2bdh

Human Kallikrein 4 complex with zinc and p-aminobenzamidine

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 100.0 Å Quality: REASONABLE

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Kallikrein-4

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 27–45	片段：Human Kallikrein 4	ZN ZINC ION × 1 PBZ P-AMINO BENZAMIDINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；1.6 M ammonium sulphate, 100 mM HEPES, 100 mM NaCl, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.00 Å R-free 0.292
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 27–45	片段：Human Kallikrein 4	PBZ P-AMINO BENZAMIDINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；1.6 M ammonium sulphate, 100 mM HEPES, 100 mM NaCl, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.00 Å R-free 0.292
3	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 27–45	片段：Human Kallikrein 4	PBZ P-AMINO BENZAMIDINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；1.6 M ammonium sulphate, 100 mM HEPES, 100 mM NaCl, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.00 Å R-free 0.292
4	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 27–45	片段：Human Kallikrein 4	PBZ P-AMINO BENZAMIDINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；1.6 M ammonium sulphate, 100 mM HEPES, 100 mM NaCl, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.00 Å R-free 0.292
5	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 27–45 链 B； UniProt 27–45	片段：Human Kallikrein 4	ZN ZINC ION × 1 PBZ P-AMINO BENZAMIDINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；1.6 M ammonium sulphate, 100 mM HEPES, 100 mM NaCl, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.00 Å R-free 0.292

