2a66

Human Liver Receptor Homologue DNA-Binding Domain (hLRH-1 DBD) in Complex with dsDNA from the hCYP7A1 Promoter

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 60.1 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Orphan nuclear receptor NR5A2

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 单体蛋白 × 1 DNA 2 PDB 声明：trimeric（3）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 79–187	片段：residues 79-187, NR C4-type	5'-D(GPTPTPCPAPAPGPGPCPCPAPG)-3' × 1 5'-D(CPTPGPGPCPCPTPTPGPAPAPC)-3' × 1 ZN ZINC ION × 2 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6；295 K；magnesium acetate, ammonium acetate, sodium cacodylate, PEG 8000, glycerol, sodium azide, hexaamine cobalt (III) trichloride, pH 6.0, hanging drop, temperature 295K, pH 6.00	分辨率 2.20 Å R-free 0.226

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2A66	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1YOK crystal structure of human LRH-1 bound with TIF-2 peptide and phosphatidylglycerol 提交 2005-01-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 300–541（242 aa）片段：sequence database residues 300-541: contains ligand binding domain (residues 346-388)	未记录	P6L (2S)-3-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-2-[(6E)-HEXADEC-6-ENOYLOXY]PROPYL (8E)-OCTADEC-8-ENOATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.9；298 K；Sodium potassium phosphate, glycerol, ethylene glycol, pH 4.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.50 Å R-free 0.290
1YUC Human Nuclear Receptor Liver Receptor Homologue-1, LRH-1, Bound to Phospholipid and a Fragment of Human SHP 提交 2005-02-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 290–541（252 aa）片段：Ligand Binding Domain	未记录	EPH L-ALPHA-PHOSPHATIDYL-BETA-OLEOYL-GAMMA-PALMITOYL-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；9.5%-15% PEG 3350, 5% glycerol, and 50 mM Bis-Tris, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 100K	分辨率 1.90 Å R-free 0.248
1YUC Human Nuclear Receptor Liver Receptor Homologue-1, LRH-1, Bound to Phospholipid and a Fragment of Human SHP 提交 2005-02-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 290–541（252 aa）片段：Ligand Binding Domain	未记录	EPH L-ALPHA-PHOSPHATIDYL-BETA-OLEOYL-GAMMA-PALMITOYL-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；9.5%-15% PEG 3350, 5% glycerol, and 50 mM Bis-Tris, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 100K	分辨率 1.90 Å R-free 0.248
1YUC Human Nuclear Receptor Liver Receptor Homologue-1, LRH-1, Bound to Phospholipid and a Fragment of Human SHP 提交 2005-02-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 290–541（252 aa）片段：Ligand Binding Domain 链 B 290–541（252 aa）片段：Ligand Binding Domain	未记录	EPH L-ALPHA-PHOSPHATIDYL-BETA-OLEOYL-GAMMA-PALMITOYL-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 2 GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；9.5%-15% PEG 3350, 5% glycerol, and 50 mM Bis-Tris, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 100K	分辨率 1.90 Å R-free 0.248
1YUC Human Nuclear Receptor Liver Receptor Homologue-1, LRH-1, Bound to Phospholipid and a Fragment of Human SHP 提交 2005-02-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 290–541（252 aa）片段：Ligand Binding Domain 链 B 290–541（252 aa）片段：Ligand Binding Domain	未记录	EPH L-ALPHA-PHOSPHATIDYL-BETA-OLEOYL-GAMMA-PALMITOYL-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 2 GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；9.5%-15% PEG 3350, 5% glycerol, and 50 mM Bis-Tris, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 100K	分辨率 1.90 Å R-free 0.248
1ZDU The Crystal Structure of Human Liver Receptor Homologue-1 提交 2005-04-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 297–541（245 aa）	未记录	P3A PHOSPHATIDYLGLYCEROL-PHOSPHOGLYCEROL × 1 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；NaH2PO4, K2HPO4, pH 7.5, temperature 293K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP	分辨率 2.50 Å R-free 0.281
3TX7 Crystal structure of LRH-1/beta-catenin complex 提交 2011-09-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 191–541（351 aa）	未记录	P6L (2S)-3-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-2-[(6E)-HEXADEC-6-ENOYLOXY]PROPYL (8E)-OCTADEC-8-ENOATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；20 mM Tris-HCl, 40% PEG200, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.76 Å R-free 0.243
4DOR Human Nuclear Receptor Liver Receptor Homologue-1, LRH-1, in its apo State Bound to a Fragment of Human SHP Box1 提交 2012-02-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 290–541（252 aa）片段：UNP residues 290-541 链 B 290–541（252 aa）片段：UNP residues 290-541	未记录	EPH L-ALPHA-PHOSPHATIDYL-BETA-OLEOYL-GAMMA-PALMITOYL-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；298 K；9.5%-15% PEG 3350, 5% glycerol, and 50 mM Bis-Tris, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.90 Å R-free 0.220
