2aze

Structure of the Rb C-terminal domain bound to an E2F1-DP1 heterodimer

Method: X-RAY DIFFRACTION
▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transcription factor Dp-1

Homo sapiens

UniProt Q14186

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 3 Transcription factor E2F1 × 1 (Q01094) Retinoblastoma-associated protein × 1 (P06400) water × 3 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 6 Transcription factor E2F1 × 2 (Q01094) Retinoblastoma-associated protein × 2 (P06400) water × 6 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TDP1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 4–155; UniProt 199–350

Transcription factor E2F1

Homo sapiens

UniProt Q01094

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 3 Transcription factor Dp-1 × 1 (Q14186) Retinoblastoma-associated protein × 1 (P06400) water × 3 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 6 Transcription factor Dp-1 × 2 (Q14186) Retinoblastoma-associated protein × 2 (P06400) water × 6 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 E2F1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 5–106; UniProt 200–301

Retinoblastoma-associated protein

Homo sapiens

UniProt P06400

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 3 Transcription factor Dp-1 × 1 (Q14186) Transcription factor E2F1 × 1 (Q01094) water × 3 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 6 Transcription factor Dp-1 × 2 (Q14186) Transcription factor E2F1 × 2 (Q01094) water × 6 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RB_HUMAN
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–46; UniProt 829–874

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2aze
沉积日期 deposition_date2005-09-10
结构标题 titleStructure of the Rb C-terminal domain bound to an E2F1-DP1 heterodimer
关键词 keywordscoiled coil, beta sandwich, CELL CYCLE, TRANSCRIPTION; CELL CYCLE, TRANSCRIPTION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2aze__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2aze__assembly_2__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

2aze__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)35.21 Å
Rg(电子密度)34.90 Å
总 Rg35.24 Å
原子数4650
残基数588
排除体积82534 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 2aze__assembly_1__model_1 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 2aze__assembly_2__model_1 hexameric (6) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd2azea1
类 Class classe — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold folde.63 — E2F-DP heterodimerization region
超家族 Superfamily superfamilye.63.1 — E2F-DP heterodimerization region
家族 Family familye.63.1.1 — DP dimerization segment
结构域编号 domain_idd2azea2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd2azeb1
类 Class classe — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold folde.63 — E2F-DP heterodimerization region
超家族 Superfamily superfamilye.63.1 — E2F-DP heterodimerization region
家族 Family familye.63.1.2 — E2F dimerization segment
结构域编号 domain_idd2azec1
类 Class classj — Peptides
折叠类型 Fold foldj.119 — Retinoblastoma-associated protein RB1 fragments
超家族 Superfamily superfamilyj.119.1 — Retinoblastoma-associated protein RB1 fragments
家族 Family familyj.119.1.1 — Retinoblastoma-associated protein RB1 fragments

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id2azeA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology140 — Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily80 — Transcription factor DP
结构域编号 domain_id2azeB00
类 Class class6 — Special
架构 Architecture architecture10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology250 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily540 —
结构域编号 domain_id2azeC00
类 Class class6 — Special
架构 Architecture architecture10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology250 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily530 —
▶

7. 引用文献 (1)