SAXSdb — 2ass

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

S-phase kinase-associated protein 1A

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	S-phase kinase-associated protein 2 × 1 （Q13309） Cyclin-dependent kinases regulatory subunit 1 × 1 （P61024） PHOSPHATE ION × 3 BENZAMIDINE × 2 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	S-phase kinase-associated protein 2 × 2 （Q13309） Cyclin-dependent kinases regulatory subunit 1 × 2 （P61024） PHOSPHATE ION × 6 BENZAMIDINE × 4 water × 6	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	S-phase kinase-associated protein 2 × 2 （Q13309） Cyclin-dependent kinases regulatory subunit 1 × 2 （P61024） PHOSPHATE ION × 6 BENZAMIDINE × 4 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SKP1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–159； UniProt 1–159

S-phase kinase-associated protein 2

Homo sapiens

UniProt Q13309

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	S-phase kinase-associated protein 1A × 1 （P63208） Cyclin-dependent kinases regulatory subunit 1 × 1 （P61024） PHOSPHATE ION × 3 BENZAMIDINE × 2 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	S-phase kinase-associated protein 1A × 2 （P63208） Cyclin-dependent kinases regulatory subunit 1 × 2 （P61024） PHOSPHATE ION × 6 BENZAMIDINE × 4 water × 6	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	S-phase kinase-associated protein 1A × 2 （P63208） Cyclin-dependent kinases regulatory subunit 1 × 2 （P61024） PHOSPHATE ION × 6 BENZAMIDINE × 4 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SKP2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–336； UniProt 89–424

Cyclin-dependent kinases regulatory subunit 1

Homo sapiens

UniProt P61024

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	S-phase kinase-associated protein 1A × 1 （P63208） S-phase kinase-associated protein 2 × 1 （Q13309） PHOSPHATE ION × 3 BENZAMIDINE × 2 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	S-phase kinase-associated protein 1A × 2 （P63208） S-phase kinase-associated protein 2 × 2 （Q13309） PHOSPHATE ION × 6 BENZAMIDINE × 4 water × 6	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	S-phase kinase-associated protein 1A × 2 （P63208） S-phase kinase-associated protein 2 × 2 （Q13309） PHOSPHATE ION × 6 BENZAMIDINE × 4 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CKS1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–69； UniProt 5–73

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2ass
沉积日期 deposition_date	2005-08-24
结构标题 title	Crystal structure of the Skp1-Skp2-Cks1 complex
关键词 keywords	protein-protein complex, LRR, SCF, CELL CYCLE-LIGASE-PROTEIN TURNOVER COMPLEX; CELL CYCLE/LIGASE/PROTEIN TURNOVER
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2ass__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2ass__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2ass__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	49.41 Å
Rg（电子密度）	50.52 Å
总 Rg	50.40 Å
原子数	8674
残基数	1074
排除体积	154990 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2ass__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2ass__assembly_2__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`2ass__assembly_3__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	S-phase kinase-associated protein 1A
分子量 formula_weight	18135.3 kDa
突变 mutation	P1A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4404

ASIKLQSSDGEIFEVDVEIAKQSVTIKTMLEDLGMDDEGDDDPVPLPNVNAAILKKVIQWCTHHKDDPPPPEDDENKEKRTDDIPVWDQEFLKVDQGTLFELILAANYLDIKGLLDVTCKTVANMIKGKTPEEIRKTFNIKNDFTEEEEAQVRKENQWC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	S-phase kinase-associated protein 2
分子量 formula_weight	37923.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

RENFPGVSWDSLPDELLLGIFSCLCLPELLKVSGVCKRWYRLASDESLWQTLDLTGKNLHPDVTGRLLSQGVIAFRCPRSFMDQPLAEHFSPFRVQHMDLSNSVIEVSTLHGILSQCSKLQNLSLEGLRLSDPIVNTLAKNSNLVRLNLSGCSGFSEFALQTLLSSCSRLDELNLSWCFDFTEKHVQVAVAHVSETITQLNLSGYRKNLQKSDLSTLVRRCPNLVHLDLSDSVMLKNDCFQEFFQLNYLQHLSLSRCYDIIPETLLELGEIPTLKTLQVFGIVPDGTLQLLKEALPHLQINCSHFTTIARPTIGNKKNQEIWGIKCRLTLQKPSCL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Cyclin-dependent kinases regulatory subunit 1
分子量 formula_weight	8482.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

QIYYSDKYDDEEFEYRHVMLPKDIAKLVPKTHLMSESEWRNLGVQQSQGWVHYMIHEPEPHILLFRRPL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	BENZAMIDINE
分子量 formula_weight	120.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	67

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

结构域编号 domain_id	d2assa1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.42 — POZ domain
超家族 Superfamily superfamily	d.42.1 — POZ domain
家族 Family family	d.42.1.1 — BTB/POZ domain

结构域编号 domain_id	d2assa2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.157 — Skp1 dimerisation domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.157.1 — Skp1 dimerisation domain-like
家族 Family family	a.157.1.1 — Skp1 dimerisation domain-like

结构域编号 domain_id	d2assb1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.158 — F-box domain
超家族 Superfamily superfamily	a.158.1 — F-box domain
家族 Family family	a.158.1.1 — F-box domain

结构域编号 domain_id	d2assb2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.10 — Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix)
超家族 Superfamily superfamily	c.10.1 — RNI-like
家族 Family family	c.10.1.3 — Cyclin A/CDK2-associated p19, Skp2

结构域编号 domain_id	d2assc_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.97 — Cell cycle regulatory proteins
超家族 Superfamily superfamily	d.97.1 — Cell cycle regulatory proteins
家族 Family family	d.97.1.1 — Cell cycle regulatory proteins

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	2assA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	710 — Potassium Channel Kv1.1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Potassium Channel Kv1.1; Chain A

结构域编号 domain_id	2assB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	80 — Alpha-Beta Horseshoe
拓扑 Topology topology	10 — Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease Inhibitor

结构域编号 domain_id	2assC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	170 — Cyclin-Dependent Kinase Subunit Type 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cyclin-dependent kinase, regulatory subunit

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晶胞边长 a length_a	149.332 Å
晶胞边长 b length_b	149.332 Å
晶胞边长 c length_c	99.916 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 32 2 1
空间群编号 int_tables_number	154
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	19.940 Å
R 因子 r_factor	0.2140
R_work r_work	0.2140
R_free r_free	0.2420

Crystal structure of the Skp1-Skp2-Cks1 complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

S-phase kinase-associated protein 1A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

S-phase kinase-associated protein 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Cyclin-dependent kinases regulatory subunit 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2ass__assembly_2__model_1

2ass__assembly_2__model_1 | I(q)

2ass__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of the Skp1-Skp2-Cks1 complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

S-phase kinase-associated protein 1A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

S-phase kinase-associated protein 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cyclin-dependent kinases regulatory subunit 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2ass__assembly_2__model_1

2ass__assembly_2__model_1 | I(q)

2ass__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)