4DOR Human Nuclear Receptor Liver Receptor Homologue-1, LRH-1, in its apo State Bound to a Fragment of Human SHP Box1 提交 2012-02-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 290–541（252 aa）片段：UNP residues 290-541	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；298 K；9.5%-15% PEG 3350, 5% glycerol, and 50 mM Bis-Tris, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.90 Å R-free 0.220
4DOR Human Nuclear Receptor Liver Receptor Homologue-1, LRH-1, in its apo State Bound to a Fragment of Human SHP Box1 提交 2012-02-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 290–541（252 aa）片段：UNP residues 290-541	未记录	EPH L-ALPHA-PHOSPHATIDYL-BETA-OLEOYL-GAMMA-PALMITOYL-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；298 K；9.5%-15% PEG 3350, 5% glycerol, and 50 mM Bis-Tris, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.90 Å R-free 0.220
4DOS Human Nuclear Receptor Liver Receptor Homologue-1, LRH-1, Bound to DLPC and a Fragment of TIF-2 提交 2012-02-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 299–538（240 aa）片段：Ligand Binding Domain, UNP residues 299-538	未记录	1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 3 PLC DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 hanging drop vapor diffusion；pH 5.2；298 K；18%-24% PEG 400, 5% glycerol, 0.1M lithium sulfate, and 0.1M sodium acetate pH 5.2, hanging drop vapor diffusion, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.238
4DOS Human Nuclear Receptor Liver Receptor Homologue-1, LRH-1, Bound to DLPC and a Fragment of TIF-2 提交 2012-02-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 299–538（240 aa）片段：Ligand Binding Domain, UNP residues 299-538	未记录	1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 3 PLC DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 hanging drop vapor diffusion；pH 5.2；298 K；18%-24% PEG 400, 5% glycerol, 0.1M lithium sulfate, and 0.1M sodium acetate pH 5.2, hanging drop vapor diffusion, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.238
4DOS Human Nuclear Receptor Liver Receptor Homologue-1, LRH-1, Bound to DLPC and a Fragment of TIF-2 提交 2012-02-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 299–538（240 aa）片段：Ligand Binding Domain, UNP residues 299-538	未记录	1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 6 PLC DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 hanging drop vapor diffusion；pH 5.2；298 K；18%-24% PEG 400, 5% glycerol, 0.1M lithium sulfate, and 0.1M sodium acetate pH 5.2, hanging drop vapor diffusion, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.238
4IS8 Divergent sequence tunes ligand sensitivity in phospholipid-regulated hormone receptors 提交 2013-01-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 300–538（239 aa）片段：LIGAND BINDING DOMAIN	突变：Q419H,A420T,G421E,A422V,T423A,L424F	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；298 K；9.5%-15% PEG3350, 5% GLYCEROL, 50 MM BIS-TRIS, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.78 Å R-free 0.257
4IS8 Divergent sequence tunes ligand sensitivity in phospholipid-regulated hormone receptors 提交 2013-01-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 300–538（239 aa）片段：LIGAND BINDING DOMAIN	突变：Q419H,A420T,G421E,A422V,T423A,L424F	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；298 K；9.5%-15% PEG3350, 5% GLYCEROL, 50 MM BIS-TRIS, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.78 Å R-free 0.257
4ONI Structure of Human Orphan Receptor LRH1 bound to two bacterial phospholipids 提交 2014-01-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 291–541（251 aa）片段：Ligand Binding Domain, UNP residues 291-541	未记录	EPH L-ALPHA-PHOSPHATIDYL-BETA-OLEOYL-GAMMA-PALMITOYL-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1 GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.4；298 K；20-30% PEG 3350, Bis Tris, 5% glycerol, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.80 Å R-free 0.202
4ONI Structure of Human Orphan Receptor LRH1 bound to two bacterial phospholipids 提交 2014-01-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 291–541（251 aa）片段：Ligand Binding Domain, UNP residues 291-541	未记录	P6L (2S)-3-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-2-[(6E)-HEXADEC-6-ENOYLOXY]PROPYL (8E)-OCTADEC-8-ENOATE × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.4；298 K；20-30% PEG 3350, Bis Tris, 5% glycerol, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.80 Å R-free 0.202
