2bh1

X-ray structure of the general secretion pathway complex of the N- terminal domain of EpsE and the cytosolic domain of EpsL of Vibrio cholerae

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GENERAL SECRETION PATHWAY PROTEIN L

VIBRIO CHOLERAE

UniProt P45782

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 GENERAL SECRETION PATHWAY PROTEIN E, × 1 (P37093) CALCIUM ION × 1 water × 2 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 GENERAL SECRETION PATHWAY PROTEIN E, × 1 (P37093) water × 2 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GSPL_VIBCH
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–242; UniProt 5–246 作者链 B; PDB构建体 1–242; UniProt 5–246

GENERAL SECRETION PATHWAY PROTEIN E,

VIBRIO CHOLERAE

UniProt P37093

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 GENERAL SECRETION PATHWAY PROTEIN L × 1 (P45782) CALCIUM ION × 1 water × 2 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 GENERAL SECRETION PATHWAY PROTEIN L × 1 (P45782) water × 2 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GSPE_VIBCH
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 X; PDB构建体 1–96; UniProt 1–96 作者链 Y; PDB构建体 1–96; UniProt 1–96

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2bh1
沉积日期 deposition_date2005-01-06
结构标题 titleX-ray structure of the general secretion pathway complex of the N- terminal domain of EpsE and the cytosolic domain of EpsL of Vibrio cholerae
关键词 keywordsTRANSPORT PROTEIN, TYPE II SECRETION, VIBRIO CHOLERAE, EPS, GSP, TRANSMEMBRANE, TRANSPORT, ATP-BINDING; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2bh1__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2bh1__assembly_2__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

2bh1__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)21.58 Å
Rg(电子密度)20.10 Å
总 Rg21.00 Å
原子数2434
残基数306
排除体积43568 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 2bh1__assembly_1__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 2bh1__assembly_2__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_idd2bh1a1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamilyc.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family familyc.55.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd2bh1a2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamilyc.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family familyc.55.1.11 — Cyto-EpsL domain
结构域编号 domain_idd2bh1b1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamilyc.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family familyc.55.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd2bh1b2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamilyc.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family familyc.55.1.11 — Cyto-EpsL domain
结构域编号 domain_idd2bh1x1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.52 — Alpha-lytic protease prodomain-like
超家族 Superfamily superfamilyd.52.10 — EspE N-terminal domain-like
家族 Family familyd.52.10.1 — GSPII protein E N-terminal domain-like
结构域编号 domain_idd2bh1y_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.52 — Alpha-lytic protease prodomain-like
超家族 Superfamily superfamilyd.52.10 — EspE N-terminal domain-like
家族 Family familyd.52.10.1 — GSPII protein E N-terminal domain-like

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id2bh1A01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily380 —
结构域编号 domain_id2bh1A02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily370 — GspL cytoplasmic domain, C-terminal subdomain
结构域编号 domain_id2bh1B01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily380 —
结构域编号 domain_id2bh1B02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily370 — GspL cytoplasmic domain, C-terminal subdomain
结构域编号 domain_id2bh1X00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology300 — GMP Synthetase; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily160 — Type II secretion system, protein E, N-terminal domain
结构域编号 domain_id2bh1Y00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology300 — GMP Synthetase; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily160 — Type II secretion system, protein E, N-terminal domain
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7. 引用文献 (1)