SAXSdb — 2agj

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Yvo Fab, Light Chain

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 2 其他聚合物 1 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 L； UniProt 21–235	未记录	Yvo Fab, Heavy Chain × 1 （P01871） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG 15000-20000, sodium chloride, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 2.60 Å R-free 0.279

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2AGJ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4YPG Structural Insights Into the Neutralization Properties of a Human Anti-Interferon Monoclonal Antibody 提交 2015-03-12	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 21–235（215 aa）	未记录	NI NICKEL (II) ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；0.01 M NiCl2, 0.1 M Tris HCl	分辨率 3.00 Å R-free 0.272
4YPG Structural Insights Into the Neutralization Properties of a Human Anti-Interferon Monoclonal Antibody 提交 2015-03-12	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 L 21–235（215 aa）	未记录	NI NICKEL (II) ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；0.01 M NiCl2, 0.1 M Tris HCl	分辨率 3.00 Å R-free 0.272
6MYY Germline VRC01 antibody recognition of a modified clade C HIV-1 envelope trimer, 3 Fabs bound, sharpened map 提交 2018-11-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 C 127–235（109 aa）片段：germline VK3-11 with the mature CDR L3 of VRC01 链 F 127–235（109 aa）片段：germline VK3-11 with the mature CDR L3 of VRC01 链 L 127–235（109 aa）片段：germline VK3-11 with the mature CDR L3 of VRC01	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
6MZJ Germline VRC01 antibody recognition of a modified clade C HIV-1 envelope trimer, 2 Fabs bound, sharpened map 提交 2018-11-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 C 127–235（109 aa）片段：germline VK3-11 with the mature CDRL3 of VRC01 链 L 127–235（109 aa）片段：germline VK3-11 with the mature CDRL3 of VRC01	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.80 Å
6UDK HIV-1 bNAb 1-55 in complex with modified BG505 SOSIP-based immunogen RC1 and 10-1074 提交 2019-09-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 E 122–235（114 aa）链 L 122–235（114 aa）链 N 122–235（114 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 27	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；0 blot force, 3.5 second blot time, 3 uL sample added to freshly glow-discharged grids	分辨率 3.90 Å
8QH0 Crystal structure of the SARS-CoV-2 RBD with the antibody Cv2.3194 提交 2023-09-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 L 21–234（214 aa）	未记录	PRO PROLINE × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291 K；20% PEG 3350, 0.2 M lithium citrate	分辨率 1.87 Å R-free 0.209
8QH1 Crystal structure of the SARS-CoV-2 RBD from the Omicron BA4 variant with the antibody Cv2.3194 提交 2023-09-06	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 L 21–235（215 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% PEG 3350, 0.2 M sodium malonate	分辨率 2.65 Å R-free 0.232

共 6 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q6PJF2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 1–215； UniProt 21–235

Yvo Fab, Heavy Chain

物种未注明

UniProt P01871

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 2 其他聚合物 1 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 H； UniProt 1–183	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Yvo Fab, Light Chain × 1 （Q6PJF2） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG 15000-20000, sodium chloride, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 2.60 Å R-free 0.279

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2AGJ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6KXS Cryo-EM structure of human IgM-Fc in complex with the J chain and the ectodomain of pIgR 提交 2019-09-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 106–453（348 aa）链 B 106–453（348 aa）链 C 106–453（348 aa）链 D 106–453（348 aa）链 E 106–453（348 aa）链 F 106–453（348 aa）链 G 106–453（348 aa）链 H 106–453（348 aa）链 K 106–453（348 aa）链 L 106–453（348 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
7K0C Structure of Secretory IgM Core 提交 2020-09-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 103–453（351 aa）链 B 103–453（351 aa）链 E 103–453（351 aa）链 F 103–453（351 aa）链 G 103–453（351 aa）链 H 103–453（351 aa）链 I 103–453（351 aa）链 J 103–453（351 aa）链 K 103–453（351 aa）链 L 103–453（351 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot for 3.5 seconds before plunging with blot force 7.	分辨率 3.30 Å
7WSP Structure of a membrane protein M 提交 2022-01-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 106–471（366 aa）链 D 106–472（367 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 4.09 Å
7Y09 Cryo-EM structure of human IgM-Fc in complex with the J chain and the DBL domain of DBLMSP 提交 2022-06-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 106–453（348 aa）链 B 106–453（348 aa）链 C 106–453（348 aa）链 D 106–453（348 aa）链 E 106–453（348 aa）链 F 106–453（348 aa）链 G 106–453（348 aa）链 H 106–453（348 aa）链 K 106–453（348 aa）链 L 106–453（348 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.71 Å
7Y0H Cryo-EM structure of human IgM-Fc in complex with the J chain and the P. falciparum VAR2CSA FCR3 提交 2022-06-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 106–453（348 aa）链 B 106–453（348 aa）链 C 106–453（348 aa）链 D 106–453（348 aa）链 E 106–453（348 aa）链 F 106–453（348 aa）链 G 106–453（348 aa）链 H 106–453（348 aa）链 K 106–453（348 aa）链 L 106–453（348 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.56 Å
7Y0J Cryo-EM structure of human IgM-Fc in complex with the J chain and the P. falciparum TM284VAR1 提交 2022-06-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 106–453（348 aa）链 B 106–453（348 aa）链 C 106–453（348 aa）链 D 106–453（348 aa）链 E 106–453（348 aa）链 F 106–453（348 aa）链 G 106–453（348 aa）链 H 106–453（348 aa）链 K 106–453（348 aa）链 L 106–453（348 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.62 Å
7YG2 Cryo-EM structure of human IgM-Fc in complex with the J chain and the DBL domain of DBLMSP2 提交 2022-07-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 106–453（348 aa）链 B 106–453（348 aa）链 C 106–453（348 aa）链 D 106–453（348 aa）链 E 106–453（348 aa）链 F 106–453（348 aa）链 G 106–453（348 aa）链 H 106–453（348 aa）链 K 106–453（348 aa）链 L 106–453（348 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.32 Å
7YSG Cryo-EM structure of human FcmR bound to sIgM 提交 2022-08-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 A 222–453（232 aa）链 B 222–453（232 aa）链 C 222–453（232 aa）链 D 222–453（232 aa）链 E 222–453（232 aa）链 F 222–453（232 aa）链 G 222–453（232 aa）链 H 222–453（232 aa）链 K 222–453（232 aa）链 L 222–453（232 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.18 Å
7YTC Cryo-EM structure of human FcmR bound to IgM-Fc/J 提交 2022-08-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 222–453（232 aa）链 B 222–453（232 aa）链 C 222–453（232 aa）链 D 222–453（232 aa）链 E 222–453（232 aa）链 F 222–453（232 aa）链 G 222–453（232 aa）链 H 222–453（232 aa）链 K 222–453（232 aa）链 L 222–453（232 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 11	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.39 Å
7YTD Cryo-EM structure of four human FcmR bound to IgM-Fc/J 提交 2022-08-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric	链 A 222–452（231 aa）链 B 222–452（231 aa）链 C 222–452（231 aa）链 D 222–452（231 aa）链 E 222–452（231 aa）链 F 222–452（231 aa）链 G 222–452（231 aa）链 H 222–452（231 aa）链 K 222–452（231 aa）链 L 222–452（231 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.71 Å
8GZN IgM-var2CSA complex 提交 2022-09-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric	链 A 1–453（453 aa）链 B 1–453（453 aa）链 C 1–453（453 aa）链 D 1–453（453 aa）链 E 1–453（453 aa）链 F 1–453（453 aa）链 G 1–453（453 aa）链 H 1–453（453 aa）链 K 1–453（453 aa）链 L 1–453（453 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
8WYR Cryo-EM structure of human CD5L bound to IgM-Fc/J 提交 2023-10-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 106–453（348 aa）链 B 106–453（348 aa）链 C 106–453（348 aa）链 D 106–453（348 aa）链 E 106–453（348 aa）链 F 106–453（348 aa）链 G 106–453（348 aa）链 H 106–453（348 aa）链 K 106–453（348 aa）链 L 106–453（348 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 CA CALCIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.39 Å
8WYS Local map of human CD5L bound to IgM-Fc/J 提交 2023-10-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 106–453（348 aa）链 L 106–453（348 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.41 Å
9ARV CryoEM structure of AMETA-A3 提交 2024-02-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric	链 A 106–453（348 aa）链 B 106–453（348 aa）链 C 106–453（348 aa）链 D 106–453（348 aa）链 E 106–453（348 aa）链 L 106–453（348 aa）链 M 106–453（348 aa）链 N 106–453（348 aa）链 O 106–453（348 aa）链 P 106–453（348 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
9UO3 Cryo-EM structure of the human IgM-Fc hexamer 提交 2025-04-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 106–446（341 aa）链 B 106–446（341 aa）链 C 106–446（341 aa）链 D 106–446（341 aa）链 E 106–446（341 aa）链 F 106–446（341 aa）链 G 106–446（341 aa）链 H 106–446（341 aa）链 I 106–446（341 aa）链 J 106–446（341 aa）链 K 106–446（341 aa）链 L 106–446（341 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.17 Å
9UO4 Cryo-EM structure of the chimeric human IgM-Fc hexamer 提交 2025-04-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 106–433（328 aa）链 B 106–433（328 aa）链 C 106–433（328 aa）链 D 106–433（328 aa）链 E 106–433（328 aa）链 F 106–433（328 aa）链 G 106–433（328 aa）链 H 106–433（328 aa）链 I 106–433（328 aa）链 J 106–433（328 aa）链 K 106–433（328 aa）链 L 106–433（328 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.29 Å

共 16 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IGHM_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 5–224； UniProt 1–183

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2agj
沉积日期 deposition_date	2005-07-27
结构标题 title	Crystal Structure of a glycosylated Fab from an IgM cryoglobulin with properties of a natural proteolytic antibody
关键词 keywords	Antibody, Immunoglobulin superfamily, catalytic antibody, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.84 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.90 Å
零角强度 I(0) i0	39397900.00
分子量 molecular_weight	48289.0 kDa
排除体积 excluded_volume	60310 Å³
包络体积 envelope_volume	74053 Å³
水化壳体积 shell_volume	24977 Å³
包络直径 envelope_diameter	82.2 Å
壳层 Rg shell_rg	32.04 Å
包络 Rg envelope_rg	24.58 Å
形状 Rg shape_rg	24.87 Å
总 Rg total_rg	25.81 Å
总原子数 total_atoms	3400
残基数 n_residues	440
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	79.4 Å
Rg (实空间) rg_real	25.82 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.57 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.9400e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.7310e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.83 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	39400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9049
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	28.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.262
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.573
角度范围 angular_range	— – 0.3050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	8712000.0000
实空间数据点数 n_real_points	62
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.972; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.852

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Yvo Fab, Light Chain
分子量 formula_weight	23367.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L
原子数 atom_count	3420

EIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASETVSNDKVAWYQQKPGQAPRLLIYGASSRATGIPDRFSGSGSGTDFTLSISGLEPEDFVVYYCQQYASSPRTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Yvo Fab, Heavy Chain
分子量 formula_weight	24557.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

QVTLKESGPTLVKPTQTLTLTCTFSGFSLTTTGEGVGWIRQPPGKALEFLAFIYWNDAKRYNPSLQSRLTITKDASKKQVVLTLTNLDPVDTATYYCARTSGWDIEFEYWGQGTLVTVSSGSASAPTLFPLVSCENSSPSSTVAVGCLAQDFLPDSITFSWKYKNNSDISSTRGFPSVLRGGKYAATSQVLLPSKDVMQGTDEHVVCKVQHPNGNKEKDVPLPVVI

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	20

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d2agjh1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d2agjh2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d2agjl1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d2agjl2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	2agjH01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2agjH02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2agjL01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	2agjL02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

▶

8. 引用文献 (3)

▶

晶胞边长 a length_a	82.433 Å
晶胞边长 b length_b	103.653 Å
晶胞边长 c length_c	138.715 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	I 2 2 2
空间群编号 int_tables_number	23
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	42.200 Å
R 因子 r_factor	0.2250
R_work r_work	0.2190
R_free r_free	0.2790

fit	/app/data/saxs_computation/ag/2agj/2agj.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ag/2agj/2agj.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ag/2agj/2agj.dat

Crystal Structure of a glycosylated Fab from an IgM cryoglobulin with properties of a natural proteolytic antibody

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Yvo Fab, Light Chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Yvo Fab, Heavy Chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (3)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)