4PLD Human Nuclear Receptor Liver Receptor Homologue-1, LRH-1, in its apo State Bound to a Fragment of Human TIF-2 提交 2014-05-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 301–541（241 aa）片段：UNP residues 301-541	未记录	CPS 3-[(3-CHOLAMIDOPROPYL)DIMETHYLAMMONIO]-1-PROPANESULFONATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；0.7-1 M di-Sodium Malonate, 0.1 M HEPES pH 7.4, 0.5% Jeffamine ED-2001	分辨率 1.75 Å R-free 0.225
4PLE Human Nuclear Receptor Liver Receptor Homologue-1, LRH-1, Bound to an E. Coli Phospholipid and a Fragment of TIF-2 提交 2014-05-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 301–541（241 aa）片段：UNP residues 301-541	未记录	EPH L-ALPHA-PHOSPHATIDYL-BETA-OLEOYL-GAMMA-PALMITOYL-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1 CPS 3-[(3-CHOLAMIDOPROPYL)DIMETHYLAMMONIO]-1-PROPANESULFONATE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；0.7-1 M di-Sodium Malonate, 0.1 M HEPES pH 7.4, 0.5% Jeffamine ED-2001	分辨率 1.75 Å R-free 0.236
4PLE Human Nuclear Receptor Liver Receptor Homologue-1, LRH-1, Bound to an E. Coli Phospholipid and a Fragment of TIF-2 提交 2014-05-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 301–541（241 aa）片段：UNP residues 301-541	未记录	EPH L-ALPHA-PHOSPHATIDYL-BETA-OLEOYL-GAMMA-PALMITOYL-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1 CPS 3-[(3-CHOLAMIDOPROPYL)DIMETHYLAMMONIO]-1-PROPANESULFONATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；0.7-1 M di-Sodium Malonate, 0.1 M HEPES pH 7.4, 0.5% Jeffamine ED-2001	分辨率 1.75 Å R-free 0.236
4PLE Human Nuclear Receptor Liver Receptor Homologue-1, LRH-1, Bound to an E. Coli Phospholipid and a Fragment of TIF-2 提交 2014-05-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 301–541（241 aa）片段：UNP residues 301-541	未记录	EPH L-ALPHA-PHOSPHATIDYL-BETA-OLEOYL-GAMMA-PALMITOYL-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1 CPS 3-[(3-CHOLAMIDOPROPYL)DIMETHYLAMMONIO]-1-PROPANESULFONATE × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；0.7-1 M di-Sodium Malonate, 0.1 M HEPES pH 7.4, 0.5% Jeffamine ED-2001	分辨率 1.75 Å R-free 0.236
4PLE Human Nuclear Receptor Liver Receptor Homologue-1, LRH-1, Bound to an E. Coli Phospholipid and a Fragment of TIF-2 提交 2014-05-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 301–541（241 aa）片段：UNP residues 301-541	未记录	EPH L-ALPHA-PHOSPHATIDYL-BETA-OLEOYL-GAMMA-PALMITOYL-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1 CPS 3-[(3-CHOLAMIDOPROPYL)DIMETHYLAMMONIO]-1-PROPANESULFONATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；0.7-1 M di-Sodium Malonate, 0.1 M HEPES pH 7.4, 0.5% Jeffamine ED-2001	分辨率 1.75 Å R-free 0.236
4RWV Crystal structure of PIP3 bound human nuclear receptor LRH-1 (Liver Receptor Homolog 1, NR5A2) in complex with a co-regulator DAX-1 (NR0B1) peptide at 1.86 A resolution 提交 2014-12-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–248（248 aa）片段：LIGAND BINDING DOMAIN (UNP residues 294-551)	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PIZ (2S)-3-{[(R)-{[(1S,2S,3R,4S,5S,6S)-2,6-dihydroxy-3,4,5-tris(phosphonooxy)cyclohexyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}propane -1,2-diyl dihexadecanoate × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；LRH-1/PIP3, 20% PEG 4K, 0.2M NaOAc, 0.1M Tris (8.5), 0.036mM PIP3, 0.90mM 15-mer PRQGSILYSLLTSSK, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.86 Å R-free 0.210
5L0M hLRH-1 DNA Binding Domain - 12bp Oct4 promoter complex 提交 2016-07-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 79–187（109 aa）片段：unp residues 79-187	未记录	ZN ZINC ION × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.2 M calcium acetate and 20% (w/v) PEG 3350	分辨率 2.20 Å R-free 0.197
5L11 Human Liver Receptor Homologue-1 (LRH-1) Bound to RJW100 and a Fragment of TIF-2 提交 2016-07-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 299–541（243 aa）片段：unp residues 299-541	未记录	RJW (1R,3aR,6aR)-5-hexyl-4-phenyl-3a-(1-phenylethenyl)-1,2,3,3a,6,6a-hexahydropentalen-1-ol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；0.05 M Sodium Acetate, pH 4.6, PEG 4000 5-11%, glycerol 5-10%	分辨率 1.85 Å R-free 0.241
5SYZ Human Liver Receptor Homologue-1 (LRH-1) Bound to a RJW100 stereoisomer and a Fragment of TIF-2 提交 2016-08-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 297–538（242 aa）	未记录	71W (1S,3aR,6aR)-5-hexyl-4-phenyl-3a-(1-phenylethenyl)-1,2,3,3a,6,6a-hexahydropentalen-1-ol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；Sodium acetate, PEG4000, glycerol	分辨率 1.93 Å R-free 0.228
5UNJ Structure of Human Liver Receptor Homolog 1 in complex with PGC1a and RJW100 提交 2017-01-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 299–541（243 aa）片段：unp residues 299-541	未记录	RJW (1R,3aR,6aR)-5-hexyl-4-phenyl-3a-(1-phenylethenyl)-1,2,3,3a,6,6a-hexahydropentalen-1-ol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.05M Sodium acetate, pH 4.6; PEG4000 14%, glycerol 15-21%	分辨率 1.96 Å R-free 0.227
