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2bau

Solution NMR structure of the micelle-bound myristoylated N-terminal Arf6

Method: SOLUTION NMR Dmax: 11.7 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ADP-ribosylation factor 6

物种未注明

UniProt P62330

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–10 片段：N-terminal peptide MYR MYRISTIC ACID × 1 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）7；压力 ambient NMR样品组成：5mM Myristoylated N-terminal Arf6; 5mM acetate buffer, 100mM fully deuterated dodecylphosphocholine (DPC) | 90% H2O/10% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2BAU Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1E0S small G protein Arf6-GDP 提交 2000-04-06 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–175（174 aa）
未记录 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 1 NH4 AMMONIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；2M AMMONIUM SULFATE, 0.1M TRIS/HCL PH 8.5
分辨率 2.28 Å R-free 0.234
2A5D Structural basis for the activation of cholera toxin by human ARF6-GTP 提交 2005-06-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–174（174 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 NA SODIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；PEG2000mme, cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 1.80 Å R-free 0.199
2A5F Cholera toxin A1 subunit bound to its substrate, NAD+, and its human protein activator, ARF6 提交 2005-06-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–174（174 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 NA SODIUM ION × 1 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；PEG2000mme, cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.02 Å R-free 0.231
2A5G Cholera toxin A1 subunit bound to ARF6(Q67L) 提交 2005-06-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–174（174 aa）
突变：Q67L MG MAGNESIUM ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；PEG 2000mme, cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.66 Å R-free 0.265
2BAO Solution NMR structure of the myristoylated N-terminal fragment of Arf6 提交 2005-10-14 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–10（10 aa） 片段：N-terminal peptide
未记录 MYR MYRISTIC ACID × 1 SOLUTION NMR
NMR样品组成 1mM Myristoylated N-terminal Arf6; 5mM acetate buffer | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2J5X STRUCTURE OF THE SMALL G PROTEIN ARF6 IN COMPLEX WITH GTPGAMMAS 提交 2006-09-20 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–174（174 aa）
未记录 GSP 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.6；pH 4.60
分辨率 2.80 Å R-free 0.276
2J5X STRUCTURE OF THE SMALL G PROTEIN ARF6 IN COMPLEX WITH GTPGAMMAS 提交 2006-09-20 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–174（174 aa）
未记录 GSP 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.6；pH 4.60
分辨率 2.80 Å R-free 0.276
2W83 Crystal structure of the ARF6 GTPase in complex with a specific effector, JIP4 提交 2009-01-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 13–175（163 aa） 片段：G DOMAIN, RESIDUES 13-175
链 B 13–175（163 aa） 片段：G DOMAIN, RESIDUES 13-175
链 E 13–175（163 aa） 片段：G DOMAIN, RESIDUES 13-175
突变：YES 突变：YES 突变：YES GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 DIO 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE × 6 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 2.0 M AMONIUM SULFATE, 0.1 M HEPES PH 7.5, 0.2 M NACL, 2 MM MGCL2, 6 % MPD
分辨率 1.93 Å R-free 0.238
3LVQ The crystal structure of ASAP3 in complex with Arf6 in transition state 提交 2010-02-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 E 11–175（165 aa） 片段：GAP and Ankyrin domain, residues 416-697, residues 11-175
未记录 ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；13% PEG 8000, 150mM Magnesium Acetate, 100mM MOPS(pH 7.5), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 3.38 Å R-free 0.257
3LVR The crystal structure of ASAP3 in complex with Arf6 in transition state soaked with Calcium 提交 2010-02-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 E 11–175（165 aa） 片段：GAP and Ankyrin domain, residues 416-697, residues 11-175
未记录 ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 1 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；13% PEG 8000, 150mM Magnesium Acetate, 100mM MOPS(pH 7.5); Crystals were then soaked in 30mM CaCl2 , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 3.38 Å R-free 0.281
3N5C Crystal Structure of Arf6DELTA13 complexed with GDP 提交 2010-05-25 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 14–175（162 aa） 片段：UNP RESIDUES 14-175
未记录 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；0.2 M NaCl and 20% PEG 3350, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 1.82 Å R-free 0.195
3N5C Crystal Structure of Arf6DELTA13 complexed with GDP 提交 2010-05-25 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 14–175（162 aa） 片段：UNP RESIDUES 14-175
未记录 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；0.2 M NaCl and 20% PEG 3350, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 1.82 Å R-free 0.195
3PCR Structure of EspG-Arf6 complex 提交 2010-10-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 14–175（162 aa） 片段：UNP RESIDUES 14-175
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；2% PEG 4000, 0.1 M sodium acetate, 5% 2,3-methylpentanediol, pH 5.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
分辨率 2.50 Å R-free 0.326
4FME EspG-Rab1-Arf6 complex 提交 2012-06-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 14–173（160 aa）
未记录 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.2；298 K；8% PEG8000, 0.1 M NaKPO4 (pH 6.2), and 0.2 M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 4.10 Å R-free 0.249
4FME EspG-Rab1-Arf6 complex 提交 2012-06-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 F 14–173（160 aa）
未记录 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.2；298 K；8% PEG8000, 0.1 M NaKPO4 (pH 6.2), and 0.2 M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 4.10 Å R-free 0.249
4KAX Crystal structure of the Grp1 PH domain in complex with Arf6-GTP 提交 2013-04-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 14–173（160 aa） 片段：Arf6 (residues 14-181)
突变：Q67L GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 CIT CITRIC ACID × 1 GOL GLYCEROL × 4 K POTASSIUM ION × 1 4IP INOSITOL-(1,3,4,5)-TETRAKISPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.8；291 K；50 mM Tris, 20% PEG 4000, 0.2 M sodium citrate. Microseeding and TCEP were needed for large crystal growth, pH 8.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 1.85 Å R-free 0.235
6BBP Model for compact volume of truncated monomeric Cytohesin-3 (Grp1; amino acids 63-399) E161A 6GS Arf6 Q67L fusion protein 提交 2017-10-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–173（172 aa）
突变：E161A,E161A GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 4IP INOSITOL-(1,3,4,5)-TETRAKISPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM Tris, pH 8.0, 150 mM NaCl, 2 mM MgCl2, 0.1% 2-mercaptoethanol, and 0.001 mM IP4
分辨率 35.00 Å
6BBQ Model for extended volume of truncated monomeric Cytohesin-3 (Grp1; amino acids 63-399) E161A Arf6 Q67L fusion protein 提交 2017-10-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–173（172 aa）
突变：E161A,E161A GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 4IP INOSITOL-(1,3,4,5)-TETRAKISPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM Tris, pH 8.0, 150 mM NaCl, 2 mM MgCl2, 0.1% 2-mercaptoethanol, and 0.001 mM IP4
分辨率 35.00 Å
7RK3 Crystal structure of human N-myristoyltransferase 1 fragment (residues 109-496) bound to diacylated human Arf6 octapeptide and Coenzyme A 提交 2021-07-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 2–9（8 aa）
未记录 4PS 4'-diphospho pantetheine × 1 MYR MYRISTIC ACID × 1 6NA HEXANOIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；20% (w/v) PEG 3350, 200mM ammonium formate
分辨率 2.05 Å R-free 0.220
7XRD Cryo-EM structure of Arf6 helical polymer assembled on lipid membrane 提交 2022-05-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 2–175（174 aa）
链 B 2–175（174 aa）
链 C 2–175（174 aa）
链 D 2–175（174 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 4 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å

