2bc2

METALLO BETA-LACTAMASE II FROM BACILLUS CEREUS 569/H/9 AT PH 6.0, TRIGONAL CRYSTAL FORM

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 84.1 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

METALLO BETA-LACTAMASE II

物种未注明

UniProt P04190

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 31–257 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 6;pH 6.0 分辨率 1.70 Å R-free 0.251
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 31–257 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 6;pH 6.0 分辨率 1.70 Å R-free 0.251
3 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 31–257 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) ZN ZINC ION × 2 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 6;pH 6.0 分辨率 1.70 Å R-free 0.251

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 43 个其他 PDB 条目、60 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 BLA2_BACCE
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–227; UniProt 31–257 作者链 B; PDB构建体 1–227; UniProt 31–257

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2bc2

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2bc2
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2bc2
沉积日期 deposition_date1997-09-09
结构标题 titleMETALLO BETA-LACTAMASE II FROM BACILLUS CEREUS 569/H/9 AT PH 6.0, TRIGONAL CRYSTAL FORM
关键词 keywordsHYDROLASE, BETA-LACTAMASE, ANTIBIOTIC, METALLOENZYME; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier25.89
回转半径 Rg (电子) rg_electron25.54
零角强度 I(0) i038993300.00
分子量 molecular_weight48347.0 kDa
排除体积 excluded_volume60636 ų
包络体积 envelope_volume72302 ų
水化壳体积 shell_volume24334 ų
包络直径 envelope_diameter86.8
壳层 Rg shell_rg31.86
包络 Rg envelope_rg25.31
形状 Rg shape_rg25.52
总 Rg total_rg26.31
总原子数 total_atoms3390
残基数 n_residues432
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax84.1
Rg (实空间) rg_real26.00
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.55
I(0) (实空间) i0_real3.8990e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.7120e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal25.97
I(0) (倒空间) i0_reciprocal38990000.0000
解质量估计 total_estimate0.8660
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary24.8
偏度 Skewness skewness0.412
峰度 Kurtosis kurtosis-0.538
角度范围 angular_range— – 0.3050 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha18100000.0000
实空间数据点数 n_real_points62
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.824; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.910; Smooth: 0.874

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd2bc2a_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.157 — Metallo-hydrolase/oxidoreductase
超家族 Superfamily superfamilyd.157.1 — Metallo-hydrolase/oxidoreductase
家族 Family familyd.157.1.1 — Zn metallo-beta-lactamase
结构域编号 domain_idd2bc2b_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.157 — Metallo-hydrolase/oxidoreductase
超家族 Superfamily superfamilyd.157.1 — Metallo-hydrolase/oxidoreductase
家族 Family familyd.157.1.1 — Zn metallo-beta-lactamase

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id2bc2A00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology15 — Metallo-beta-lactamase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like
结构域编号 domain_id2bc2B00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology15 — Metallo-beta-lactamase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)