6OQX Human Liver Receptor Homolog-1 bound to the agonist 5N and a fragment of the Tif2 coregulator 提交 2019-04-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 299–541（243 aa）片段：UNP Residues 299-541	未记录	N1V (8beta,11alpha,12alpha)-8-(1-phenylethenyl)-1,6:7,14-dicycloprosta-1,3,5,7(14)-tetraen-11-yl sulfamate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；Sodium acetate (pH 4.6), PEG4000, glycerol	分辨率 2.00 Å R-free 0.245
6OQY Human LRH-1 bound to the agonist 6N and a fragment of the Tif2 coregulator 提交 2019-04-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 299–541（243 aa）片段：UNP Residues 299-541	未记录	N2J N-[(1S,3aR,6aR)-5-hexyl-4-phenyl-3a-(1-phenylethenyl)-1,2,3,3a,6,6a-hexahydropentalen-1-yl]sulfuric diamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；Sodium acetate (pH 4.6), PEG4000, glycerol	分辨率 2.23 Å R-free 0.269
6OR1 Human LRH-1 bound to the agonist 2N and a fragment of the Tif2 coregulator 提交 2019-04-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 299–541（243 aa）片段：UNP Residues 299-541	未记录	N27 N-[(1S,3aR,6aR)-5-hexyl-4-phenyl-3a-(1-phenylethenyl)-1,2,3,3a,6,6a-hexahydropentalen-1-yl]acetamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.05M sodium acetate (pH 4.6), 5-11% PEG4000, 0-10% glycerol. Microseeding with LRH-1-RJW100 crystals.	分辨率 2.17 Å R-free 0.239
6VC2 LRH-1 bound to SS-RJW100 and a fragment of the Tif2 Coactivator 提交 2019-12-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 299–541（243 aa）	未记录	QU7 (1S,3aS,6aS)-5-hexyl-4-phenyl-3a-(1-phenylethenyl)-1,2,3,3a,6,6a-hexahydropentalen-1-ol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；Sodium acetate, PEG 4000, glycerol	分辨率 1.70 Å R-free 0.228
6VIF Human LRH-1 ligand-binding domain bound to agonist cpd 15 and fragment of coregulator TIF-2 提交 2020-01-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 299–541（243 aa）	未记录	QY4 N-[(8beta,11alpha,12alpha)-8-{[methyl(phenyl)amino]methyl}-1,6:7,14-dicycloprosta-1(6),2,4,7(14)-tetraen-11-yl]sulfuric diamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；Na acetate (pH 4.6), PEG 4000, glycerol	分辨率 2.26 Å R-free 0.284
7JYD Human Liver Receptor Homolog-1 in Complex with 10CA and a Fragment of Tif2 提交 2020-08-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 299–541（243 aa）片段：nuclear receptor ligand-binding domain	未记录	VQA 10-[(3aR,6R,6aR)-6-hydroxy-3-phenyl-3a-(1-phenylethenyl)-1,3a,4,5,6,6a-hexahydropentalen-2-yl]decanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.4 M sodium/potassium tartrate	分辨率 2.30 Å R-free 0.227
7JYE Human Liver Receptor Homolog-1 in Complex with 9ChoP and a Fragment of Tif2 提交 2020-08-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 299–541（243 aa）片段：nuclear receptor ligand-binding domain	未记录	VQY 9-[(3~{a}~{R},6~{R},6~{a}~{R})-6-oxidanyl-3-phenyl-3~{a}-(1-phenylethenyl)-4,5,6,6~{a}-tetrahydro-1~{H}-pentalen-2-yl]nonyl 2-(trimethyl-$l^{4}-azanyl)ethyl hydrogen phosphate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；277 K；9-19% tert-butanol, 0-6 % glycerol, 0.1 M tri-sodium citrate pH 4.6	分辨率 2.55 Å R-free 0.187
7TT8 Human LRH-1 LBD bound to agonist 6N-10CA and fragment of Tif2 coactivator 提交 2022-01-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 299–541（243 aa）	未记录	IUW 10-[(3aR,6S,6aR)-3-phenyl-3a-(1-phenylethenyl)-6-(sulfamoylamino)-1,3a,4,5,6,6a-hexahydropentalen-2-yl]decanoic acid (non-preferred name) × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；tri-Na citrate (4.6), tert-butanol, glycerol	分辨率 2.80 Å R-free 0.276
8F8M LRH-1 bound to small molecule Tet and fragment of coactivator Tif2 提交 2022-11-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 299–541（243 aa）片段：Nuclear receptor ligand-binding domain	未记录	XKE (1~{R},3~{a}~{R},6~{a}~{R})-4-phenyl-3~{a}-(1-phenylethenyl)-5-[9-(1~{H}-1,2,3,4-tetrazol-5-yl)nonyl]-2,3,6,6~{a}-tetrahydro-1~{H}-pentalen-1-ol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；tri-Na citrate, tert-butanol, glycerol	分辨率 2.60 Å R-free 0.220
8PKI Cryo-EM structure of NR5A2-nucleosome complex SHL+5.5 提交 2023-06-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric	链 K 39–132（94 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.58 Å
9SMQ Crystal structure of LRH-1/TIF-2 peptide in complex with CP4 提交 2025-09-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 297–541（245 aa）	未记录	A1JOT 3-[5-phenyl-1-[3-(trifluoromethyl)phenyl]pyrazol-3-yl]propanoic acid × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.25 M Ammonium phosphate monobasic 0.9 Ammonium phosphate dibasic	分辨率 2.20 Å R-free 0.244

