28wl

;Crystal structure of human Monoamine Oxidase B (MAO B) in complex with 7-[(4-{[(3,4-dimethoxybenzyl(methyl)amino]methyl}benzyl)oxy]-4-(hydroxymethyl)-2H-chromen-2-one) (LP1488) ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 93.6 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	28wl
沉积日期 deposition_date	2026-02-24
最后修订 last_revision	2026-05-27
结构标题 title	;Crystal structure of human Monoamine Oxidase B (MAO B) in complex with 7-[(4-{[(3,4-dimethoxybenzyl(methyl)amino]methyl}benzyl)oxy]-4-(hydroxymethyl)-2H-chromen-2-one) (LP1488) ;
关键词 keywords	monoamine oxidase, inhibitor, drug design, Alzheimer, multitarget, FLAVOPROTEIN; FLAVOPROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.17 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.52 Å
零角强度 I(0) i0	399334000.00
分子量 molecular_weight	107370.0 kDa
排除体积 excluded_volume	103900 Å³
包络体积 envelope_volume	169560 Å³
水化壳体积 shell_volume	45610 Å³
包络直径 envelope_diameter	99.2 Å
壳层 Rg shell_rg	38.65 Å
包络 Rg envelope_rg	29.93 Å
形状 Rg shape_rg	29.55 Å
总 Rg total_rg	30.03 Å
总原子数 total_atoms	8120
残基数 n_residues	995
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	93.6 Å
Rg (实空间) rg_real	30.04 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.47 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.9930e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.2970e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.10 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	399400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9054
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	35.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.207
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.510
角度范围 angular_range	— – 0.2650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	84200000.0000
实空间数据点数 n_real_points	54
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.938; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.959

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Amine oxidase [flavin-containing] B
分子量 formula_weight	58837.7 kDa
EC 编号 ec_number	1.4.3.4
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	8971

MSNKCDVVVVGGGISGMAAAKLLHDSGLNVVVLEARDRVGGRTYTLRNQKVKYVDLGGSYVGPTQNRILRLAKELGLETYKVNEVERLIHHVKGKSYPFRGPFPPVWNPITYLDHNNFWRTMDDMGREIPSDAPWKAPLAEEWDNMTMKELLDKLCWTESAKQLATLFVNLCVTAETHEVSALWFLWYVKQCGGTTRIISTTNGGQERKFVGGSGQVSERIMDLLGDRVKLERPVIYIDQTRENVLVETLNHEMYEAKYVISAIPPTLGMKIHFNPPLPMMRNQMITRVPLGSVIKCIVYYKEPFWRKKDYCGTMIIDGEEAPVAYTLDDTKPEGNYAAIMGFILAHKARKLARLTKEERLKKLCELYAKVLGSLEALEPVHYEEKNWCEEQYSGGCYTTYFPPGILTQYGRVLRQPVDRIYFAGTETATHWSGYMEGAVEAGERAAREILHAMGKIPEDEIWQSEPESVDVPAQPITTTFLERHLPSVPGLLRLIGLTTIFSATALGFLAHKRGLLVRV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Komagataella pastoris

Entity 2 non-polymer

描述 description	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	785.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	7-[[4-[[(3,4-dimethoxyphenyl)methyl-methyl-amino]methyl]phenyl]methoxy]-4-(hydroxymethyl)chromen-2-one
分子量 formula_weight	475.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	N-DODECYL-N,N-DIMETHYL-3-AMMONIO-1-PROPANESULFONATE
分子量 formula_weight	336.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	830

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	130.599 Å
晶胞边长 b length_b	222.270 Å
晶胞边长 c length_c	85.955 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 2 2 2
空间群编号 int_tables_number	21
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.600 Å
最低分辨率 resolution_low	86.100 Å
R 因子 r_factor	0.1533
R_work r_work	0.1525
R_free r_free	0.1830

fit	/app/data/saxs_computation/8w/28wl/28wl.fit
pddf	/app/data/pr_computation/8w/28wl/28wl.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/8w/28wl/28wl.dat