SAXSdb — 2ast

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	2ast
沉积日期 deposition_date	2005-08-24
结构标题 title	Crystal structure of Skp1-Skp2-Cks1 in complex with a p27 peptide
关键词 keywords	SCF-substrate complex, LRR, CELL CYCLE, PROTEIN TURNOVER COMPLEX, LIGASE-LIGASE INHIBITOR complex; LIGASE/LIGASE INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.64 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.30 Å
零角强度 I(0) i0	62191000.00
分子量 molecular_weight	62544.0 kDa
排除体积 excluded_volume	78656 Å³
包络体积 envelope_volume	100980 Å³
水化壳体积 shell_volume	29749 Å³
包络直径 envelope_diameter	102.5 Å
壳层 Rg shell_rg	35.47 Å
包络 Rg envelope_rg	29.28 Å
形状 Rg shape_rg	29.30 Å
总 Rg total_rg	29.94 Å
总原子数 total_atoms	4395
残基数 n_residues	545
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	94.8 Å
Rg (实空间) rg_real	29.74 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.66 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.2190e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.6640e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.70 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	62190000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8827
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	26.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.370
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.608
角度范围 angular_range	— – 0.2650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	23310000.0000
实空间数据点数 n_real_points	54
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.891; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.922; Smooth: 0.876

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	S-phase kinase-associated protein 1A
分子量 formula_weight	18135.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4660

ASIKLQSSDGEIFEVDVEIAKQSVTIKTMLEDLGMDDEGDDDPVPLPNVNAAILKKVIQWCTHHKDDPPPPEDDENKEKRTDDIPVWDQEFLKVDQGTLFELILAANYLDIKGLLDVTCKTVANMIKGKTPEEIRKTFNIKNDFTEEEEAQVRKENQWC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	S-phase kinase-associated protein 2
分子量 formula_weight	37923.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

RENFPGVSWDSLPDELLLGIFSCLCLPELLKVSGVCKRWYRLASDESLWQTLDLTGKNLHPDVTGRLLSQGVIAFRCPRSFMDQPLAEHFSPFRVQHMDLSNSVIEVSTLHGILSQCSKLQNLSLEGLRLSDPIVNTLAKNSNLVRLNLSGCSGFSEFALQTLLSSCSRLDELNLSWCFDFTEKHVQVAVAHVSETITQLNLSGYRKNLQKSDLSTLVRRCPNLVHLDLSDSVMLKNDCFQEFFQLNYLQHLSLSRCYDIIPETLLELGEIPTLKTLQVFGIVPDGTLQLLKEALPHLQINCSHFTTIARPTIGNKKNQEIWGIKCRLTLQKPSCL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 polymer

描述 description	Cyclin-dependent kinases regulatory subunit 1
分子量 formula_weight	8482.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

QIYYSDKYDDEEFEYRHVMLPKDIAKLVPKTHLMSESEWRNLGVQQSQGWVHYMIHEPEPHILLFRRPL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 4 polymer

描述 description	Cyclin-dependent kinase inhibitor 1B
分子量 formula_weight	1126.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

AGSVEQTPKK

Entity 5 non-polymer

描述 description	BENZAMIDINE
分子量 formula_weight	120.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	265

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d2astb1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.158 — F-box domain
超家族 Superfamily superfamily	a.158.1 — F-box domain
家族 Family family	a.158.1.1 — F-box domain

结构域编号 domain_id	d2astb2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.10 — Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix)
超家族 Superfamily superfamily	c.10.1 — RNI-like
家族 Family family	c.10.1.3 — Cyclin A/CDK2-associated p19, Skp2

结构域编号 domain_id	d2astc_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.97 — Cell cycle regulatory proteins
超家族 Superfamily superfamily	d.97.1 — Cell cycle regulatory proteins
家族 Family family	d.97.1.1 — Cell cycle regulatory proteins

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	2astA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	710 — Potassium Channel Kv1.1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Potassium Channel Kv1.1; Chain A

结构域编号 domain_id	2astB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	80 — Alpha-Beta Horseshoe
拓扑 Topology topology	10 — Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease Inhibitor

结构域编号 domain_id	2astC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	170 — Cyclin-Dependent Kinase Subunit Type 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cyclin-dependent kinase, regulatory subunit

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	148.700 Å
晶胞边长 b length_b	148.700 Å
晶胞边长 c length_c	98.800 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 32 2 1
空间群编号 int_tables_number	154
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.2028
R_work r_work	0.2018
R_free r_free	0.2211

fit	/app/data/saxs_computation/as/2ast/2ast.fit
pddf	/app/data/pr_computation/as/2ast/2ast.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/as/2ast/2ast.dat

Crystal structure of Skp1-Skp2-Cks1 in complex with a p27 peptide

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)