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2bbu

solution structure of mouse socs3 in complex with a phosphopeptide from the gp130 receptor

Method: SOLUTION NMR Dmax: 70.8 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Suppressor of cytokine signaling 3

Mus musculus

UniProt O35718

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 22–185 片段：KIR/ESS/SH2 DOMAIN/PEST MOTIF GP130 PHOSPHOPEPTIDE × 1 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM；压力 1 NMR样品组成：0.3mM U-15N-13C-SOCS3/0.3mM phophopeptide, 20mM Na-phosphate, pH 6.7, 2mM DTT, 1mM edta, 50mM glutamate, 50mM Arginine, 5% D2O | 95% H20, 5% D2O NMR样品组成：0.3mM U-15N-SOCS3/0.3mM phophopeptide, 20mM Na-phosphate, pH 6.7, 2mM DTT, 1mM edta, 50mM glutamate, 50mM Arginine, 5% D2O | 95% H20, 5% D2O NMR样品组成：0.3mM U-13C-SOCS3/0.3mM phophopeptide, 20mM Na-phosphate, pH 6.7, 2mM DTT, 1mM edta, 50mM glutamate, 50mM Arginine, 5% D2O | 95% H20, 5% D2O NMR样品组成：0.3mM SOCS3/0.3mM phophopeptide, 20mM Na-phosphate, pH 6.7, 2mM DTT, 1mM edta, 50mM glutamate, 50mM Arginine, 5% D2O | 95% H20, 5% D2O NMR样品组成：0.3mM SOCS3/0.3mM phophopeptide, 20mM Na-phosphate, pH 6.7, 2mM DTT, 1mM edta, 50mM glutamate, 50mM Arginine, 5% D2O | 100% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2BBU Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2HMH Crystal structure of SOCS3 in complex with gp130(pTyr757) phosphopeptide. 提交 2006-07-11 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 15–130（116 aa）
链 A 154–185（32 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；297 K；30% PEG8000, 0.1 M Sodium Cacodylate, 0.2 M Sodium Acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K, pH 6.50
分辨率 2.00 Å R-free 0.291
2JZ3 SOCS box elonginBC ternary complex 提交 2007-12-27 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 186–225（40 aa） 片段：SOCS box, UNP residues 186-225
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.7；310 K；离子强度（mmCIF原始值）0.05；压力 ambient
NMR样品组成 1mM [U-100% 13C; U-100% 15N] socs box; 1mM elonginB; 1mM elonginC; 50mM potassium chloride; 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
4GL9 Crystal structure of inhibitory protein SOCS3 in complex with JAK2 kinase domain and fragment of GP130 intracellular domain 提交 2012-08-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 38–128（91 aa） 片段：chimeric fusion of Intracellular domain (unp residues 22-128 and 163-185)
未记录 IZA 2-TERT-BUTYL-9-FLUORO-3,6-DIHYDRO-7H-BENZ[H]-IMIDAZ[4,5-F]ISOQUINOLINE-7-ONE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.2；298 K；0.33M di-potassium hydrogen phosphate, 1.67M sodium dihydrogen phosphate, 0.1M phosphate-citrate, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.90 Å R-free 0.281
4GL9 Crystal structure of inhibitory protein SOCS3 in complex with JAK2 kinase domain and fragment of GP130 intracellular domain 提交 2012-08-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 38–128（91 aa） 片段：chimeric fusion of Intracellular domain (unp residues 22-128 and 163-185)
未记录 IZA 2-TERT-BUTYL-9-FLUORO-3,6-DIHYDRO-7H-BENZ[H]-IMIDAZ[4,5-F]ISOQUINOLINE-7-ONE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.2；298 K；0.33M di-potassium hydrogen phosphate, 1.67M sodium dihydrogen phosphate, 0.1M phosphate-citrate, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.90 Å R-free 0.281
4GL9 Crystal structure of inhibitory protein SOCS3 in complex with JAK2 kinase domain and fragment of GP130 intracellular domain 提交 2012-08-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 G 38–128（91 aa） 片段：chimeric fusion of Intracellular domain (unp residues 22-128 and 163-185)
未记录 IZA 2-TERT-BUTYL-9-FLUORO-3,6-DIHYDRO-7H-BENZ[H]-IMIDAZ[4,5-F]ISOQUINOLINE-7-ONE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.2；298 K；0.33M di-potassium hydrogen phosphate, 1.67M sodium dihydrogen phosphate, 0.1M phosphate-citrate, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.90 Å R-free 0.281
4GL9 Crystal structure of inhibitory protein SOCS3 in complex with JAK2 kinase domain and fragment of GP130 intracellular domain 提交 2012-08-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 F 38–128（91 aa） 片段：chimeric fusion of Intracellular domain (unp residues 22-128 and 163-185)
未记录 IZA 2-TERT-BUTYL-9-FLUORO-3,6-DIHYDRO-7H-BENZ[H]-IMIDAZ[4,5-F]ISOQUINOLINE-7-ONE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.2；298 K；0.33M di-potassium hydrogen phosphate, 1.67M sodium dihydrogen phosphate, 0.1M phosphate-citrate, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.90 Å R-free 0.281

共 3 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SOCS3_MOUSE
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–164； UniProt 22–185

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2bbu

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2bbu
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2bbu
沉积日期 deposition_date2005-10-17
结构标题 titlesolution structure of mouse socs3 in complex with a phosphopeptide from the gp130 receptor
关键词 keywordsSH2 DOMAIN, EXTENDED SH2 SUBDOMAIN, PEST MOTIF, PROTEIN COMPLEX, PHOSPHOPEPTIDE, CYTOKINE REGULATOR; CYTOKINE REGULATOR
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier17.80 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron17.29 Å
零角强度 I(0) i01980110000.00
分子量 molecular_weight373380.0 kDa
排除体积 excluded_volume465650 ų
包络体积 envelope_volume82948 ų
水化壳体积 shell_volume28995 ų
包络直径 envelope_diameter77.2 Å
壳层 Rg shell_rg31.79 Å
包络 Rg envelope_rg24.23 Å
形状 Rg shape_rg17.28 Å
总 Rg total_rg17.64 Å
总原子数 total_atoms52020
残基数 n_residues3400
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax70.8 Å
Rg (实空间) rg_real17.86 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.67 Å
I(0) (实空间) i0_real1.9800e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.7690e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal17.85 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1980000000.0000
解质量估计 total_estimate0.7670
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary20.1 Å
偏度 Skewness skewness0.543
峰度 Kurtosis kurtosis0.194
角度范围 angular_range— – 0.4450 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha2573000.0000
实空间数据点数 n_real_points75
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.401; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.766; Smooth: 0.999
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id2bbuA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology505 — SHC Adaptor Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — SH2 domain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)