2anv

crystal structure of P22 lysozyme mutant L86M

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 69.0 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	2anv
沉积日期 deposition_date	2005-08-11
结构标题 title	crystal structure of P22 lysozyme mutant L86M
关键词 keywords	phage lysozyme, direct methods, lanthinide binding sites, Hydrolase; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.72 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	20.76 Å
零角强度 I(0) i0	23802100.00
分子量 molecular_weight	34063.0 kDa
排除体积 excluded_volume	40987 Å³
包络体积 envelope_volume	50194 Å³
水化壳体积 shell_volume	20462 Å³
包络直径 envelope_diameter	69.9 Å
壳层 Rg shell_rg	26.85 Å
包络 Rg envelope_rg	20.48 Å
形状 Rg shape_rg	20.63 Å
总 Rg total_rg	21.82 Å
总原子数 total_atoms	2300
残基数 n_residues	291
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	69.0 Å
Rg (实空间) rg_real	21.65 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.42 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.3800e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.9950e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.66 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	23800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9021
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	27.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.250
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.359
角度范围 angular_range	— – 0.3650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4139000.0000
实空间数据点数 n_real_points	68
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.912; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.989

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Lysozyme
分子量 formula_weight	16178.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.17
突变 mutation	L86M
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	2945

MMQISSNGITRLKREEGERLKAYSDSRGIPTIGVGHTGKVDGNSVASGMTITAEKSSELLKEDLQWVEDAISSLVRVPLNQNQYDAMCSLIFNIGKSAFAGSTVLRQLNLKNYQAAADAFLLWKKAGKDPDILLPRRRRERALFLS

来源 Source

来源生物 organism	Enterobacteria phage P22
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10754
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	SAMARIUM (III) ION
分子量 formula_weight	150.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 5 non-polymer

描述 description	IODIDE ION
分子量 formula_weight	126.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 6 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	482

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2anvA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	530 — Lysozyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

结构域编号 domain_id	2anvB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	530 — Lysozyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	134.013 Å
晶胞边长 b length_b	50.415 Å
晶胞边长 c length_c	46.587 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	103.80 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.040 Å
最低分辨率 resolution_low	42.000 Å
R 因子 r_factor	0.1218
R_work r_work	0.1218
R_free r_free	0.1513

fit	/app/data/saxs_computation/an/2anv/2anv.fit
pddf	/app/data/pr_computation/an/2anv/2anv.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/an/2anv/2anv.dat