25hn

Cryo-EM structure of native Rubisco from Nitrosospira multiformis

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 144.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	25hn
沉积日期 deposition_date	2026-04-03
结构标题 title	Cryo-EM structure of native Rubisco from Nitrosospira multiformis
关键词 keywords	rubisco, carbon fixation, nitrifying bacterium, autotrophy, cryo-EM, LYASE; LYASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	47.68 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	46.95 Å
零角强度 I(0) i0	4106850000.00
分子量 molecular_weight	538610.0 kDa
排除体积 excluded_volume	673430 Å³
包络体积 envelope_volume	833120 Å³
水化壳体积 shell_volume	133370 Å³
包络直径 envelope_diameter	144.9 Å
壳层 Rg shell_rg	60.48 Å
包络 Rg envelope_rg	46.63 Å
形状 Rg shape_rg	46.96 Å
总 Rg total_rg	47.25 Å
总原子数 total_atoms	37888
残基数 n_residues	4784
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	144.2 Å
Rg (实空间) rg_real	47.19 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.60 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.1070e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.9260e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	47.68 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	4109000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8160
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	65.5 Å
偏度 Skewness skewness	-0.017
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.577
角度范围 angular_range	— – 0.1650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0002
最高正则化参数 α highest_alpha	3547000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	34
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.889; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.935; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Ribulose bisphosphate carboxylase large chain
分子量 formula_weight	54379.9 kDa
EC 编号 ec_number	4.1.1.39
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	8

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,F,I,J,M,N
原子数 atom_count	38393

MSEAITGAERYKSGVIPYKKMGYWEPDYVPKDTDIIAMFRITPQAGVEPEEAAAAVAGESSTATWTVVWTDRLTACELYRAKAFRTDPVPNTGEGTKTEQQYFAYIAYDLDLFEPGSIANLTASIIGNVFGFKAVKALRLEDMRIPVAYLKTFQGPATGIIVERERLDKFGRPLLGATTKPKLGLSGRNYGRVVYEGLKGGLDFMKDDENINSQPFMHWRDRFLYCMEAVNKASAATGEVKGHYLNVTAGTMEEMYERAEFAKSLGSVIIMIDLVIGYTAIQSMAKWARKNDMILHLHRAGNSTYSRQKNHGMNFRVICKWMRMAGVDHIHAGTVVGKLEGDPLMIKGFYDTLRDRHTPVSLEHGLFFEQDWASLNKVMPVASGGIHAGQMHQLLDYLGEDVILQFGGGTIGHPQGIQAGAVANRVALEAMIMARNEGRDYVKEGPQILEEAAKWCTPLKLALDTWKDITFNYESTDTADFVPSETASV

Entity 2 polymer

描述 description	Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit
分子量 formula_weight	16805.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	8

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,G,H,K,L,O,P

MMTNFQNRLTQGQFSFLPPLTDKQISAQIKYALKNNWAIGIEYTDDPHPRNTYWEMFGNPMFDLKDPAGILQEINDCRKTYPNHYIRVTAFDSSRGVESPAMSYIVNRPKNEPGFGLVRQEVDGRQIRYTVHSYATEKPEAERY

Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	433

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.260 Å
最低分辨率 resolution_low	138.787 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2850
R_free r_free	—

分辨率 resolution	2.26 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	64288

fit	/app/data/saxs_computation/5h/25hn/25hn.fit
pddf	/app/data/pr_computation/5h/25hn/25hn.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/5h/25hn/25hn.dat

Cryo-EM structure of native Rubisco from Nitrosospira multiformis

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 non-polymer

Entity 4 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)