共 26 个其他 PDB 条目、38 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NR5A2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–113； UniProt 79–187

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2a66
沉积日期 deposition_date	2005-07-01
结构标题 title	Human Liver Receptor Homologue DNA-Binding Domain (hLRH-1 DBD) in Complex with dsDNA from the hCYP7A1 Promoter
关键词 keywords	;nuclear receptor, protein-DNA complex, zinc finger, DNA-binding domain, transcription factor, Ftz-F1, C-terminal extension, TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX ;; TRANSCRIPTION/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	16.50 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	15.67 Å
零角强度 I(0) i0	10393900.00
分子量 molecular_weight	18318.0 kDa
排除体积 excluded_volume	20469 Å³
包络体积 envelope_volume	24571 Å³
水化壳体积 shell_volume	13560 Å³
包络直径 envelope_diameter	60.1 Å
壳层 Rg shell_rg	21.08 Å
包络 Rg envelope_rg	16.03 Å
形状 Rg shape_rg	15.61 Å
总 Rg total_rg	16.54 Å
总原子数 total_atoms	1242
残基数 n_residues	119
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	60.1 Å
Rg (实空间) rg_real	16.48 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.53 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0390e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3380e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	16.49 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	10390000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8441
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	19.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.354
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.167
角度范围 angular_range	— – 0.4800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1528000.0000
实空间数据点数 n_real_points	78
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.683; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.923; Smooth: 0.999

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	5'-D(GPTPTPCPAPAPGPGPCPCPAPG)-3'
分子量 formula_weight	3687.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	1328

GTTCAAGGCCAG

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	5'-D(CPTPGPGPCPCPTPTPGPAPAPC)-3'
分子量 formula_weight	3638.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C

CTGGCCTTGAAC

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Orphan nuclear receptor NR5A2
分子量 formula_weight	13209.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

GEFGDEDLEELCPVCGDKVSGYHYGLLTCESCKGFFKRTVQNNKRYTCIENQNCQIDKTQRKRCPYCRFQKCLSVGMKLEAVRADRMRGGRNKFGPMYKRDRALKQQKKALIR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	86

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d2a66a_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.39 — Glucocorticoid receptor-like (DNA-binding domain)
超家族 Superfamily superfamily	g.39.1 — Glucocorticoid receptor-like (DNA-binding domain)
家族 Family family	g.39.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	2a66A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	40.770 Å
晶胞边长 b length_b	40.770 Å
晶胞边长 c length_c	104.850 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 43
空间群编号 int_tables_number	78
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	22.240 Å
R 因子 r_factor	0.1960
R_work r_work	0.1960
R_free r_free	0.2260

fit	/app/data/saxs_computation/a6/2a66/2a66.fit
pddf	/app/data/pr_computation/a6/2a66/2a66.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/a6/2a66/2a66.dat

Human Liver Receptor Homologue DNA-Binding Domain (hLRH-1 DBD) in Complex with dsDNA from the hCYP7A1 Promoter

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Orphan nuclear receptor NR5A2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)