共 17 个其他 PDB 条目、20 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ARF6_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–10； UniProt 1–10

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2bau

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2bau
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2bau
沉积日期 deposition_date2005-10-14
结构标题 titleSolution NMR structure of the micelle-bound myristoylated N-terminal Arf6
关键词 keywordsMicelle-bound, myristoylated peptide, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier3.37 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron6.07 Å
零角强度 I(0) i01708780.00
分子量 molecular_weight15104.0 kDa
排除体积 excluded_volume21075 ų
包络体积 envelope_volume3401 ų
水化壳体积 shell_volume4090 ų
包络直径 envelope_diameter29.1 Å
壳层 Rg shell_rg12.55 Å
包络 Rg envelope_rg8.77 Å
形状 Rg shape_rg5.98 Å
总 Rg total_rg7.42 Å
总原子数 total_atoms2388
残基数 n_residues120
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax11.7 Å
Rg (实空间) rg_real3.71 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.02 Å
I(0) (实空间) i0_real1.7640e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.0930e+03
Rg (倒空间) rg_reciprocal2.81 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1709000.0000
解质量估计 total_estimate0.6997
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary4.0 Å
偏度 Skewness skewness0.266
峰度 Kurtosis kurtosis-0.645
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha1.5610
最高正则化参数 α highest_alpha62.8900
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.982; Stabil: 0.912; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.769; Smooth: 0.645
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)