SAXSdb — 2a5g

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	2a5g
沉积日期 deposition_date	2005-06-30
结构标题 title	Cholera toxin A1 subunit bound to ARF6(Q67L)
关键词 keywords	PROTEIN TRANSPORT/TRANSFERASE, PROTEIN TRANSPORT-TRANSFERASE complex; PROTEIN TRANSPORT/TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.03 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.02 Å
零角强度 I(0) i0	27661600.00
分子量 molecular_weight	38985.0 kDa
排除体积 excluded_volume	48141 Å³
包络体积 envelope_volume	56731 Å³
水化壳体积 shell_volume	22591 Å³
包络直径 envelope_diameter	76.0 Å
壳层 Rg shell_rg	27.61 Å
包络 Rg envelope_rg	21.32 Å
形状 Rg shape_rg	21.05 Å
总 Rg total_rg	21.74 Å
总原子数 total_atoms	2751
残基数 n_residues	347
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	73.8 Å
Rg (实空间) rg_real	21.97 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.48 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.7660e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.6690e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.98 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	27660000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8810
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	25.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.292
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.337
角度范围 angular_range	— – 0.3600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4959000.0000
实空间数据点数 n_real_points	68
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.828; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.988; Smooth: 0.976

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	ADP-ribosylation factor 6
分子量 formula_weight	20095.2 kDa
突变 mutation	Q67L
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2817

MGKVLSKIFGNKEMRILMLGLDAAGKTTILYKLKLGQSVTTIPTVGFNVETVTYKNVKFNVWDVGGLDKIRPLWRHYYTGTQGLIFVVDCADRDRIDEARQELHRIINDREMRDAIILIFANKQDLPDAMKPHEIQEKLGLTRIRDRNWYVQPSCATSGDGLYEGLTWLTSNYKS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	Cholera enterotoxin, A chain
分子量 formula_weight	21710.8 kDa
EC 编号 ec_number	2.4.2.36
突变 mutation	E110D, E112D, C187S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

SNDDKLYRADSRPPDEIKQSGGLMPRGQSEYFDRGTQMNINLYDHARGTQTGFVRHDDGYVSTSISLRSAHLVGQTILSGHSTYYIYVIATAPNMFNVNDVLGAYSPHPDDQDVSALGGIPYSQIYGWYRVHFGVLDEQLHRNRGYRDRYYSNLDIAPAADGYGLAGFPPEHRAWREEPWIHHAPPGSGNAPR

来源 Source

来源生物 organism	Vibrio cholerae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	666
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	523.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	66

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d2a5ga1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.8 — G proteins

结构域编号 domain_id	d2a5gb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.166 — ADP-ribosylation
超家族 Superfamily superfamily	d.166.1 — ADP-ribosylation
家族 Family family	d.166.1.1 — ADP-ribosylating toxins

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2a5gA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	2a5gB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	210 — Heat-Labile Enterotoxin; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Heat-Labile Enterotoxin, subunit A

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	38.067 Å
晶胞边长 b length_b	44.484 Å
晶胞边长 c length_c	56.045 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	107.38 °
晶胞夹角 β angle_beta	101.72 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	102.94 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.660 Å
最低分辨率 resolution_low	18.520 Å
R 因子 r_factor	0.2022
R_work r_work	0.1991
R_free r_free	0.2652

fit	/app/data/saxs_computation/a5/2a5g/2a5g.fit
pddf	/app/data/pr_computation/a5/2a5g/2a5g.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/a5/2a5g/2a5g.dat

Cholera toxin A1 subunit bound to ARF6(Q67L)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)