHDELTGHMLDMYSVMLTNDNTSRYWEPEFYEAMYTPHTVLQ

来源 Source

来源生物 organism	Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2697049
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 6 non-polymer

描述 description	;[[(2R,3R,4R,5R)-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-1H-purin-9-yl)-4-fluoranyl-4-methyl-3-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-sulfanyl-phosphoryl] dihydrogen phosphate ;
分子量 formula_weight	475.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 8 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 9 non-polymer

描述 description	;[[(2~{R},3~{R},4~{R},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-1~{H}-purin-9-yl)-4-fluoranyl-4-methyl-3-oxidanyl-oxolan-2-yl]methoxy-sulfanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate ;
分子量 formula_weight	555.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 10 non-polymer

描述 description	PYROPHOSPHATE 2-
分子量 formula_weight	176.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	2.39 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	362447

fit	/app/data/saxs_computation/4e/24ew/24ew.fit
pddf	/app/data/pr_computation/4e/24ew/24ew.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/4e/24ew/24ew.dat

SARS-CoV-2 polymerase with incorporated and pre-incorporated AT-9052-Sp

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

Entity 9 non-polymer

Entity 10 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)