2bbd

Crystal Structure of the STIV MCP

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 288.6 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	2bbd
沉积日期 deposition_date	2005-10-17
结构标题 title	Crystal Structure of the STIV MCP
关键词 keywords	Archaea, hyperthermophile, virus, evolution, crystal, Viral protein; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	83.02 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	84.45 Å
零角强度 I(0) i0	264381000.00
分子量 molecular_weight	143510.0 kDa
排除体积 excluded_volume	181600 Å³
包络体积 envelope_volume	327450 Å³
水化壳体积 shell_volume	35404 Å³
包络直径 envelope_diameter	258.1 Å
壳层 Rg shell_rg	69.35 Å
包络 Rg envelope_rg	79.95 Å
形状 Rg shape_rg	84.51 Å
总 Rg total_rg	83.95 Å
总原子数 total_atoms	10091
残基数 n_residues	1276
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	288.6 Å
Rg (实空间) rg_real	84.55 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	4.87 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.6440e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.0160e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	76.71 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	259800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.5405
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	4
主峰位置 r_peak_primary	30.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.380
峰度 Kurtosis kurtosis	-1.059
角度范围 angular_range	— – 0.0950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0004
最高正则化参数 α highest_alpha	6007000.0000
实空间数据点数 n_real_points	20
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.000; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.025; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	coat protein
分子量 formula_weight	38744.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	10870

GEIYTETLQQTYAWTAGTNIPIKIPRNNFIRKIRVQLIGSISNSGTAAVTLPSAPFPYNLVQTFNLSYEGSKTLYSVSGTGLGILMYYTTKGQNPAYPAPGTSVPASGSVNLNVMWEFDLARFPATMVQNIILSILTGQAPSGVSINASFYITITYERVTAQEILSEGGLGADGEMPLATVLPKVIEIPTFNVPASSAPIHVAYLQPGQIYKRQLVYVINSTSGINNTDPTEYELKIVRGVPTDKIKVSWAALQAENQAEYQVAPYSGASAIIDFRKYFNGDLDLTHAPSDSIEYDLALQNQDNVYSLYVSYVLPYYDQLAALPAQVAAIVQQYVARQKRRIKRHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Sulfolobus turreted icosahedral virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	269145
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	(4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL
分子量 formula_weight	118.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	17

Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	779

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	241.600 Å
晶胞边长 b length_b	82.890 Å
晶胞边长 c length_c	114.800 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	116.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.040 Å
最低分辨率 resolution_low	29.760 Å
R 因子 r_factor	0.2070
R_work r_work	0.2070
R_free r_free	0.2460

fit	/app/data/saxs_computation/bb/2bbd/2bbd.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bb/2bbd/2bbd.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bb/2bbd/2bbd.dat

Crystal Structure of the STIV MCP

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction