SAXSdb — 2aq4

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	2aq4
沉积日期 deposition_date	2005-08-17
结构标题 title	Ternary complex of the catalytic core of REV1 with DNA and dCTP.
关键词 keywords	REV1, Polymerase, PAD, N-digit, G-loop, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.98 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.21 Å
零角强度 I(0) i0	64486200.00
分子量 molecular_weight	57185.0 kDa
排除体积 excluded_volume	69212 Å³
包络体积 envelope_volume	85519 Å³
水化壳体积 shell_volume	29766 Å³
包络直径 envelope_diameter	76.1 Å
壳层 Rg shell_rg	31.04 Å
包络 Rg envelope_rg	23.27 Å
形状 Rg shape_rg	23.21 Å
总 Rg total_rg	24.02 Å
总原子数 total_atoms	3977
残基数 n_residues	455
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	74.4 Å
Rg (实空间) rg_real	23.81 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.41 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.4490e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.4260e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.85 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	64490000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9028
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	30.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.132
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.472
角度范围 angular_range	— – 0.3300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	9084000.0000
实空间数据点数 n_real_points	65
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.915; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.989; Smooth: 0.998

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	5'-D(APTPCPCPTPCPCPCPCPTPAPC)-3'
分子量 formula_weight	3502.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	P
原子数 atom_count	4117

ATCCTCCCCTAC

Entity 2 polymer

描述 description	5'-D(TPAPAPGPGPTPAPGPGPGPGPAPGPGPAPT)-3'
分子量 formula_weight	5067.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	T

TAAGGTAGGGGAGGAT

Entity 3 polymer

描述 description	DNA repair protein REV1
分子量 formula_weight	49453.0 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

KRIVACDDPDFLTSYFAHSRLHHLSAWKANLKDKFLNENIHKYTKITDKDTYIIFHIDFDCFFATVAYLCRSSSFSACDFKRDPIVVCHGTKNSDIASCNYVARSYGIKNGMWVSQAEKMLPNGIKLISLPYTFEQFQLKSEAFYSTLKRLNIFNLILPISIDEAVCVRIIPDNIHNTNTLNARLCEEIRQEIFQGTNGCTVSIGCSDSLVLARLALKMAKPNGYNITFKSNLSEEFWSSFKLDDLPGVGHSTLSRLESTFDSPHSLNDLRKRYTLDALKASVGSKLGMKIHLALQGQDDEESLKILYDPKEVLQRKSLSIDINWGIRFKNITQVDLFIERGCQYLLEKLNEINKTTSQITLKLMRRCKDAPIEPPKYMGMGRCDSFSRSSRLGIPTNEFGIIATEMKSLYRTLGCPPMELRGLALQFNKLVDV

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Saccharomyces cerevisiae

Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	467.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	140

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id	2aq4A01
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	250 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1490 —

结构域编号 domain_id	2aq4A02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	270 — Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain

结构域编号 domain_id	2aq4A03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1170 — MutS, DNA mismatch repair protein, domain I
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

结构域编号 domain_id	2aq4A04
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain

结构域编号 domain_id	2aq4A05
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1490 — Dna Ligase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 — DNA polymerase, Y-family, little finger domain

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	177.320 Å
晶胞边长 b length_b	200.906 Å
晶胞边长 c length_c	55.586 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.320 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.1989
R_work r_work	0.1969
R_free r_free	0.2378

fit	/app/data/saxs_computation/aq/2aq4/2aq4.fit
pddf	/app/data/pr_computation/aq/2aq4/2aq4.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/aq/2aq4/2aq4.dat

Ternary complex of the catalytic core of REV1 with DNA and dCTP.

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

CATH v4.4 (5 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)