2abz

Crystal structure of C19A/C43A mutant of leech carboxypeptidase inhibitor in complex with bovine carboxypeptidase A

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 96.6 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Carboxypeptidase A1

Bos taurus

UniProt P00730

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 111–419 链 B; UniProt 111–419 未记录 Metallocarboxypeptidase inhibitor × 4 (P81511) ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.5;293 K;1.5M Lithium Sulfate monohydrate, 100mM Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K 分辨率 2.16 Å R-free 0.234

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 29 个其他 PDB 条目、45 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CBPA1_BOVIN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–309; UniProt 111–419 作者链 B; PDB构建体 1–309; UniProt 111–419

Metallocarboxypeptidase inhibitor

Hirudo medicinalis

UniProt P81511

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 16–81 链 D; UniProt 16–81 链 E; UniProt 16–81 链 F; UniProt 16–81 突变:C19A/C43A Carboxypeptidase A1 × 2 (P00730) ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.5;293 K;1.5M Lithium Sulfate monohydrate, 100mM Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K 分辨率 2.16 Å R-free 0.234

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MCPI_HIRME
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 2–67; UniProt 16–81 作者链 D; PDB构建体 2–67; UniProt 16–81 作者链 E; PDB构建体 2–67; UniProt 16–81 作者链 F; PDB构建体 2–67; UniProt 16–81

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2abz

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2abz
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2abz
沉积日期 deposition_date2005-07-18
结构标题 titleCrystal structure of C19A/C43A mutant of leech carboxypeptidase inhibitor in complex with bovine carboxypeptidase A
关键词 keywordsinhibitor-metallocarboxypeptidase complex, LCI mutant, oxidative folding intermediate analog, hydrolase-hydrolase inhibitor COMPLEX; hydrolase/hydrolase inhibitor
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier30.69
回转半径 Rg (电子) rg_electron29.80
零角强度 I(0) i0134978000.00
分子量 molecular_weight92229.0 kDa
排除体积 excluded_volume115130 ų
包络体积 envelope_volume138070 ų
水化壳体积 shell_volume38354 ų
包络直径 envelope_diameter108.9
壳层 Rg shell_rg37.01
包络 Rg envelope_rg29.98
形状 Rg shape_rg29.79
总 Rg total_rg30.49
总原子数 total_atoms6504
残基数 n_residues826
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax96.6
Rg (实空间) rg_real30.59
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.77
I(0) (实空间) i0_real1.3500e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.0300e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal30.64
I(0) (倒空间) i0_reciprocal135000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8299
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary33.4
偏度 Skewness skewness0.181
峰度 Kurtosis kurtosis-0.602
角度范围 angular_range— – 0.2600 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha19360000.0000
实空间数据点数 n_real_points53
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.929; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_idd2abza_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.56 — Phosphorylase/hydrolase-like
超家族 Superfamily superfamilyc.56.5 — Zn-dependent exopeptidases
家族 Family familyc.56.5.1 — Pancreatic carboxypeptidases
结构域编号 domain_idd2abzb_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.56 — Phosphorylase/hydrolase-like
超家族 Superfamily superfamilyc.56.5 — Zn-dependent exopeptidases
家族 Family familyc.56.5.1 — Pancreatic carboxypeptidases
结构域编号 domain_idd2abzc1
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.30 — Carboxypeptidase inhibitor
超家族 Superfamily superfamilyg.30.1 — Carboxypeptidase inhibitor
家族 Family familyg.30.1.1 — Carboxypeptidase inhibitor
结构域编号 domain_idd2abzd_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.30 — Carboxypeptidase inhibitor
超家族 Superfamily superfamilyg.30.1 — Carboxypeptidase inhibitor
家族 Family familyg.30.1.1 — Carboxypeptidase inhibitor
结构域编号 domain_idd2abze_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.30 — Carboxypeptidase inhibitor
超家族 Superfamily superfamilyg.30.1 — Carboxypeptidase inhibitor
家族 Family familyg.30.1.1 — Carboxypeptidase inhibitor
结构域编号 domain_idd2abzf_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.30 — Carboxypeptidase inhibitor
超家族 Superfamily superfamilyg.30.1 — Carboxypeptidase inhibitor
家族 Family familyg.30.1.1 — Carboxypeptidase inhibitor

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id2abzA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Zn peptidases
结构域编号 domain_id2abzB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Zn peptidases
结构域编号 domain_id2abzC00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1040 — Carboxypeptidase Inhibitor; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Carboxypeptidase inhibitor
结构域编号 domain_id2abzD00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1040 — Carboxypeptidase Inhibitor; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Carboxypeptidase inhibitor
结构域编号 domain_id2abzE00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1040 — Carboxypeptidase Inhibitor; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Carboxypeptidase inhibitor
结构域编号 domain_id2abzF00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1040 — Carboxypeptidase Inhibitor; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Carboxypeptidase inhibitor

8. 引用文献 (3)

9. 文件与曲线 (10)