SAXSdb — 2bif

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (6-PHOSPHOFRUCTO-2-KINASE/FRUCTOSE-2,6-BISPHOSPHATASE)

Rattus norvegicus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–468 链 B； UniProt 1–468	突变：W15F, W64F, H256A, W299F, W320F	BOG octyl beta-D-glucopyranoside × 3 F6P 6-O-phosphono-beta-D-fructofuranose × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 3 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 SIN SUCCINIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7；90MM SUCCINATE, PH 6.0, 17% PEG4000, 1% B-OCTYLGLUCOSIDE, 10% GLYCEROL, pH 7.0	分辨率 2.40 Å R-free 0.244

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2BIF	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BIF 6-PHOSPHOFRUCTO-2-KINASE/FRUCTOSE-2,6-BISPHOSPHATASE BIFUNCTIONAL ENZYME COMPLEXED WITH ATP-G-S AND PHOSPHATE 提交 1996-11-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–468（468 aa）	突变：W15F, W64F, W299F, W320F	MG MAGNESIUM ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 4 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；PROTEIN WAS CRYSTALLISED FROM 50MM SUCCINATE, PH 6.0, 10MM HEPES PH 7.0, 18% PEG 4000, 1% N-OCTYLGLUCOSIDE	分辨率 2.00 Å R-free 0.250
3BIF 6-PHOSPHOFRUCTO-2-KINASE/FRUCTOSE-2,6-BISPHOSPHATASE EMPTY 6-PF-2K ACTIVE SITE 提交 1999-05-05	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–468（468 aa）	突变：W15F, W64F, W299F, W320F	BOG octyl beta-D-glucopyranoside × 4 PO4 PHOSPHATE ION × 4 SIN SUCCINIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 50MM SUCCINATE, PH 5.5, 50MM TRIS-PO4, PH 7.5, 11% PEG 4000, 100UM EDTA, 10MM DTT, 10% GLYCEROL, 3MM MGCL2., pH 7.0	分辨率 2.30 Å R-free 0.243

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	F264_RAT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–469； UniProt 1–468 作者链 B； PDB构建体 1–469； UniProt 1–468

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2bif
沉积日期 deposition_date	1998-10-26
结构标题 title	6-PHOSPHOFRUCTO-2-KINASE/FRUCTOSE-2,6-BISPHOSPHATASE H256A MUTANT WITH F6P IN PHOSPHATASE ACTIVE SITE
关键词 keywords	KINASE, TRANSFERASE (PHOSPHO), PHOSPHATASE, HYDROLASE (PHOSPHO), GLYCOLYSIS, BIFUNCTIONAL ENZYME, TRANSFERASE, HYDROLASE; TRANSFERASE, HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.27 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.06 Å
零角强度 I(0) i0	169483000.00
分子量 molecular_weight	102040.0 kDa
排除体积 excluded_volume	127090 Å³
包络体积 envelope_volume	156180 Å³
水化壳体积 shell_volume	42478 Å³
包络直径 envelope_diameter	101.1 Å
壳层 Rg shell_rg	37.78 Å
包络 Rg envelope_rg	30.17 Å
形状 Rg shape_rg	30.07 Å
总 Rg total_rg	30.68 Å
总原子数 total_atoms	7157
残基数 n_residues	864
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	96.0 Å
Rg (实空间) rg_real	31.09 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.60 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.6950e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.6770e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.17 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	169500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9012
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	43.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.121
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.479
角度范围 angular_range	— – 0.2550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	39950000.0000
实空间数据点数 n_real_points	52
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.937; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.903

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PROTEIN (6-PHOSPHOFRUCTO-2-KINASE/FRUCTOSE-2,6-BISPHOSPHATASE)
分子量 formula_weight	54001.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.1.105, 3.1.3.46
突变 mutation	W15F, W64F, H256A, W299F, W320F
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	7444

MASPRELTQNPLKKIFMPYSNGRPALHASQRGVCMTNCPTLIVMVGLPARGKTYISKKLTRYLNFIGVPTREFNVGQYRRDMVKTYKSFEFFLPDNEEGLKIRKQCALAALNDVRKFLSEEGGHVAVFDATNTTRERRAMIFNFGEQNGYKTFFVESICVDPEVIAANIVQVKLGSPDYVNRDSDEATEDFMRRIECYENSYESLDEEQDRDLSYIKIMDVGQSYVVNRVADHIQSRIVYYLMNIHVTPRSIYLCRAGESELNLKGRIGGDPGLSPRGREFSKHLAQFISDQNIKDLKVFTSQMKRTIQTAEALSVPYEQFKVLNEIDAGVCEEMTYEEIQDHYPLEFALRDQDKYRYRYPKGESYEDLVQRLEPVIMELERQENVLVICHQAVMRCLLAYFLDKAAEELPYLKCPLHTVLKLTPVAYGCKVESIFLNVAAVNTHRDRPQNVDISRPSEEALVTVPAHQ

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	Norway rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	octyl beta-D-glucopyranoside
分子量 formula_weight	292.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	6-O-phosphono-beta-D-fructofuranose
分子量 formula_weight	260.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
分子量 formula_weight	506.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	SUCCINIC ACID
分子量 formula_weight	118.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	275

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d2bifa1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.7 — 6-phosphofructo-2-kinase/fructose-2,6-bisphosphatase, kinase domain

结构域编号 domain_id	d2bifa2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.60 — Phosphoglycerate mutase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.60.1 — Phosphoglycerate mutase-like
家族 Family family	c.60.1.4 — 6-phosphofructo-2-kinase/fructose-2,6-bisphosphatase, phosphatase domain

结构域编号 domain_id	d2bifb1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.7 — 6-phosphofructo-2-kinase/fructose-2,6-bisphosphatase, kinase domain

结构域编号 domain_id	d2bifb2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.60 — Phosphoglycerate mutase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.60.1 — Phosphoglycerate mutase-like
家族 Family family	c.60.1.4 — 6-phosphofructo-2-kinase/fructose-2,6-bisphosphatase, phosphatase domain

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	2bifA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	2bifA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1240 — Phosphoglycerate mutase-like

结构域编号 domain_id	2bifB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	2bifB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1240 — Phosphoglycerate mutase-like

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	61.740 Å
晶胞边长 b length_b	73.510 Å
晶胞边长 c length_c	76.700 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	116.90 °
晶胞夹角 β angle_beta	99.31 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	105.20 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.2000
R_work r_work	0.2000
R_free r_free	0.2440

fit	/app/data/saxs_computation/bi/2bif/2bif.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bi/2bif/2bif.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bi/2bif/2bif.dat

6-PHOSPHOFRUCTO-2-KINASE/FRUCTOSE-2,6-BISPHOSPHATASE H256A MUTANT WITH F6P IN PHOSPHATASE ACTIVE SITE