2ahm

Crystal structure of SARS-CoV super complex of non-structural proteins: the hexadecamer

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Replicase polyprotein 1ab, light chain

SARS coronavirus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 16	GLYCEROL × 10 SULFATE ION × 2 water × 16	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	R1AB_CVHSA
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 6–88； UniProt 3837–3919 作者链 B； PDB构建体 6–88； UniProt 3837–3919 作者链 C； PDB构建体 6–88； UniProt 3837–3919 作者链 D； PDB构建体 6–88； UniProt 3837–3919 作者链 E； PDB构建体 6–203； UniProt 3920–4117 作者链 F； PDB构建体 6–203； UniProt 3920–4117 作者链 G； PDB构建体 6–203； UniProt 3920–4117 作者链 H； PDB构建体 6–203； UniProt 3920–4117

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2ahm
沉积日期 deposition_date	2005-07-28
结构标题 title	Crystal structure of SARS-CoV super complex of non-structural proteins: the hexadecamer
关键词 keywords	SARS-CoV, coronavirus, non-structural protein, nsp7, nsp8, super-complex, hexadecamer, Viral protein, Replication; Viral protein, Replication
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2ahm__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2ahm__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2ahm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	41.98 Å
Rg（电子密度）	40.98 Å
总 Rg	41.25 Å
原子数	15266
残基数	1968
排除体积	274130 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2ahm__assembly_1__model_1`	hexadecameric （16）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Replicase polyprotein 1ab, light chain
分子量 formula_weight	9688.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	7782

GPLGSSKMSDVKCTSVVLLSVLQQLRVESSSKLWAQCVQLHNDILLAKDTTEAFEKMVSLLSVLLSMQGAVDINRLCEEMLDNRATLQ

来源 Source

来源生物 organism	SARS coronavirus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	227859
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Replicase polyprotein 1ab, heavy chain
分子量 formula_weight	22299.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F,G,H

GPLGSAIASEFSSLPSYAAYATAQEAYEQAVANGDSEVVLKKLKKSLNVAKSEFDRDAAMQRKLEKMADQAMTQMYKQARSEDKRAKVTSAMQTMLFTMLRKLDNDALNNIINNARDGCVPLNIIPLTTAAKLMVVVPDYGTYKNTCDGNTFTYASALWEIQQVVDADSKIVQLSEINMDNSPNLAWPLIVTALRANSAVKLQ

来源 Source

来源生物 organism	SARS coronavirus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	227859
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	149

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_id	d2ahma1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.8 — immunoglobulin/albumin-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.8.9 — Coronavirus NSP7-like
家族 Family family	a.8.9.1 — Coronavirus NSP7-like

结构域编号 domain_id	d2ahma2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2ahmb2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.8 — immunoglobulin/albumin-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.8.9 — Coronavirus NSP7-like
家族 Family family	a.8.9.1 — Coronavirus NSP7-like

结构域编号 domain_id	d2ahmb3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2ahmc2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.8 — immunoglobulin/albumin-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.8.9 — Coronavirus NSP7-like
家族 Family family	a.8.9.1 — Coronavirus NSP7-like

结构域编号 domain_id	d2ahmc3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2ahmd2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.8 — immunoglobulin/albumin-binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.8.9 — Coronavirus NSP7-like
家族 Family family	a.8.9.1 — Coronavirus NSP7-like

结构域编号 domain_id	d2ahmd3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2ahme1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.302 — Coronavirus NSP8-like
超家族 Superfamily superfamily	d.302.1 — Coronavirus NSP8-like
家族 Family family	d.302.1.1 — Coronavirus NSP8-like

结构域编号 domain_id	d2ahmf_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.302 — Coronavirus NSP8-like
超家族 Superfamily superfamily	d.302.1 — Coronavirus NSP8-like
家族 Family family	d.302.1.1 — Coronavirus NSP8-like

结构域编号 domain_id	d2ahmg1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.302 — Coronavirus NSP8-like
超家族 Superfamily superfamily	d.302.1 — Coronavirus NSP8-like
家族 Family family	d.302.1.1 — Coronavirus NSP8-like

结构域编号 domain_id	d2ahmh1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.302 — Coronavirus NSP8-like
超家族 Superfamily superfamily	d.302.1 — Coronavirus NSP8-like
家族 Family family	d.302.1.1 — Coronavirus NSP8-like

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	2ahmA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	370 — nsp7 replicase

结构域编号 domain_id	2ahmB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	370 — nsp7 replicase

结构域编号 domain_id	2ahmC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	370 — nsp7 replicase

结构域编号 domain_id	2ahmD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	370 — nsp7 replicase

结构域编号 domain_id	2ahmE01
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	250 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	580 —

结构域编号 domain_id	2ahmE02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3540 — Nsp8 replicase, head domain

结构域编号 domain_id	2ahmF01
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	250 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	580 —

结构域编号 domain_id	2ahmF02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3540 — Nsp8 replicase, head domain

结构域编号 domain_id	2ahmG01
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	250 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2820 —

结构域编号 domain_id	2ahmG02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3540 — Nsp8 replicase, head domain

结构域编号 domain_id	2ahmH01
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	250 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2820 —

结构域编号 domain_id	2ahmH02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3540 — Nsp8 replicase, head domain

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晶胞边长 a length_a	93.600 Å
晶胞边长 b length_b	94.000 Å
晶胞边长 c length_c	150.800 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.2320
R_work r_work	0.2130
R_free r_free	0.2510

Crystal structure of SARS-CoV super complex of non-structural proteins: the hexadecamer

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Replicase polyprotein 1ab, light chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2ahm__assembly_1__model_1

2ahm__assembly_1__model_1 | I(q)

2ahm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of SARS-CoV super complex of non-structural proteins: the hexadecamer

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Replicase polyprotein 1ab, light chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2ahm__assembly_1__model_1

2ahm__assembly_1__model_1 | I(q)

2ahm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)