SAXSdb — 8qh0

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8qh0
沉积日期 deposition_date	2023-09-06
结构标题 title	Crystal structure of the SARS-CoV-2 RBD with the antibody Cv2.3194
关键词 keywords	Coronavirus Neutralizing Antibody, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.98 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.94 Å
零角强度 I(0) i0	73750500.00
分子量 molecular_weight	67702.0 kDa
排除体积 excluded_volume	84490 Å³
包络体积 envelope_volume	109200 Å³
水化壳体积 shell_volume	30704 Å³
包络直径 envelope_diameter	117.4 Å
壳层 Rg shell_rg	36.30 Å
包络 Rg envelope_rg	31.90 Å
形状 Rg shape_rg	31.90 Å
总 Rg total_rg	32.45 Å
总原子数 total_atoms	4770
残基数 n_residues	618
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	109.6 Å
Rg (实空间) rg_real	32.32 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.14 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.3750e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2850e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.18 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	73740000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8449
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	30.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.559
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.222
角度范围 angular_range	— – 0.2500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	8505000.0000
实空间数据点数 n_real_points	51
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.792; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.837; Smooth: 0.766

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Spike protein S1
分子量 formula_weight	23068.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5154

NITNLCPFGEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSFLYNSASFSTFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGDEVRQIAPGQTGKIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGVEGFNCYFPLQSYGFQPTNGVGYQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPKGSGDDDDK

来源 Source

来源生物 organism	Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2697049
宿主生物 host_organism	Drosophila melanogaster

Entity 2 polymer

描述 description	Cv2.3194 Heavy chain
分子量 formula_weight	24379.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

EVQLVESGGGLIQPGGSLRLSCAASGITVTSNYMSWVRQAPGKGLEWVSVIYPGGSTFYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCARDLVVYGMDVWGQGTTVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDKTHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	IGK@ protein
分子量 formula_weight	22821.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

EIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQSVSSSYLAWYQQKPGQAPRLLIYGASSRATGIPGRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAIYYCQQGVTFGGGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	PROLINE
分子量 formula_weight	115.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	384

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	54.388 Å
晶胞边长 b length_b	89.186 Å
晶胞边长 c length_c	174.471 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	1.870 Å
最低分辨率 resolution_low	43.200 Å
R 因子 r_factor	0.1861
R_work r_work	0.1849
R_free r_free	0.2091

fit	/app/data/saxs_computation/qh/8qh0/8qh0.fit
pddf	/app/data/pr_computation/qh/8qh0/8qh0.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/qh/8qh0/8qh0.dat

Crystal structure of the SARS-CoV-2 RBD with the antibody Cv2.3194

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 branched

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)