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2BDH	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2BDG Human Kallikrein 4 complex with nickel and p-aminobenzamidine 提交 2005-10-20	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 27–45（19 aa）片段：Human Kallikrein 4	未记录	NA SODIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1 NI NICKEL (II) ION × 2 PBZ P-AMINO BENZAMIDINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；20% PEG-MME 2000, 100 mM Tris, 10 mM nickel chloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.95 Å R-free 0.225
2BDG Human Kallikrein 4 complex with nickel and p-aminobenzamidine 提交 2005-10-20	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 27–45（19 aa）片段：Human Kallikrein 4	未记录	CL CHLORIDE ION × 1 NI NICKEL (II) ION × 2 PBZ P-AMINO BENZAMIDINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；20% PEG-MME 2000, 100 mM Tris, 10 mM nickel chloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.95 Å R-free 0.225
2BDI Human Kallikrein 4 complex with cobalt and p-aminobenzamidine 提交 2005-10-20	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 27–45（19 aa）片段：Human Kallikrein 4	未记录	CO COBALT (II) ION × 1 PBZ P-AMINO BENZAMIDINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；1.6 M ammonium sulphate, 100 mM MES, 10 mM cobalt chloride , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.00 Å R-free 0.296
2BDI Human Kallikrein 4 complex with cobalt and p-aminobenzamidine 提交 2005-10-20	实验环境不同结构质量不同	Assembly 10 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 J 27–45（19 aa）片段：Human Kallikrein 4	未记录	PBZ P-AMINO BENZAMIDINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；1.6 M ammonium sulphate, 100 mM MES, 10 mM cobalt chloride , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.00 Å R-free 0.296
2BDI Human Kallikrein 4 complex with cobalt and p-aminobenzamidine 提交 2005-10-20	实验环境不同结构质量不同	Assembly 11 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 K 27–45（19 aa）片段：Human Kallikrein 4	未记录	PBZ P-AMINO BENZAMIDINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；1.6 M ammonium sulphate, 100 mM MES, 10 mM cobalt chloride , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.00 Å R-free 0.296
2BDI Human Kallikrein 4 complex with cobalt and p-aminobenzamidine 提交 2005-10-20	实验环境不同结构质量不同	Assembly 12 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 L 27–45（19 aa）片段：Human Kallikrein 4	未记录	PBZ P-AMINO BENZAMIDINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；1.6 M ammonium sulphate, 100 mM MES, 10 mM cobalt chloride , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.00 Å R-free 0.296
2BDI Human Kallikrein 4 complex with cobalt and p-aminobenzamidine 提交 2005-10-20	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 13 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 M 27–45（19 aa）片段：Human Kallikrein 4	未记录	CO COBALT (II) ION × 1 PBZ P-AMINO BENZAMIDINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；1.6 M ammonium sulphate, 100 mM MES, 10 mM cobalt chloride , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.00 Å R-free 0.296
2BDI Human Kallikrein 4 complex with cobalt and p-aminobenzamidine 提交 2005-10-20	实验环境不同结构质量不同	Assembly 14 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 N 27–45（19 aa）片段：Human Kallikrein 4	未记录	PBZ P-AMINO BENZAMIDINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；1.6 M ammonium sulphate, 100 mM MES, 10 mM cobalt chloride , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.00 Å R-free 0.296
2BDI Human Kallikrein 4 complex with cobalt and p-aminobenzamidine 提交 2005-10-20	实验环境不同结构质量不同	Assembly 15 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 O 27–45（19 aa）片段：Human Kallikrein 4	未记录	PBZ P-AMINO BENZAMIDINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；1.6 M ammonium sulphate, 100 mM MES, 10 mM cobalt chloride , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.00 Å R-free 0.296
2BDI Human Kallikrein 4 complex with cobalt and p-aminobenzamidine 提交 2005-10-20	实验环境不同结构质量不同	Assembly 16 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 P 27–45（19 aa）片段：Human Kallikrein 4	未记录	PBZ P-AMINO BENZAMIDINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；1.6 M ammonium sulphate, 100 mM MES, 10 mM cobalt chloride , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.00 Å R-free 0.296
2BDI Human Kallikrein 4 complex with cobalt and p-aminobenzamidine 提交 2005-10-20	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 27–45（19 aa）片段：Human Kallikrein 4	未记录	PBZ P-AMINO BENZAMIDINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；1.6 M ammonium sulphate, 100 mM MES, 10 mM cobalt chloride , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.00 Å R-free 0.296
2BDI Human Kallikrein 4 complex with cobalt and p-aminobenzamidine 提交 2005-10-20	实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 27–45（19 aa）片段：Human Kallikrein 4	未记录	PBZ P-AMINO BENZAMIDINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；1.6 M ammonium sulphate, 100 mM MES, 10 mM cobalt chloride , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.00 Å R-free 0.296
2BDI Human Kallikrein 4 complex with cobalt and p-aminobenzamidine 提交 2005-10-20	实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 27–45（19 aa）片段：Human Kallikrein 4	未记录	PBZ P-AMINO BENZAMIDINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；1.6 M ammonium sulphate, 100 mM MES, 10 mM cobalt chloride , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.00 Å R-free 0.296
2BDI Human Kallikrein 4 complex with cobalt and p-aminobenzamidine 提交 2005-10-20	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 27–45（19 aa）片段：Human Kallikrein 4	未记录	CO COBALT (II) ION × 1 PBZ P-AMINO BENZAMIDINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；1.6 M ammonium sulphate, 100 mM MES, 10 mM cobalt chloride , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.00 Å R-free 0.296
2BDI Human Kallikrein 4 complex with cobalt and p-aminobenzamidine 提交 2005-10-20	实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 F 27–45（19 aa）片段：Human Kallikrein 4	未记录	PBZ P-AMINO BENZAMIDINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；1.6 M ammonium sulphate, 100 mM MES, 10 mM cobalt chloride , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.00 Å R-free 0.296
