SAXSdb — 2ah2

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	2ah2
沉积日期 deposition_date	2005-07-27
结构标题 title	Trypanosoma cruzi trans-sialidase in complex with 2,3-difluorosialic acid (covalent intermediate)
关键词 keywords	transglycosidase, covalent intermediate, trypanosoma cruzi, sialic acid, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.81 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.12 Å
零角强度 I(0) i0	78268400.00
分子量 molecular_weight	69380.0 kDa
排除体积 excluded_volume	86734 Å³
包络体积 envelope_volume	100870 Å³
水化壳体积 shell_volume	31395 Å³
包络直径 envelope_diameter	98.0 Å
壳层 Rg shell_rg	34.25 Å
包络 Rg envelope_rg	27.41 Å
形状 Rg shape_rg	27.09 Å
总 Rg total_rg	27.89 Å
总原子数 total_atoms	4893
残基数 n_residues	624
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	94.1 Å
Rg (实空间) rg_real	27.91 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.71 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.8270e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1530e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	27.88 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	78270000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6772
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	29.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.449
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.341
角度范围 angular_range	— – 0.2850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	17650000.0000
实空间数据点数 n_real_points	58
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.776; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.177; Positv: 1.000; Valcen: 0.955; Smooth: 0.985

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	trans-sialidase
分子量 formula_weight	71389.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.18
突变 mutation	N59F, S496K, V497G, E521K, D594G, I598D, H600R
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5871

MGGSHHHHHHGMASLAPGSSRVELFKRQSSKVPFEKDGKVTERVVHSFRLPALVNVDGVMVAIADARYETSFDNSLIDTVAKYSVDDGETWETQIAIKNSRASSVSRVVDPTVIVKGNKLYVLVGSYNSSRSYWTSHGDARDWDILLAVGEVTKSTAGGKITASIKWGSPVSLKEFFPAEMEGMHTNQFLGGAGVAIVASNGNLVYPVQVTNKKKQVFSKIFYSEDEGKTWKFGKGRSAFGCSEPVALEWEGKLIINTRVDYRRRLVYESSDMGNTWLEAVGTLSRVWGPSPKSNQPGSQSSFTAVTIEGMRVMLFTHPLNFKGRWLRDRLNLWLTDNQRIYNVGQVSIGDENSAYSSVLYKDDKLYCLHEINSNEVYSLVFARLVGELRIIKSVLQSWKNWDSHLSSICTPADPAASSSERGCGPAVTTVGLVGFLSHSATKTEWEDAYRCVNASTANAERVPNGLKFAGVGGGALWPVSQQGQNQRYHFANHAFTLVASVTIHEVPKGASPLLGASLDSSGGKKLLGLSYDKRHQWQPIYGSTPVTPTGSWEMGKRYHVVLTMANKIGSVYIDGEPLEGSGQTVVPDERTPDISHFYVGGYKRSGMPTDSRVTVNNVLLYNRQLNAEEIRTLFLSQDLIGTEAHMD

来源 Source

来源生物 organism	Trypanosoma cruzi
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	5693
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	5-acetamido-3,5-dideoxy-3-fluoro-D-erythro-alpha-L-manno-non-2-ulopyranosonic acid
分子量 formula_weight	327.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 5 non-polymer

描述 description	ISOPROPYL ALCOHOL
分子量 formula_weight	60.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	850

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d2ah2a1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.29 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
超家族 Superfamily superfamily	b.29.1 — Concanavalin A-like lectins/glucanases
家族 Family family	b.29.1.15 — Trypanosoma sialidase, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d2ah2a2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.68 — 6-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamily	b.68.1 — Sialidases
家族 Family family	b.68.1.1 — Sialidases (neuraminidases)

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2ah2A01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	120 — 6 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Neuraminidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	2ah2A02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 —

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	54.149 Å
晶胞边长 b length_b	128.690 Å
晶胞边长 c length_c	54.298 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	108.74 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.600 Å
最低分辨率 resolution_low	28.400 Å
R 因子 r_factor	0.0990
R_work r_work	0.0990
R_free r_free	0.1520

fit	/app/data/saxs_computation/ah/2ah2/2ah2.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ah/2ah2/2ah2.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ah/2ah2/2ah2.dat

Trypanosoma cruzi trans-sialidase in complex with 2,3-difluorosialic acid (covalent intermediate)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution