SAXSdb — 2aug

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Growth factor receptor-bound protein 14

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 433–537	片段：SH2 domain	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.5；pH 7.5	分辨率 2.30 Å R-free 0.248
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 430–537	片段：SH2 domain	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.5；pH 7.5	分辨率 2.30 Å R-free 0.248

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2AUG	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2AUH Crystal structure of the Grb14 BPS region in complex with the insulin receptor tyrosine kinase 提交 2005-08-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 361–419（59 aa）片段：BPS region	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.20 Å R-free 0.254
4K81 Crystal structure of the Grb14 RA and PH domains in complex with GTP-loaded H-Ras 提交 2013-04-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 106–356（251 aa）片段：RA-PH domains, UNP residues 106-356	突变：K272A,E273A	GOL GLYCEROL × 5 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.9；315 K；14% (w/v) PEG 3350, 100 mM MES, pH 5.9, 200 mM MgCl2, 2% glycerol, and 3% glucose, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 315K	分辨率 2.40 Å R-free 0.277
4K81 Crystal structure of the Grb14 RA and PH domains in complex with GTP-loaded H-Ras 提交 2013-04-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 106–356（251 aa）片段：RA-PH domains, UNP residues 106-356	突变：K272A,E273A	GOL GLYCEROL × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.9；315 K；14% (w/v) PEG 3350, 100 mM MES, pH 5.9, 200 mM MgCl2, 2% glycerol, and 3% glucose, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 315K	分辨率 2.40 Å R-free 0.277
4K81 Crystal structure of the Grb14 RA and PH domains in complex with GTP-loaded H-Ras 提交 2013-04-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 106–356（251 aa）片段：RA-PH domains, UNP residues 106-356	突变：K272A,E273A	GOL GLYCEROL × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.9；315 K；14% (w/v) PEG 3350, 100 mM MES, pH 5.9, 200 mM MgCl2, 2% glycerol, and 3% glucose, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 315K	分辨率 2.40 Å R-free 0.277
4K81 Crystal structure of the Grb14 RA and PH domains in complex with GTP-loaded H-Ras 提交 2013-04-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 106–356（251 aa）片段：RA-PH domains, UNP residues 106-356	突变：K272A,E273A	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.9；315 K；14% (w/v) PEG 3350, 100 mM MES, pH 5.9, 200 mM MgCl2, 2% glycerol, and 3% glucose, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 315K	分辨率 2.40 Å R-free 0.277

共 2 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GRB14_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 22–126； UniProt 433–537 作者链 B； PDB构建体 20–126； UniProt 430–537

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2aug
沉积日期 deposition_date	2005-08-27
结构标题 title	Crystal structure of the Grb14 SH2 domain
关键词 keywords	Phosphorylation, SH2 domain, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	18.28 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.15 Å
零角强度 I(0) i0	11076800.00
分子量 molecular_weight	24723.0 kDa
排除体积 excluded_volume	30931 Å³
包络体积 envelope_volume	35455 Å³
水化壳体积 shell_volume	17328 Å³
包络直径 envelope_diameter	53.6 Å
壳层 Rg shell_rg	23.01 Å
包络 Rg envelope_rg	17.21 Å
形状 Rg shape_rg	17.14 Å
总 Rg total_rg	18.10 Å
总原子数 total_atoms	1745
残基数 n_residues	213
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	55.3 Å
Rg (实空间) rg_real	18.16 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.33 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1080e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3220e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	18.18 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	11080000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9055
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	23.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.103
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.456
角度范围 angular_range	— – 0.4350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1986000.0000
实空间数据点数 n_real_points	75
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.928; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.984; Smooth: 0.999

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d2auga_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.93 — SH2-like
超家族 Superfamily superfamily	d.93.1 — SH2 domain
家族 Family family	d.93.1.1 — SH2 domain

结构域编号 domain_id	d2augb1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.93 — SH2-like
超家族 Superfamily superfamily	d.93.1 — SH2 domain
家族 Family family	d.93.1.1 — SH2 domain

结构域编号 domain_id	d2augb2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2augA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	505 — SHC Adaptor Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — SH2 domain

结构域编号 domain_id	2augB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	505 — SHC Adaptor Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — SH2 domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	49.118 Å
晶胞边长 b length_b	49.118 Å
晶胞边长 c length_c	184.087 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	27.840 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1990
R_free r_free	0.2480

描述 description	Growth factor receptor-bound protein 14
分子量 formula_weight	14633.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	1901

Crystal structure of the Grb14 SH2 domain

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Growth factor receptor-bound protein 14

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	156

fit	/app/data/saxs_computation/au/2aug/2aug.fit
pddf	/app/data/pr_computation/au/2aug/2aug.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/au/2aug/2aug.dat