SAXSdb — 2aqa

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 3

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2–58	未记录	无其他共同聚合物	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM; 100mM；压力 1 NMR样品组成：1mM yNop10p unlabelled; Sodium Acetate, KCl \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：1mM yNop10p unlabelled; Sodium Acetate, KCl \| 100% D2O NMR样品组成：1mM yNop10p 15N-labelled; Sodium Acetate, KCl \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：1mM yNop10p 15N,13C-labelled; Sodium Acetate, KCl \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2AQA	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1Y2Y Structural Characterization of Nop10p using Nuclear Magnetic Resonance Spectroscopy 提交 2004-11-23	构建体不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–58（58 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；288 K；离子强度（mmCIF原始值）110 mM；压力 ambient NMR样品组成 1.5 mM 15N/13C Nop1p0p; 10 mM potassium phosphate buffer, pH 6.5; 100 mM potassium chloride; 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1.5 mM 15N/13C Nop1p0p; 10 mM potassium phosphate buffer, pH 6.5; 100 mM potassium chloride; 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
3U28 Crystal structure of a Cbf5-Nop10-Gar1 complex from Saccharomyces cerevisiae 提交 2011-10-02	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–58（58 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.04；293 K；0.2M sodium malonate, 7%(w/v) polyethylene glycol 3350, pH 8.04, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.233
3UAI Structure of the Shq1-Cbf5-Nop10-Gar1 complex from Saccharomyces cerevisiae 提交 2011-10-21	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–58（58 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；297 K；0.1M Bis-Tris, 20%(w/v) polyethylene glycol monomethyl ether 5000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K	分辨率 3.06 Å R-free 0.275
9G25 snR30 snoRNP - State 1 - Utp23-Krr1-deltaC3 提交 2024-07-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric	链 B 1–58（58 aa）链 F 1–58（58 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.89 Å
9G28 snR30 snoRNP - State 2 - Utp23-Krr1-deltaC3 提交 2024-07-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric	链 B 1–58（58 aa）链 F 1–58（58 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.18 Å

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NOP10_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–57； UniProt 2–58

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2aqa
沉积日期 deposition_date	2005-08-17
结构标题 title	NMR structural analysis of Nop10p from Saccharomyces cerevisiae
关键词 keywords	Nop10p, RNA BINDING PROTEIN; RNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	SOLUTION NMR

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	38.75 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	39.19 Å
零角强度 I(0) i0	243251000.00
分子量 molecular_weight	129890.0 kDa
排除体积 excluded_volume	164230 Å³
包络体积 envelope_volume	253940 Å³
水化壳体积 shell_volume	48687 Å³
包络直径 envelope_diameter	181.0 Å
壳层 Rg shell_rg	45.25 Å
包络 Rg envelope_rg	47.86 Å
形状 Rg shape_rg	39.23 Å
总 Rg total_rg	39.41 Å
总原子数 total_atoms	18680
残基数 n_residues	1140
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	164.9 Å
Rg (实空间) rg_real	39.29 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	3.19 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.4330e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.2060e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	38.96 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	243200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6024
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	4
主峰位置 r_peak_primary	56.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.393
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.250
角度范围 angular_range	— – 0.2050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	691900.0000
实空间数据点数 n_real_points	42
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.172; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.310; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d2aqaa1
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.41 — Rubredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	g.41.16 — Nop10-like SnoRNP
家族 Family family	g.41.16.1 — Nucleolar RNA-binding protein Nop10-like

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8. 引用文献 (1)

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描述 description	H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 3
分子量 formula_weight	7347.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	18680

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

fit	/app/data/saxs_computation/aq/2aqa/2aqa.fit
pddf	/app/data/pr_computation/aq/2aqa/2aqa.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/aq/2aqa/2aqa.dat

NMR structural analysis of Nop10p from Saccharomyces cerevisiae

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)