2b5w

Crystal structure of D38C glucose dehydrogenase mutant from Haloferax mediterranei

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 67.9 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	2b5w
沉积日期 deposition_date	2005-09-29
结构标题 title	Crystal structure of D38C glucose dehydrogenase mutant from Haloferax mediterranei
关键词 keywords	Nucleotide binding motif, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.74 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	20.59 Å
零角强度 I(0) i0	28275500.00
分子量 molecular_weight	40372.0 kDa
排除体积 excluded_volume	50186 Å³
包络体积 envelope_volume	58417 Å³
水化壳体积 shell_volume	23298 Å³
包络直径 envelope_diameter	68.4 Å
壳层 Rg shell_rg	27.56 Å
包络 Rg envelope_rg	20.88 Å
形状 Rg shape_rg	20.62 Å
总 Rg total_rg	21.39 Å
总原子数 total_atoms	2834
残基数 n_residues	357
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	67.9 Å
Rg (实空间) rg_real	21.64 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.31 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.8280e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.5920e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.66 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	28280000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7208
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	66.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.246
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.413
角度范围 angular_range	— – 0.3650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	7044000.0000
实空间数据点数 n_real_points	68
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.917; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.207; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.997

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	glucose dehydrogenase
分子量 formula_weight	39270.8 kDa
EC 编号 ec_number	1.1.1.47
突变 mutation	C38D
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3531

MKAIAVKRGEDRPVVIEKPRPEPESGEALVRTLRVGVCGTDHEVIAGGHGGFPEGEDHLVLGHEAVGVVVDPNDTELEEGDIVVPTVRRPPASGTNEYFERDQPDMAPDGMYFERGIVGAHGYMSEFFTSPEKYLVRIPRSQAELGFLIEPISITEKALEHAYASRSAFDWDPSSAFVLGNGSLGLLTLAMLKVDDKGYENLYCLGRRDRPDPTIDIIEELDATYVDSRQTPVEDVPDVYEQMDFIYEATGFPKHAIQSVQALAPNGVGALLGVPSDWAFEVDAGAFHREMVLHNKALVGSVNSHVEHFEAATVTFTKLPKWFLEDLVTGVHPLSEFEAAFDDDDTTIKTAIEFSTV

来源 Source

来源生物 organism	Haloferax mediterranei
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2252
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	CITRATE ANION
分子量 formula_weight	189.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 5 non-polymer

描述 description	NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE
分子量 formula_weight	743.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	675

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2b5wA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	180 — Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain

结构域编号 domain_id	2b5wA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

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7. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	60.534 Å
晶胞边长 b length_b	109.255 Å
晶胞边长 c length_c	151.893 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	I 2 2 2
空间群编号 int_tables_number	23
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.600 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1540
R_free r_free	0.1860

fit	/app/data/saxs_computation/b5/2b5w/2b5w.fit
pddf	/app/data/pr_computation/b5/2b5w/2b5w.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/b5/2b5w/2b5w.dat