2BDI Human Kallikrein 4 complex with cobalt and p-aminobenzamidine 提交 2005-10-20	实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 G 27–45（19 aa）片段：Human Kallikrein 4	未记录	PBZ P-AMINO BENZAMIDINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；1.6 M ammonium sulphate, 100 mM MES, 10 mM cobalt chloride , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.00 Å R-free 0.296
2BDI Human Kallikrein 4 complex with cobalt and p-aminobenzamidine 提交 2005-10-20	实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 H 27–45（19 aa）片段：Human Kallikrein 4	未记录	PBZ P-AMINO BENZAMIDINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；1.6 M ammonium sulphate, 100 mM MES, 10 mM cobalt chloride , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.00 Å R-free 0.296
2BDI Human Kallikrein 4 complex with cobalt and p-aminobenzamidine 提交 2005-10-20	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 9 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 I 27–45（19 aa）片段：Human Kallikrein 4	未记录	CO COBALT (II) ION × 1 PBZ P-AMINO BENZAMIDINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；1.6 M ammonium sulphate, 100 mM MES, 10 mM cobalt chloride , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.00 Å R-free 0.296
4K1E Atomic resolution crystal structures of Kallikrein-Related Peptidase 4 complexed with a modified SFTI inhibitor FCQR 提交 2013-04-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 31–253（223 aa）片段：Related Peptidase 4, UNP residues 31-253	未记录	MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 LI LITHIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；0.1M lithium sulfate, 0.1M sodium acetate, 30% PEG 8000 , pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.30 Å R-free 0.170
4K8Y Atomic resolution crystal structures of Kallikrein-Related Peptidase 4 complexed with Sunflower Trypsin Inhibitor (SFTI-1) 提交 2013-04-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 31–253（223 aa）片段：Related Peptidase 4, UNP residues 31-253	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.8；293 K；0.2M Lithium Sulfate, 0.1M Sodium Acetate, 20%(w/v) PEG 8000, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.00 Å R-free 0.170
4KEL Atomic resolution crystal structure of Kallikrein-Related Peptidase 4 complexed with a modified SFTI inhibitor FCQR(N) 提交 2013-04-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 31–253（223 aa）片段：Related Peptidase 4, UNP residues 31-253	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；0.1M lithium sulfate, 0.1M sodium acetate, 30% PEG 8000, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.15 Å R-free 0.163
4KGA Crystal structure of kallikrein-related peptidase 4 提交 2013-04-29	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 31–253（223 aa）片段：Related Peptidase 4, UNP residues 31-253	未记录	NI NICKEL (II) ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；10mM NiCl2, 100mM Tris, 20% PEG2000 , pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.32 Å R-free 0.264
4KGA Crystal structure of kallikrein-related peptidase 4 提交 2013-04-29	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 31–253（223 aa）片段：Related Peptidase 4, UNP residues 31-253	未记录	NI NICKEL (II) ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；10mM NiCl2, 100mM Tris, 20% PEG2000 , pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.32 Å R-free 0.264
6KBR Crystal structure of Human KLK4 and SPINK2 derived KLK4 inhibitor complex 提交 2019-06-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–254（254 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Lithium chloride, polyethylene glycol 3350	分辨率 2.00 Å R-free 0.226
6NVB Crystal structure of the inhibitor-free form of the serine protease kallikrein-4 提交 2019-02-04	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 31–254（224 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；0.2M lithium sulfate, 0.1M sodium acetate, 22% PEG 8000 cryoprotectant = 1:1 glycerol : mother liquor	分辨率 1.64 Å R-free 0.180
6NVB Crystal structure of the inhibitor-free form of the serine protease kallikrein-4 提交 2019-02-04	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 31–254（224 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；0.2M lithium sulfate, 0.1M sodium acetate, 22% PEG 8000 cryoprotectant = 1:1 glycerol : mother liquor	分辨率 1.64 Å R-free 0.180
6NVB Crystal structure of the inhibitor-free form of the serine protease kallikrein-4 提交 2019-02-04	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 31–254（224 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；0.2M lithium sulfate, 0.1M sodium acetate, 22% PEG 8000 cryoprotectant = 1:1 glycerol : mother liquor	分辨率 1.64 Å R-free 0.180
6NVB Crystal structure of the inhibitor-free form of the serine protease kallikrein-4 提交 2019-02-04	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 31–254（224 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；0.2M lithium sulfate, 0.1M sodium acetate, 22% PEG 8000 cryoprotectant = 1:1 glycerol : mother liquor	分辨率 1.64 Å R-free 0.180
7JQK Crystal structure of the R64A mutant of Bauhinia Bauhinioides Kallikrein Inhibitor complexed with Human Kallikrein 4 提交 2020-08-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 31–253（223 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	2PE NONAETHYLENE GLYCOL × 2 CD CADMIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；2.0M Ammonium Sulfate 2% PEG400, 10mM CdCl2 at pH 7.5	分辨率 1.33 Å R-free 0.153
7JQN Crystal structure of the R64M mutant of Bauhinia Bauhinioides Kallikrein Inhibitor complexed with Human Kallikrein 4 提交 2020-08-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 31–253（223 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	2PE NONAETHYLENE GLYCOL × 3 CD CADMIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；2.0 Ammonium Sulfate, 2%PEG400, 10mM CdCl2 pH 7.5	分辨率 1.50 Å R-free 0.161
7JQO Crystal structure of the R64D mutant of Bauhinia Bauhinioides Kallikrein Inhibitor complexed with Human Kallikrein 4 提交 2020-08-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 31–253（223 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	2PE NONAETHYLENE GLYCOL × 3 CD CADMIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；2.0M Ammounium Sulfate, 2% PEG400, 10mM CdCl2	分辨率 1.60 Å R-free 0.152

共 11 个其他 PDB 条目、31 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	KLK4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–217； UniProt 27–45 作者链 B； PDB构建体 1–217； UniProt 27–45 作者链 C； PDB构建体 1–217； UniProt 27–45 作者链 D； PDB构建体 1–217； UniProt 27–45

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2bdh
沉积日期 deposition_date	2005-10-20
结构标题 title	Human Kallikrein 4 complex with zinc and p-aminobenzamidine
关键词 keywords	serine proteinase, s1 subsite, 70-80 loop, Structural Proteomics in Europe, SPINE, Structural Genomics, Hydrolase; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.88 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.11 Å
零角强度 I(0) i0	156182000.00
分子量 molecular_weight	96202.0 kDa
排除体积 excluded_volume	118800 Å³
包络体积 envelope_volume	151860 Å³
水化壳体积 shell_volume	40077 Å³
包络直径 envelope_diameter	101.8 Å
壳层 Rg shell_rg	38.94 Å
包络 Rg envelope_rg	30.78 Å
形状 Rg shape_rg	31.14 Å
总 Rg total_rg	31.64 Å
总原子数 total_atoms	6721
残基数 n_residues	876
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	100.0 Å
Rg (实空间) rg_real	31.74 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.59 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5620e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.4910e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.80 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	156200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6724
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	44.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.148
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.564
角度范围 angular_range	— – 0.2500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	92460000.0000
实空间数据点数 n_real_points	51
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.932; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.018; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.886

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Kallikrein-4
分子量 formula_weight	23926.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	6832

IINGEDCSPHSQPWQAALVMENELFCSGVLVHPQWVLSAAHCFQNSYTIGLGLHSLEADQEPGSQMVEASLSVRHPEYNRPLLANDLMLIKLDESVSESDTIRSISIASQCPTAGNSCLVSGWGLLANGRMPTVLQCVNVSVVSEEVCSKLYDPLYHPSMFCAGGGQDQKDSCNGDSGGPLICNGYLQGLVSFGKAPCGQVGVPGVYTNLCKFTEWIEKTVQA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	P-AMINO BENZAMIDINE
分子量 formula_weight	136.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	111

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d2bdha_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family family	b.47.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2bdhb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family family	b.47.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2bdhc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family family	b.47.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2bdhd_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family family	b.47.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	2bdhA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	2bdhA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	2bdhB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	2bdhB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	2bdhC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	2bdhC02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	2bdhD01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	2bdhD02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	73.488 Å
晶胞边长 b length_b	73.488 Å
晶胞边长 c length_c	338.315 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	32

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	19.850 Å
R 因子 r_factor	0.2330
R_work r_work	0.2330
R_free r_free	0.2920

fit	/app/data/saxs_computation/bd/2bdh/2bdh.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bd/2bdh/2bdh.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bd/2bdh/2bdh.dat